More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0664 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0664  hypothetical protein  100 
 
 		 330 aa  642    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1022  hypothetical protein  64.69 
 
 		 308 aa  286  4e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.88313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.15 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  32.91 
 
 		 317 aa  122  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  35.56 
 
 		 289 aa  122  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  31.58 
 
 		 311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.94 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  29.47 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  36.24 
 
 		 307 aa  112  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  33.17 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  29.03 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  32.18 
 
 		 292 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2646  hypothetical protein  34.7 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  34.38 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0987  RarD family transporter  34.25 
 
 		 318 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0238  hypothetical protein  33.18 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.745295 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2866  hypothetical protein  32.51 
 
 		 293 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0944442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0714  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.29 
 
 		 322 aa  102  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28664  DMT family transporter: drug/metabolite  30.04 
 
 		 309 aa  101  1e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  32.88 
 
 		 331 aa  100  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  32.7 
 
 		 294 aa  99.8  6e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1274  hypothetical protein  35.16 
 
 		 308 aa  99  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  31.03 
 
 		 292 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  29.97 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.63 
 
 		 305 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1859  hypothetical protein  26.05 
 
 		 285 aa  95.9  8e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103759 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4826  hypothetical protein  30.72 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2596  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.47 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3544  hypothetical protein  30.82 
 
 		 334 aa  94.4  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.298443  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  31.84 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1854  hypothetical protein  29.39 
 
 		 305 aa  93.2  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.185322  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0229  hypothetical protein  31.76 
 
 		 298 aa  92.8  7e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1722  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.43 
 
 		 307 aa  92.4  9e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.328831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  29.61 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  31.25 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2606  hypothetical protein  30.24 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.134942  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  26.91 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  30.73 
 
 		 294 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  30.73 
 
 		 294 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  30.28 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3987  hypothetical protein  31.47 
 
 		 309 aa  91.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.92 
 
 		 325 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.8 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  29.61 
 
 		 288 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  33.18 
 
 		 347 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  31.25 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  31.25 
 
 		 292 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.72 
 
 		 333 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  31.48 
 
 		 320 aa  90.1  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.05 
 
 		 339 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.93 
 
 		 298 aa  89.7  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.736924 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2007  hypothetical protein  32.02 
 
 		 345 aa  89.4  8e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.21006  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1093  integral membrane protein  30.94 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.536997  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06291  hypothetical protein  33.62 
 
 		 279 aa  89  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2923  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.03 
 
 		 296 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  31.22 
 
 		 294 aa  89  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1902  hypothetical protein  28.39 
 
 		 308 aa  89  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.344237 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0654  DMT family permease  31.96 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0649  hypothetical protein  31.13 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  31.56 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4162  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.71 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1899  hypothetical protein  31.94 
 
 		 324 aa  86.7  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03092  integral membrane protein DUF6  34.62 
 
 		 285 aa  86.3  6e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2307  hypothetical protein  31.62 
 
 		 303 aa  86.3  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  0.119716 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1379  permease  28.93 
 
 		 317 aa  86.3  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139732  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3834  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.09 
 
 		 289 aa  85.9  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3378  hypothetical protein  28.9 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2376  hypothetical protein  30.1 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545392 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5401  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.3 
 
 		 291 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926572 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3467  hypothetical protein  29.86 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  32.24 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  32.09 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4970  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.07 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3465  hypothetical protein  27.36 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.354024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1547  hypothetical protein  30.97 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.190164  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  32.09 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1636  hypothetical protein  27.27 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.3725 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0006  DMT family permease  27.27 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1388  hypothetical protein  35.68 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  27.6 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2163  hypothetical protein  28.82 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.622252  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07550  drug/metabolite transporter (dmt superfamily)  28.84 
 
 		 269 aa  82.8  0.000000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1083  integral membrane domain-containing protein  29.01 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.739829  normal  0.417186 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0578  hypothetical protein  35.12 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.242573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2143  drug/metabolite exporter family protein  29.71 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000798469  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  30 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  32.09 
 
 		 288 aa  82.4  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0859  hypothetical protein  29.09 
 
 		 293 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.930252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0870  hypothetical protein  29.09 
 
 		 293 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0853  hypothetical protein  29.09 
 
 		 293 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1431  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.29 
 
 		 293 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.516158 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0601  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.34 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0826683 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.91 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4025  hypothetical protein  32.82 
 
 		 274 aa  80.9  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.651718  normal  0.814245 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4351  hypothetical protein  26.47 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.986241 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2929  hypothetical protein  28.51 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.690218 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2148  putative S-adenosylmethionine uptake transporter  29.07 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820998 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  24.62 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0752  hypothetical protein  25.97 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.726444  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>