More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2606 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2606  hypothetical protein  100 
 
 		 293 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.134942  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2866  hypothetical protein  81.91 
 
 		 293 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0944442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2923  protein of unknown function DUF6 transmembrane  77.55 
 
 		 296 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4351  hypothetical protein  68.94 
 
 		 296 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.986241 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1589  hypothetical protein  43.1 
 
 		 295 aa  221  8e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0342218 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2345  hypothetical protein  41.05 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.182301  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2239  membrane protein  37.5 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1376  hypothetical protein  39.16 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2163  hypothetical protein  39.86 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.622252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1636  hypothetical protein  38.57 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.3725 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0006  DMT family permease  38.57 
 
 		 295 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6600  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40.34 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.430074  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  34.2 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1722  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.33 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.328831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0714  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.12 
 
 		 322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0578  hypothetical protein  33.71 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.242573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0649  hypothetical protein  33.09 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0654  DMT family permease  35.5 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2307  hypothetical protein  35.5 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  0.119716 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3305  protein of unknown function DUF6  32.87 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3378  hypothetical protein  31.76 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1859  hypothetical protein  27.6 
 
 		 285 aa  110  3e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103759 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28664  DMT family transporter: drug/metabolite  30.33 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0315  hypothetical protein  27.27 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25781  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.88 
 
 		 333 aa  104  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  33.33 
 
 		 347 aa  104  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2145  hypothetical protein  30.09 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4025  hypothetical protein  33.52 
 
 		 274 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.651718  normal  0.814245 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.88 
 
 		 339 aa  103  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2376  hypothetical protein  32.79 
 
 		 317 aa  102  7e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545392 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  27.16 
 
 		 304 aa  102  8e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2060  hypothetical protein  28.7 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.810367  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  27.97 
 
 		 317 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4826  hypothetical protein  28.87 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5401  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.88 
 
 		 291 aa  99.8  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926572 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3544  hypothetical protein  31.23 
 
 		 334 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.298443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1887  hypothetical protein  32.43 
 
 		 310 aa  97.4  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.98 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30130  hypothetical protein  23.66 
 
 		 296 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  27.78 
 
 		 292 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3870  hypothetical protein  32.72 
 
 		 309 aa  96.7  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.320842 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  28.62 
 
 		 294 aa  96.3  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0175  hypothetical protein  29.54 
 
 		 281 aa  95.9  7e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.812407  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1169  hypothetical protein  31.11 
 
 		 298 aa  95.9  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.351045  normal  0.345968 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1379  permease  28.9 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139732  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  30.18 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  29.63 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.19 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  27.66 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2579  hypothetical protein  23.41 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27497  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3386  hypothetical protein  31.49 
 
 		 295 aa  93.6  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  29.26 
 
 		 320 aa  93.6  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1902  hypothetical protein  30.15 
 
 		 308 aa  92  9e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.344237 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  27.54 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0858  RhaT family transporter  29.79 
 
 		 317 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2517  hypothetical protein  29.79 
 
 		 317 aa  91.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1608  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.83 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.646472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0870  hypothetical protein  24.23 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0859  hypothetical protein  24.23 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.930252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0853  hypothetical protein  24.23 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3467  hypothetical protein  24.8 
 
 		 295 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.59 
 
 		 314 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  25.97 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1431  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.93 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.516158 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  29.1 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2291  hypothetical protein  33.33 
 
 		 313 aa  89.4  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.695659  normal  0.288428 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  30.26 
 
 		 294 aa  89.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05630  hypothetical protein  27.6 
 
 		 292 aa  89  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  30.26 
 
 		 294 aa  89.4  8e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  29.24 
 
 		 318 aa  89  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0148  hypothetical protein  26.52 
 
 		 295 aa  89  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0292713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  28.91 
 
 		 317 aa  88.2  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4050  membrane protein  26.67 
 
 		 317 aa  88.6  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.146235  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3987  hypothetical protein  26.75 
 
 		 309 aa  88.2  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0908  hypothetical protein  26.55 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.144384  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2600  hypothetical protein  27.78 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0233852 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  27.35 
 
 		 301 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1899  hypothetical protein  33.66 
 
 		 324 aa  87.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5355  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.57 
 
 		 288 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1081  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.44 
 
 		 312 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2401  hypothetical protein  25 
 
 		 287 aa  87  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00730365  normal  0.0851342 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1854  hypothetical protein  29.26 
 
 		 305 aa  86.7  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.185322  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2646  hypothetical protein  27.35 
 
 		 318 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0932  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.44 
 
 		 312 aa  86.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0197458  normal  0.805634 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0643  hypothetical protein  25.19 
 
 		 312 aa  86.3  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254759  normal  0.394325 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0156  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.69 
 
 		 301 aa  86.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.310951  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.69 
 
 		 292 aa  86.3  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  26.75 
 
 		 331 aa  85.9  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0238  hypothetical protein  27.06 
 
 		 324 aa  85.5  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.745295 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0987  RarD family transporter  26.91 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0664  hypothetical protein  30.24 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  25.63 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  28.11 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3918  hypothetical protein  27.27 
 
 		 285 aa  84.3  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0035  hypothetical protein  30.61 
 
 		 284 aa  84  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0883  hypothetical protein  29.27 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.972972 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2983  hypothetical protein  26.72 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000000753467  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1274  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.37 
 
 		 277 aa  84  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.320478  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1274  hypothetical protein  28.29 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  28.11 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>