223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4307 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4307  hypothetical protein  100 
 
 		 307 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1560  hypothetical protein  100 
 
 		 307 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3634  hypothetical protein  91.1 
 
 		 298 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3873  hypothetical protein  96.25 
 
 		 298 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2490  hypothetical protein  78.84 
 
 		 298 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.451332  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30790  hypothetical protein  72.76 
 
 		 299 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.316745  hitchhiker  0.000000000195244 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2040  hypothetical protein  72.05 
 
 		 308 aa  361  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.136673  normal  0.653396 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3552  hypothetical protein  64.14 
 
 		 302 aa  340  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.963369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4405  protein of unknown function DUF6 transmembrane  64.21 
 
 		 300 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.878991 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4295  protein of unknown function DUF6 transmembrane  64.21 
 
 		 313 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2640  hypothetical protein  69.97 
 
 		 299 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1463  hypothetical protein  62.96 
 
 		 304 aa  322  4e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4608  protein of unknown function DUF6 transmembrane  66.33 
 
 		 300 aa  319  5e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4343  protein of unknown function DUF6 transmembrane  63.95 
 
 		 300 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22136  normal  0.635435 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2348  hypothetical protein  54.95 
 
 		 300 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2983  hypothetical protein  54.95 
 
 		 300 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2962  hypothetical protein  54.95 
 
 		 300 aa  291  7e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.176802  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2958  hypothetical protein  53.69 
 
 		 301 aa  289  4e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0160  hypothetical protein  54.45 
 
 		 299 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3485  hypothetical protein  54.79 
 
 		 318 aa  287  1e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6312  hypothetical protein  57 
 
 		 300 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0539  hypothetical protein  55.3 
 
 		 512 aa  278  8e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.44967  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0349  hypothetical protein  54.36 
 
 		 343 aa  278  8e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0310  integral membrane protein  55.94 
 
 		 306 aa  277  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0361  hypothetical protein  54.03 
 
 		 343 aa  276  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3010  hypothetical protein  54.27 
 
 		 300 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0435  protein of unknown function DUF6 transmembrane  54.55 
 
 		 299 aa  263  3e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2873  hypothetical protein  54.95 
 
 		 300 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2488  hypothetical protein  55.71 
 
 		 304 aa  261  8e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4984  hypothetical protein  60.73 
 
 		 255 aa  256  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123849  normal  0.35217 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6325  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.6 
 
 		 329 aa  231  1e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0999573  normal  0.0472639 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0416  hypothetical protein  40.13 
 
 		 312 aa  205  8e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3724  hypothetical protein  50.76 
 
 		 272 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0189  hypothetical protein  44.68 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5090  hypothetical protein  36.79 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.194809  normal  0.0140686 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4824  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.14 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00452442  normal  0.0267475 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1839  DMT family permease  34.98 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.255107  normal  0.316486 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3334  hypothetical protein  40.33 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1047  EamA family protein  28.82 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000195786  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1126  eama family protein  28.82 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1281  permease, drug/metabolite transporter superfamily  28.87 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.232405  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5563  hypothetical protein  27.53 
 
 		 311 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.136862  hitchhiker  0.00720302 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0850  hypothetical protein  29.62 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1224  EamA family protein  28.82 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1022  transport protein; drug/metabolite exporter  28.99 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.506824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1025  transport protein; drug/metabolite exporter  28.99 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00291899  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1204  permease, drug/metabolite transporter superfamily  28.47 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.717476 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5303  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.38 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73277  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4207  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  27.57 
 
 		 313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1098  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  27.21 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.15622  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0614  hypothetical protein  32.34 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.793044 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3915  hypothetical protein  32.72 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.129104  normal  0.126529 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23190  predicted permease  30.91 
 
 		 287 aa  99.8  5e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0147782 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1029  hypothetical protein  27.59 
 
 		 281 aa  99.4  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1502  hypothetical protein  27.47 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.207874  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3777  hypothetical protein  27.06 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3903  hypothetical protein  26.73 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0548  hypothetical protein  27.39 
 
 		 293 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0438907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3720  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.06 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0270  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.7 
 
 		 293 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000242162  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3290  hypothetical protein  27.89 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1538  hypothetical protein  32.2 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.746506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1508  hypothetical protein  32.61 
 
 		 219 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3550  hypothetical protein  27.12 
 
 		 292 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.582499  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0971  hypothetical protein  25.17 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0379248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05230  predicted permease, DMT superfamily  26.07 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.927028 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0588  hypothetical protein  26.01 
 
 		 294 aa  65.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0107806 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0302  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.4 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.271301 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2194  hypothetical protein  27.08 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00374881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2651  hypothetical protein  26.76 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.574566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2584  hypothetical protein  25.7 
 
 		 298 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0865968 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2759  hypothetical protein  25.7 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4181  hypothetical protein  24.92 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0587  hypothetical protein  26.28 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0787  hypothetical protein  27.38 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0809288  hitchhiker  0.000526282 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2824  protein of unknown function DUF6 transmembrane  21.91 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4286  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.04 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.853408 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1692  hypothetical protein  25.62 
 
 		 301 aa  59.3  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2084  hypothetical protein  25 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4940  hypothetical protein  31.47 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.361149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2851  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17163 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0474  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.41 
 
 		 318 aa  57  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3035  membrane protein  27.18 
 
 		 293 aa  57  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.39901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3442  hypothetical protein  25.95 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3320  hypothetical protein  23.97 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000781586  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7788  hypothetical protein  29.24 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.847344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0154  drug/metabolite transporter  29.73 
 
 		 294 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.98831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1044  hypothetical protein  27.06 
 
 		 308 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2545  integral membrane protein  24.2 
 
 		 308 aa  55.5  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.723869 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0949  hypothetical protein  29.21 
 
 		 397 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.217606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2367  hypothetical protein  30.59 
 
 		 309 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.169121  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0031  drug/metabolite transporter  29.73 
 
 		 294 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6822  normal  0.556158 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0453  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.08 
 
 		 288 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000315888  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1589  hypothetical protein  30.61 
 
 		 324 aa  55.1  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.151328  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0409  hypothetical protein  25.48 
 
 		 289 aa  54.3  0.000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1001  hypothetical protein  24.1 
 
 		 307 aa  54.3  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1008  hypothetical protein  29.07 
 
 		 312 aa  54.3  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1804  hypothetical protein  31.67 
 
 		 296 aa  54.3  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363545  normal  0.129857 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5783  hypothetical protein  29.02 
 
 		 316 aa  53.5  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614473  hitchhiker  0.00280675 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2247  hypothetical protein  30.59 
 
 		 309 aa  53.5  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.654485 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>