More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2831 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2831  substrate-binding protein, putative  100 
 
 
375 aa  758    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00332473  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2232  extracellular ligand-binding receptor  41.67 
 
 
373 aa  256  5e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2773  Extracellular ligand-binding receptor  41.43 
 
 
413 aa  242  7e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2331  Extracellular ligand-binding receptor  37.83 
 
 
377 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2389  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  35.96 
 
 
382 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.520842  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0744  Extracellular ligand-binding receptor  34.33 
 
 
381 aa  178  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  32.8 
 
 
372 aa  170  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0532  Extracellular ligand-binding receptor  31.72 
 
 
370 aa  166  4e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0390708  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2947  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 
367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.752891  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
376 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0561  Extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 
368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.378991  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
404 aa  103  6e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 
384 aa  101  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
404 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.15 
 
 
404 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
376 aa  100  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 
381 aa  95.1  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6618  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 
382 aa  92.8  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.868668 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 
372 aa  91.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1468  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 
369 aa  90.9  3e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000538626  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 
374 aa  89.4  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  25.21 
 
 
371 aa  89  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  23.7 
 
 
402 aa  87.8  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2361  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.08 
 
 
385 aa  86.3  8e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0937  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
380 aa  86.3  8e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000952162  normal  0.230854 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
373 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
400 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1392  extracellular ligand-binding receptor  24.21 
 
 
386 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  22.64 
 
 
390 aa  84.3  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5337  Extracellular ligand-binding receptor  23.61 
 
 
383 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.958288  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
399 aa  84  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 
372 aa  84  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 
375 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  24.01 
 
 
372 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
383 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1610  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 
370 aa  83.2  0.000000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000136446  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.23 
 
 
380 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 
397 aa  82.8  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
382 aa  82.8  0.000000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 
419 aa  82.8  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2305  extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 
380 aa  82  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  24.8 
 
 
371 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  22.83 
 
 
368 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6393  extracellular ligand-binding receptor  23.67 
 
 
383 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
372 aa  80.1  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3428  extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
388 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  22.67 
 
 
383 aa  79.7  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
395 aa  79.7  0.00000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  23.39 
 
 
373 aa  79  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1676  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 
370 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000661006  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 
388 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6456  extracellular ligand-binding receptor  24.09 
 
 
383 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.411469  normal  0.286463 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2397  extracellular ligand-binding receptor  24.27 
 
 
372 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.285564  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4271  extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
388 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4095  extracellular ligand-binding receptor  24.53 
 
 
388 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
388 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.8 
 
 
384 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 
384 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  24.71 
 
 
380 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.11 
 
 
373 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
380 aa  77  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
371 aa  76.6  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
384 aa  76.3  0.0000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 
388 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  23.03 
 
 
372 aa  76.3  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
460 aa  75.5  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 
393 aa  75.9  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1082  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
393 aa  75.9  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.3 
 
 
425 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1670  TPR repeat-containing protein  21.59 
 
 
412 aa  75.9  0.000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00502897  hitchhiker  0.00000000193878 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0522  Extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 
387 aa  75.1  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
384 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
384 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
373 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.48 
 
 
376 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 
386 aa  74.3  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
368 aa  73.9  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 
412 aa  73.9  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  22.19 
 
 
388 aa  73.6  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  21.45 
 
 
394 aa  73.6  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.86 
 
 
396 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  25.27 
 
 
368 aa  73.2  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 
379 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2254  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 
373 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.412845 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
384 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 
379 aa  72.8  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
384 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
461 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
461 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 
382 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  25 
 
 
368 aa  72.4  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0265  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
376 aa  72.4  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000854786  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 
373 aa  72  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.16 
 
 
388 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446451  normal  0.512532 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
392 aa  72.4  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1469  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 
370 aa  72.4  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000103418  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
386 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3536  extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 
388 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000357876  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  23.65 
 
 
373 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  22.01 
 
 
392 aa  72  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>