226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2078 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2078  hypothetical protein  100 
 
 		 287 aa  551  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3068  hypothetical protein  71.02 
 
 		 299 aa  381  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3175  hypothetical protein  71.73 
 
 		 299 aa  376  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2209  hypothetical protein  51.27 
 
 		 276 aa  249  3e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0133362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3630  hypothetical protein  50.52 
 
 		 309 aa  231  7.000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.153402 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2410  hypothetical protein  28.63 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116098  normal  0.54382 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  29.33 
 
 		 310 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.93 
 
 		 339 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  28.17 
 
 		 347 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  30.77 
 
 		 315 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.2 
 
 		 333 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.64 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  30.18 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  27.02 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  29.82 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0364  RarD family protein  29.1 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  28.9 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2006  hypothetical protein  28.69 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  30.47 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3378  hypothetical protein  29 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0880  hypothetical protein  28.34 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  29.66 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  27.48 
 
 		 317 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  32.35 
 
 		 289 aa  75.5  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  30.11 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.48 
 
 		 318 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.62 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  28.11 
 
 		 342 aa  75.1  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  30.21 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  27.56 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  27.56 
 
 		 309 aa  73.6  0.000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.72 
 
 		 325 aa  73.6  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.13 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  28.25 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  29.15 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  34.48 
 
 		 289 aa  72  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3237  hypothetical protein  27.27 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2368  hypothetical protein  28.46 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  27.64 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  32.18 
 
 		 288 aa  70.5  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  28.78 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  30.08 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  31.45 
 
 		 292 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.15 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5037  hypothetical protein  29.2 
 
 		 295 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0654  DMT family permease  30.99 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  26.39 
 
 		 310 aa  67.8  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  26.94 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1107  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.33 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2307  hypothetical protein  30.99 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  0.119716 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04178  drug/metabolite transporter superfamily protein  29.74 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291687  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2148  putative S-adenosylmethionine uptake transporter  29.03 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820998 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49940  DUF6 family membrane protein  31.19 
 
 		 288 aa  66.2  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.363771  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.48 
 
 		 318 aa  65.9  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  29.74 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0649  hypothetical protein  29.67 
 
 		 305 aa  65.5  0.0000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  31.23 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0751  hypothetical protein  30.29 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.27541 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0373  hypothetical protein  30.96 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  30 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3993  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.44 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4103  hypothetical protein  28.44 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4073  hypothetical protein  28.44 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  31.25 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4191  hypothetical protein  28.44 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  24.46 
 
 		 324 aa  63.9  0.000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2341  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.06 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0427978  normal  0.17643 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2046  hypothetical protein  28.06 
 
 		 323 aa  63.5  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.782897  normal  0.0300532 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1983  hypothetical protein  28.06 
 
 		 323 aa  63.5  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1998  hypothetical protein  28.06 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.746729  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  29.63 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  26.39 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  30.59 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  30.59 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  29.41 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  26 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1317  hypothetical protein  26.77 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000164006  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  28.41 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  28.04 
 
 		 288 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0237  hypothetical protein  30.6 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0248  hypothetical protein  28.12 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1524  hypothetical protein  26.77 
 
 		 287 aa  61.2  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00012311  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2143  drug/metabolite exporter family protein  27.32 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000798469  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5229  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.46 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0664  hypothetical protein  30.43 
 
 		 330 aa  60.5  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3465  hypothetical protein  26.42 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.354024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0148  hypothetical protein  32.41 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0292713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0929  hypothetical protein  30.1 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0374563 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.39 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.736924 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0364  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.45 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0758833  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5188  hypothetical protein  24.63 
 
 		 308 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0422445 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4418  hypothetical protein  35.29 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.03 
 
 		 292 aa  58.9  0.00000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2483  hypothetical protein  31.87 
 
 		 288 aa  58.9  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.941945  normal  0.050629 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0385  hypothetical protein  28.12 
 
 		 291 aa  58.9  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2071  hypothetical protein  30.57 
 
 		 297 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0250  hypothetical protein  31.49 
 
 		 304 aa  58.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0714  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.32 
 
 		 322 aa  58.5  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0418  hypothetical protein  27.11 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00760  hypothetical protein  26.07 
 
 		 284 aa  58.5  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>