157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3552 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3552  hypothetical protein  100 
 
 		 302 aa  589  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.963369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2490  hypothetical protein  64.83 
 
 		 298 aa  358  7e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.451332  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4608  protein of unknown function DUF6 transmembrane  68.14 
 
 		 300 aa  341  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4307  hypothetical protein  64.14 
 
 		 307 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1560  hypothetical protein  64.14 
 
 		 307 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4343  protein of unknown function DUF6 transmembrane  67.33 
 
 		 300 aa  339  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22136  normal  0.635435 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4405  protein of unknown function DUF6 transmembrane  64.69 
 
 		 300 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.878991 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4295  protein of unknown function DUF6 transmembrane  64.69 
 
 		 313 aa  333  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2958  hypothetical protein  58.84 
 
 		 301 aa  332  6e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3634  hypothetical protein  61.72 
 
 		 298 aa  330  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2962  hypothetical protein  59.66 
 
 		 300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.176802  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2983  hypothetical protein  59.66 
 
 		 300 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2348  hypothetical protein  59.31 
 
 		 300 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30790  hypothetical protein  61.87 
 
 		 299 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.316745  hitchhiker  0.000000000195244 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1463  hypothetical protein  62.5 
 
 		 304 aa  315  8e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0160  hypothetical protein  55.78 
 
 		 299 aa  314  9e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6312  hypothetical protein  59.32 
 
 		 300 aa  311  9e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3873  hypothetical protein  64.26 
 
 		 298 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3010  hypothetical protein  57.29 
 
 		 300 aa  305  6e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2040  hypothetical protein  62.37 
 
 		 308 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.136673  normal  0.653396 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0310  integral membrane protein  56.42 
 
 		 306 aa  299  4e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0349  hypothetical protein  56.76 
 
 		 343 aa  299  4e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0539  hypothetical protein  56.94 
 
 		 512 aa  298  6e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.44967  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0435  protein of unknown function DUF6 transmembrane  57.24 
 
 		 299 aa  298  6e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0361  hypothetical protein  56.42 
 
 		 343 aa  298  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2873  hypothetical protein  57.97 
 
 		 300 aa  294  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2640  hypothetical protein  59.73 
 
 		 299 aa  289  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3485  hypothetical protein  51.82 
 
 		 318 aa  282  5.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4984  hypothetical protein  62.23 
 
 		 255 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123849  normal  0.35217 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2488  hypothetical protein  53.04 
 
 		 304 aa  252  6e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6325  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.55 
 
 		 329 aa  233  4.0000000000000004e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0999573  normal  0.0472639 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3724  hypothetical protein  54.34 
 
 		 272 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0416  hypothetical protein  41.35 
 
 		 312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0189  hypothetical protein  45.58 
 
 		 295 aa  202  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5090  hypothetical protein  37.85 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.194809  normal  0.0140686 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4824  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.56 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00452442  normal  0.0267475 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1839  DMT family permease  35.12 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.255107  normal  0.316486 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1047  EamA family protein  28.97 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000195786  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1126  eama family protein  28.97 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1022  transport protein; drug/metabolite exporter  28.87 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.506824  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1204  permease, drug/metabolite transporter superfamily  28.62 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.717476 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1025  transport protein; drug/metabolite exporter  29.6 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00291899  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1224  EamA family protein  30.29 
 
 		 289 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1281  permease, drug/metabolite transporter superfamily  28.62 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.232405  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3334  hypothetical protein  39.07 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5563  hypothetical protein  26.14 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.136862  hitchhiker  0.00720302 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1098  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  29.15 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.15622  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5303  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.58 
 
 		 307 aa  113  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73277  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4207  transporter, Drug/Metabolite Exporter family  29.41 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0850  hypothetical protein  27.46 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1029  hypothetical protein  29.55 
 
 		 281 aa  105  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3915  hypothetical protein  30.48 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.129104  normal  0.126529 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23190  predicted permease  31.34 
 
 		 287 aa  100  4e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0147782 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0614  hypothetical protein  30.14 
 
 		 293 aa  90.9  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.793044 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2545  integral membrane protein  27.62 
 
 		 308 aa  76.3  0.0000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.723869 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0409  hypothetical protein  29.03 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0302  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.83 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.271301 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3290  hypothetical protein  24.41 
 
 		 294 aa  65.5  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05230  predicted permease, DMT superfamily  23.2 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.927028 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2247  hypothetical protein  27.84 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.654485 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0270  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.8 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000242162  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2367  hypothetical protein  27.11 
 
 		 309 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.169121  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0949  hypothetical protein  28.46 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.217606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3614  integral membrane protein  25.35 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2824  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.18 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2053  integral membrane protein DUF6  26.45 
 
 		 302 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4286  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.5 
 
 		 303 aa  57.4  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.853408 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2371  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.13 
 
 		 310 aa  55.8  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2775  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.59 
 
 		 310 aa  55.8  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0574  hypothetical protein  29.76 
 
 		 308 aa  54.7  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.421422  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2851  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.63 
 
 		 299 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17163 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3777  hypothetical protein  24.82 
 
 		 293 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3903  hypothetical protein  24.82 
 
 		 293 aa  53.9  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5524  hypothetical protein  25.81 
 
 		 298 aa  53.5  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.895083  normal  0.458924 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3068  hypothetical protein  29.55 
 
 		 299 aa  53.1  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2351  hypothetical protein  28.21 
 
 		 309 aa  52.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.240563 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0154  drug/metabolite transporter  29.17 
 
 		 294 aa  52  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.98831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0031  drug/metabolite transporter  29.17 
 
 		 294 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6822  normal  0.556158 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5670  hypothetical protein  27.84 
 
 		 309 aa  50.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.846294 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0969  hypothetical protein  27.78 
 
 		 402 aa  51.6  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0588  hypothetical protein  26.06 
 
 		 294 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0107806 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0548  hypothetical protein  24.64 
 
 		 293 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0438907  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0035  hypothetical protein  24.83 
 
 		 300 aa  50.8  0.00003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1716  hypothetical protein  27.84 
 
 		 309 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.131137  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2328  hypothetical protein  27.84 
 
 		 309 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1099  hypothetical protein  28.37 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.230747  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0971  hypothetical protein  26.67 
 
 		 296 aa  50.8  0.00003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0379248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2885  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25 
 
 		 325 aa  50.1  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3720  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.11 
 
 		 293 aa  49.3  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2194  hypothetical protein  29.24 
 
 		 305 aa  49.7  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00374881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1538  hypothetical protein  26.01 
 
 		 292 aa  48.9  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.746506  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1868  hypothetical protein  22.38 
 
 		 300 aa  48.9  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1109  hypothetical protein  27.94 
 
 		 295 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.12045 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0933  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.54 
 
 		 311 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.273134 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0286  hypothetical protein  26.13 
 
 		 293 aa  48.5  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00960763  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1879  hypothetical protein  21.57 
 
 		 304 aa  47.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6436  hypothetical protein  28.22 
 
 		 319 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1024  ribosomal protein S6  23.02 
 
 		 293 aa  47.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1220  hypothetical protein  27.18 
 
 		 308 aa  47.8  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.10196  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1502  hypothetical protein  22.71 
 
 		 292 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.207874  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>