More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2947 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2947  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
367 aa  753    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.752891  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0532  Extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 
370 aa  264  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0390708  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  37.1 
 
 
372 aa  263  4.999999999999999e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2389  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  35.75 
 
 
382 aa  219  8.999999999999998e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.520842  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2232  extracellular ligand-binding receptor  32.71 
 
 
373 aa  178  1e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2331  Extracellular ligand-binding receptor  32.41 
 
 
377 aa  158  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2773  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 
413 aa  139  6e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0561  Extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
368 aa  136  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.378991  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0744  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 
381 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2831  substrate-binding protein, putative  31.2 
 
 
375 aa  126  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00332473  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 
382 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
390 aa  112  9e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  24.55 
 
 
392 aa  110  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
386 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  28.21 
 
 
397 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
373 aa  107  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
399 aa  107  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
402 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
404 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 
390 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 
404 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
384 aa  102  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  25.57 
 
 
374 aa  102  1e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.5 
 
 
404 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1388  Extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
390 aa  101  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0615347  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 
398 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  26.74 
 
 
379 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 
419 aa  99.4  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
381 aa  99  1e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 
393 aa  97.4  3e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
376 aa  96.7  5e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2361  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.51 
 
 
385 aa  95.5  1e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
396 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
396 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
396 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
382 aa  93.2  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
397 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0610  Extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
378 aa  90.9  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 
397 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
378 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 
370 aa  89.4  9e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
377 aa  89  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  22.29 
 
 
394 aa  89  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
376 aa  89  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.16 
 
 
388 aa  88.2  2e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  25 
 
 
371 aa  87.8  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  24.26 
 
 
394 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.07 
 
 
378 aa  86.3  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
405 aa  86.3  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
451 aa  86.3  9e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
395 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  22.81 
 
 
386 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  35.53 
 
 
412 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 
397 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 
386 aa  84.7  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
378 aa  84.7  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2306  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 
376 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.17 
 
 
397 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 
395 aa  84.3  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 
393 aa  84.3  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 
376 aa  83.6  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 
397 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  21.92 
 
 
393 aa  83.2  0.000000000000007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
393 aa  82.8  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 
375 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1211  Extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
390 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.391251  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
376 aa  82.4  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
389 aa  82  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  24.65 
 
 
383 aa  80.9  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1762  extracellular ligand-binding receptor  22.25 
 
 
449 aa  80.9  0.00000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.304418  hitchhiker  0.000873526 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  23.03 
 
 
372 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.78 
 
 
396 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
372 aa  80.9  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  23.7 
 
 
388 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  23.18 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
373 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0460  Extracellular ligand-binding receptor  22.44 
 
 
375 aa  80.5  0.00000000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3417  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 
409 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.498074  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 
372 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3964  Extracellular ligand-binding receptor  23.7 
 
 
405 aa  79.3  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.82 
 
 
376 aa  79.3  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 
380 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  22.03 
 
 
396 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
392 aa  79  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 
384 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 
383 aa  78.6  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15940  Extracellular ligand-binding receptor  23.04 
 
 
370 aa  78.6  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.28 
 
 
380 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1111  branched-chain amino-acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.73 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4471  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 
373 aa  78.6  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
391 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 
384 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 
384 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
391 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 
380 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  23.99 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  23.45 
 
 
376 aa  77.4  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
384 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
339 aa  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>