164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2245 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2245  hypothetical protein  100 
 
 		 309 aa  597  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.891257 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1904  RhaT protein  51.2 
 
 		 299 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1818  hypothetical protein  48.39 
 
 		 283 aa  223  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.264733  normal  0.803156 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1473  hypothetical protein  49.11 
 
 		 297 aa  209  5e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0980  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.16 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.141958  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39760  hypothetical protein  47.4 
 
 		 290 aa  206  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.112836  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22560  putative permease  51.36 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000360321  hitchhiker  0.0000288178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4512  hypothetical protein  48.14 
 
 		 296 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.810573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1399  hypothetical protein  48.32 
 
 		 296 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137527  normal  0.630416 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3801  hypothetical protein  48.45 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000662683 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4018  hypothetical protein  48.31 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00321075 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1095  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.06 
 
 		 282 aa  145  9e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000428638  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3903  hypothetical protein  31.18 
 
 		 293 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0548  hypothetical protein  30.47 
 
 		 293 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0438907  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3777  hypothetical protein  30.82 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3720  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.11 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00548  membrane protein  30.96 
 
 		 291 aa  109  6e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.480438  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4181  hypothetical protein  28.62 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3290  hypothetical protein  28.3 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3484  hypothetical protein  28.36 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.590358  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3550  hypothetical protein  28.94 
 
 		 292 aa  106  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.582499  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.67 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.296277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0588  hypothetical protein  29.55 
 
 		 294 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0107806 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3514  membrane protein  28 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3442  hypothetical protein  30.07 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0587  hypothetical protein  29.21 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3320  hypothetical protein  27.02 
 
 		 290 aa  95.9  8e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000781586  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3035  membrane protein  29.21 
 
 		 293 aa  95.5  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.39901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0787  hypothetical protein  26.49 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  hitchhiker  0.000526282 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1024  ribosomal protein S6  28.62 
 
 		 293 aa  89.7  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0556  hypothetical protein  25.59 
 
 		 296 aa  85.9  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122982 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00855  predicted permease  28.87 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0270  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.43 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000242162  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4038  hypothetical protein  25 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2338  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.28 
 
 		 293 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0424523  normal  0.230999 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0190  hypothetical protein  31.48 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0218  hypothetical protein  31.48 
 
 		 320 aa  79  0.00000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4832  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.4 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000287238 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5563  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.71 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.63993 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1059  hypothetical protein  25.34 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.999604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0043  hypothetical protein  25.77 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.355426  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1231  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.9 
 
 		 315 aa  68.9  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.122413 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5563  hypothetical protein  24.2 
 
 		 311 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.136862  hitchhiker  0.00720302 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23190  predicted permease  27.5 
 
 		 287 aa  65.5  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0147782 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0409  hypothetical protein  25.22 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6325  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.69 
 
 		 329 aa  63.5  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0999573  normal  0.0472639 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4824  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.11 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00452442  normal  0.0267475 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0574  hypothetical protein  28.97 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.421422  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2194  hypothetical protein  28.62 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00374881 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2545  integral membrane protein  26.71 
 
 		 308 aa  62.8  0.000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.723869 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0302  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.79 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.271301 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2916  DMT family permease  26.84 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.261438 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1538  hypothetical protein  26.45 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.746506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0926  hypothetical protein  28.04 
 
 		 305 aa  62.4  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2955  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.67 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.65096  normal  0.735027 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1839  DMT family permease  26.74 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.255107  normal  0.316486 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1098  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  24.72 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.15622  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2885  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.8 
 
 		 325 aa  61.2  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0003  hypothetical protein  23.93 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0184186  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588.2  DMT family permease  29.29 
 
 		 145 aa  59.7  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1502  hypothetical protein  26.35 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.207874  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5090  hypothetical protein  27.61 
 
 		 307 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.194809  normal  0.0140686 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1341  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.86 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000917632 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4207  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  24.07 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0292  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.46 
 
 		 292 aa  57.8  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1692  hypothetical protein  24.75 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0259  drug/metabolite exporter  24.87 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0455861  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2371  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1015  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.97 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.604771  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5303  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.69 
 
 		 307 aa  55.8  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73277  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0035  hypothetical protein  25.9 
 
 		 300 aa  55.5  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2856  hypothetical protein  26.09 
 
 		 288 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.566948  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0971  hypothetical protein  25.18 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0379248  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.06 
 
 		 305 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2918  hypothetical protein  25 
 
 		 315 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.103188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0442  hypothetical protein  24.54 
 
 		 302 aa  52.8  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2775  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.59 
 
 		 310 aa  52.4  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1571  hypothetical protein  22.28 
 
 		 303 aa  52.4  0.000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.358849 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3614  integral membrane protein  24.82 
 
 		 321 aa  52  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1055  hypothetical protein  21.95 
 
 		 296 aa  52  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2983  hypothetical protein  27.44 
 
 		 313 aa  52  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000000753467  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0850  hypothetical protein  24.02 
 
 		 307 aa  51.6  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1508  hypothetical protein  26.55 
 
 		 219 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1224  EamA family protein  24.88 
 
 		 289 aa  50.1  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.06 
 
 		 305 aa  49.7  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1281  permease, drug/metabolite transporter superfamily  24.88 
 
 		 300 aa  49.7  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.232405  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1022  transport protein; drug/metabolite exporter  24.68 
 
 		 300 aa  49.7  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.506824  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0102  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.26 
 
 		 289 aa  49.7  0.00007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.734078 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1464  protein of unknown function DUF6 transmembrane  22.52 
 
 		 310 aa  49.7  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5524  hypothetical protein  22.95 
 
 		 298 aa  49.7  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.895083  normal  0.458924 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1435  hypothetical protein  31.05 
 
 		 327 aa  49.3  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2584  hypothetical protein  25 
 
 		 298 aa  49.3  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0865968 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1301  hypothetical protein  27.92 
 
 		 294 aa  48.9  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.488706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1204  permease, drug/metabolite transporter superfamily  25.6 
 
 		 302 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.717476 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2651  hypothetical protein  25.55 
 
 		 298 aa  48.5  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.574566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2759  hypothetical protein  25.56 
 
 		 298 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04828  integral membrane protein DUF6  27.45 
 
 		 307 aa  48.9  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05230  predicted permease, DMT superfamily  24.74 
 
 		 291 aa  47.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.927028 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0907  hypothetical protein  25.34 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773266 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2001  hypothetical protein  27.31 
 
 		 315 aa  48.1  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00115846  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>