265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0556 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0556  hypothetical protein  100 
 
 		 296 aa  588  1e-167  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122982 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3550  hypothetical protein  75.78 
 
 		 292 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.582499  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3903  hypothetical protein  71.03 
 
 		 293 aa  418  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0548  hypothetical protein  70.69 
 
 		 293 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0438907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3720  protein of unknown function DUF6 transmembrane  70.69 
 
 		 293 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3777  hypothetical protein  71.03 
 
 		 293 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4181  hypothetical protein  71.19 
 
 		 297 aa  413  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3035  membrane protein  70 
 
 		 293 aa  408  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.39901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0787  hypothetical protein  72.47 
 
 		 292 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  hitchhiker  0.000526282 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3290  hypothetical protein  70.34 
 
 		 294 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0588  hypothetical protein  69.42 
 
 		 294 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0107806 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3442  hypothetical protein  69.07 
 
 		 294 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0587  hypothetical protein  69.42 
 
 		 294 aa  386  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3320  hypothetical protein  65.74 
 
 		 290 aa  380  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000781586  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3514  membrane protein  53.33 
 
 		 298 aa  303  3.0000000000000004e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00548  membrane protein  50.35 
 
 		 291 aa  285  9e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.480438  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3484  hypothetical protein  52.98 
 
 		 288 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.590358  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588.2  DMT family permease  71.83 
 
 		 145 aa  206  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1024  ribosomal protein S6  38.28 
 
 		 293 aa  198  7e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1095  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.33 
 
 		 282 aa  176  5e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000428638  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1904  RhaT protein  30.69 
 
 		 299 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1818  hypothetical protein  32.48 
 
 		 283 aa  112  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.264733  normal  0.803156 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22560  putative permease  32.63 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000360321  hitchhiker  0.0000288178 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.42 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.296277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1473  hypothetical protein  30.31 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.112426 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0980  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.73 
 
 		 317 aa  105  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.141958  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0218  hypothetical protein  31.62 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0190  hypothetical protein  31.62 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1231  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.27 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.122413 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2245  hypothetical protein  27.27 
 
 		 309 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.891257 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4038  hypothetical protein  24.53 
 
 		 287 aa  99  8e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3801  hypothetical protein  29.39 
 
 		 296 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000662683 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4512  hypothetical protein  29.07 
 
 		 296 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.810573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39760  hypothetical protein  30.84 
 
 		 290 aa  95.5  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.112836  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1399  hypothetical protein  28.72 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137527  normal  0.630416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4832  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.85 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000287238 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0043  hypothetical protein  24.49 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.355426  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0302  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.09 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.271301 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4018  hypothetical protein  29.07 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00321075 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00855  predicted permease  24.91 
 
 		 309 aa  86.3  6e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0574  hypothetical protein  29.26 
 
 		 308 aa  85.9  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.421422  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23190  predicted permease  27.47 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0147782 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2338  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.67 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0424523  normal  0.230999 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5563  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.03 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.63993 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5563  hypothetical protein  26.47 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.136862  hitchhiker  0.00720302 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0270  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.86 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000242162  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04828  integral membrane protein DUF6  29.7 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1098  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  27.2 
 
 		 312 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.15622  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1025  transport protein; drug/metabolite exporter  23.81 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00291899  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0971  hypothetical protein  26.92 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0379248  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1047  EamA family protein  23.96 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000195786  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1126  eama family protein  23.96 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1204  permease, drug/metabolite transporter superfamily  23.88 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.717476 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2824  protein of unknown function DUF6 transmembrane  22.22 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1022  transport protein; drug/metabolite exporter  24.81 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.506824  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4207  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  27.6 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2545  integral membrane protein  26.47 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.723869 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1224  EamA family protein  23 
 
 		 289 aa  68.9  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1281  permease, drug/metabolite transporter superfamily  22.45 
 
 		 300 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.232405  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2908  hypothetical protein  25.97 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.903302 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0907  hypothetical protein  28.17 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773266 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1341  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.74 
 
 		 321 aa  65.9  0.0000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000917632 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0850  hypothetical protein  24.48 
 
 		 307 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3095  integral membrane protein  24.27 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.194858  normal  0.101185 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2885  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.96 
 
 		 325 aa  62.4  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2955  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.6 
 
 		 315 aa  61.6  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.65096  normal  0.735027 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0035  hypothetical protein  21.71 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0409  hypothetical protein  24.79 
 
 		 289 aa  61.2  0.00000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1463  hypothetical protein  24.44 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0947  hypothetical protein  24.92 
 
 		 303 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0647219  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0996  hypothetical protein  27.54 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31188  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1301  hypothetical protein  25.43 
 
 		 294 aa  58.5  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.488706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1059  hypothetical protein  20.47 
 
 		 317 aa  58.2  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.999604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3485  hypothetical protein  23.66 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0791  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.09 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3634  hypothetical protein  24.05 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2992  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.85 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4307  hypothetical protein  25 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1560  hypothetical protein  25 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03829  predicted permease  25.5 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4042  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.5 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4391  putative transporter  25.5 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.568191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4177  putative transporter  25.5 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4072  hypothetical protein  25.5 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03778  hypothetical protein  25.5 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0564  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.9 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5404  putative transporter  25.5 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.532448 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4483  putative transporter  25.93 
 
 		 301 aa  56.2  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3405  transporter, EamA family  27.34 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2490  hypothetical protein  26.12 
 
 		 298 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.451332  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6325  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.18 
 
 		 329 aa  55.5  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0999573  normal  0.0472639 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0259  drug/metabolite exporter  26.64 
 
 		 292 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0455861  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05230  predicted permease, DMT superfamily  23.45 
 
 		 291 aa  55.1  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.927028 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0279  hypothetical protein  27.34 
 
 		 321 aa  55.1  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4295  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.49 
 
 		 313 aa  54.3  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1015  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29 
 
 		 297 aa  54.7  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.604771  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4405  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.49 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.878991 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3390  hypothetical protein  26.47 
 
 		 302 aa  53.9  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1695  hypothetical protein  29.67 
 
 		 311 aa  53.1  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1925  hypothetical protein  24.27 
 
 		 315 aa  53.5  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>