280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3068 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3068  hypothetical protein  100 
 
 		 299 aa  573  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3175  hypothetical protein  94.3 
 
 		 299 aa  516  1.0000000000000001e-145  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2078  hypothetical protein  71.02 
 
 		 287 aa  385  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2209  hypothetical protein  52.9 
 
 		 276 aa  258  6e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0133362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3630  hypothetical protein  53.52 
 
 		 309 aa  233  3e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.153402 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  31.42 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2410  hypothetical protein  29.96 
 
 		 290 aa  103  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116098  normal  0.54382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.55 
 
 		 314 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  30.88 
 
 		 304 aa  97.4  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  29.19 
 
 		 315 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  30.71 
 
 		 347 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  30.66 
 
 		 342 aa  93.6  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.33 
 
 		 333 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.82 
 
 		 339 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2006  hypothetical protein  28.03 
 
 		 307 aa  89  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0364  RarD family protein  28.03 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  33.11 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  31.01 
 
 		 317 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0880  hypothetical protein  27.47 
 
 		 307 aa  85.9  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  28.12 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00760  hypothetical protein  29.86 
 
 		 284 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  31.91 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  32.32 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.43 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  32.79 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  32.79 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  33.11 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.72 
 
 		 325 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3237  hypothetical protein  28.57 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.59 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  30.95 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  29.49 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  32.4 
 
 		 288 aa  79.3  0.00000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.02 
 
 		 318 aa  79.3  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  30.95 
 
 		 292 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  28.09 
 
 		 297 aa  78.2  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49940  DUF6 family membrane protein  34.31 
 
 		 288 aa  78.2  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.363771  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  28.09 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.62 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  29.89 
 
 		 289 aa  77.4  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.6 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  28.25 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  30.69 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  29.73 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04178  drug/metabolite transporter superfamily protein  30.09 
 
 		 291 aa  75.5  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291687  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5188  hypothetical protein  31.96 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0422445 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  32.26 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0751  hypothetical protein  30.77 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.27541 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  31.72 
 
 		 331 aa  74.3  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0649  hypothetical protein  29.57 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  30.88 
 
 		 310 aa  73.9  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  27.69 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  31.73 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  33.33 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  28.45 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  28.45 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  30.45 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2368  hypothetical protein  29 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2148  putative S-adenosylmethionine uptake transporter  30.28 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820998 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0373  hypothetical protein  30.69 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  31.25 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0418  hypothetical protein  30.2 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0364  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.69 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0758833  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02987  hypothetical protein  28.72 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0991563  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  28.19 
 
 		 295 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  29.08 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3834  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.57 
 
 		 289 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4162  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.8 
 
 		 316 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5229  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.24 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.85 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0654  DMT family permease  32.49 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  29.56 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0237  hypothetical protein  33.92 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.9 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0666  hypothetical protein  30 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3772  hypothetical protein  30.5 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.758129  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3378  hypothetical protein  27.55 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0858  RhaT family transporter  30.12 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2517  hypothetical protein  30.12 
 
 		 317 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2307  hypothetical protein  32.49 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  0.119716 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.76 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.736924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3544  hypothetical protein  28.21 
 
 		 334 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.298443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3812  hypothetical protein  28.3 
 
 		 323 aa  67.4  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1983  hypothetical protein  30.96 
 
 		 323 aa  67  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0706  hypothetical protein  31.34 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3465  hypothetical protein  27.78 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.354024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1998  hypothetical protein  30.54 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.746729  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1107  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.17 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2143  drug/metabolite exporter family protein  29.48 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000798469  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06569  hypothetical protein  27.95 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2341  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.54 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0427978  normal  0.17643 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  27.33 
 
 		 288 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5037  hypothetical protein  29.39 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  25.91 
 
 		 301 aa  65.9  0.0000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  28.88 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2046  hypothetical protein  30.54 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.782897  normal  0.0300532 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1857  hypothetical protein  29.07 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0328691  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  29.77 
 
 		 318 aa  65.9  0.0000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  25.52 
 
 		 324 aa  65.9  0.0000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0714  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.87 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>