More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2401 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2401  hypothetical protein  100 
 
 
287 aa  554  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00730365  normal  0.0851342 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2579  hypothetical protein  67.48 
 
 
294 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27497  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30130  hypothetical protein  68.07 
 
 
296 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1169  hypothetical protein  41.09 
 
 
298 aa  179  7e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.351045  normal  0.345968 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0870  hypothetical protein  35 
 
 
293 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0859  hypothetical protein  35 
 
 
293 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.930252  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0853  hypothetical protein  35 
 
 
293 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1722  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.28 
 
 
307 aa  150  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.328831  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3467  hypothetical protein  34.07 
 
 
295 aa  149  4e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3292  hypothetical protein  33.45 
 
 
287 aa  148  9e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  31.39 
 
 
303 aa  148  9e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63910  hypothetical protein  35.06 
 
 
284 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0400  hypothetical protein  31.21 
 
 
295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0883  hypothetical protein  32.73 
 
 
288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.972972 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2715  hypothetical protein  31.62 
 
 
281 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1712  hypothetical protein  31.72 
 
 
277 aa  127  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000911323 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2225  hypothetical protein  31.53 
 
 
324 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1578  integral membrane protein  31.62 
 
 
281 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2630  integral membrane protein  31.62 
 
 
281 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00672101  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2145  hypothetical protein  33.21 
 
 
311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1751  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.62 
 
 
297 aa  126  5e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1274  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.16 
 
 
277 aa  125  6e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.320478  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0770  hypothetical protein  32.75 
 
 
288 aa  123  4e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0752  hypothetical protein  32.75 
 
 
288 aa  123  4e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.726444  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5553  hypothetical protein  33.95 
 
 
284 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0878  transmembrane protein  32.87 
 
 
307 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2060  hypothetical protein  33.09 
 
 
311 aa  122  9e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.810367  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2619  hypothetical protein  32.41 
 
 
306 aa  122  9e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal  0.632482 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1174  hypothetical protein  31.36 
 
 
302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0657223  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3987  hypothetical protein  32.39 
 
 
309 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1573  integral membrane protein  28.39 
 
 
310 aa  120  3e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0987  RarD family transporter  31.53 
 
 
318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0393  hypothetical protein  32.12 
 
 
334 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.21317 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2646  hypothetical protein  31.53 
 
 
318 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0395  hypothetical protein  30.99 
 
 
291 aa  119  7e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.460041  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0238  hypothetical protein  32.66 
 
 
324 aa  118  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.745295 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1241  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.07 
 
 
290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.608895  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0643  hypothetical protein  28.97 
 
 
312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254759  normal  0.394325 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1379  permease  28.12 
 
 
317 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139732  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07041  integral membrane protein, DUF6  31.62 
 
 
295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0828931  normal  0.114076 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1567  putative transmembrane protein  32.57 
 
 
305 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0408  integral membrane protein  28.52 
 
 
310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  30.25 
 
 
291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2929  hypothetical protein  32.87 
 
 
313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.690218 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0747  hypothetical protein  32.26 
 
 
277 aa  113  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.265065 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0434  integral membrane protein  28.18 
 
 
310 aa  112  5e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2011  putative transmembrane protein  31.97 
 
 
305 aa  112  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0258502  hitchhiker  0.00330682 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1743  putative transmembrane protein  29.76 
 
 
303 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.75968  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2879  putative transmembrane protein  33.8 
 
 
295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.609035  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2635  putative transmembrane protein  34.49 
 
 
298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.591483  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  29.45 
 
 
331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1296  hypothetical protein  29.51 
 
 
302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0175  hypothetical protein  32.7 
 
 
281 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.812407  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0570  hypothetical protein  35.59 
 
 
314 aa  109  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0778  hypothetical protein  26.37 
 
 
296 aa  108  1e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2238  putative transmembrane protein  31.02 
 
 
301 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56405  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15881  integral membrane protein, DUF6  31.69 
 
 
304 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.21 
 
 
305 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2430  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.33 
 
 
329 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.7 
 
 
305 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2037  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.36 
 
 
329 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187507  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1376  hypothetical protein  26.28 
 
 
297 aa  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3918  hypothetical protein  29 
 
 
285 aa  104  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2661  hypothetical protein  27.87 
 
 
319 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1497  putative transmembrane protein  31.12 
 
 
300 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0578  hypothetical protein  32.76 
 
 
305 aa  102  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.242573  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  30.18 
 
 
317 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3368  putative transmembrane protein  31.21 
 
 
295 aa  102  7e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1107  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.97 
 
 
291 aa  102  9e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1207  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.42 
 
 
283 aa  101  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  28.32 
 
 
292 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0654  DMT family permease  31.83 
 
 
303 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2307  hypothetical protein  31.83 
 
 
303 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  0.119716 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1081  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.12 
 
 
312 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0647  transporter, drug/metabolite exporter family  25.8 
 
 
297 aa  100  3e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000726353  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0190  hypothetical protein  31.62 
 
 
295 aa  100  4e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.72 
 
 
313 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0932  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.12 
 
 
312 aa  99  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0197458  normal  0.805634 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  28.27 
 
 
311 aa  98.6  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0750  UAA family protein  25.8 
 
 
297 aa  99  9e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000936326  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3834  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.83 
 
 
289 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  26.74 
 
 
317 aa  98.2  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2376  hypothetical protein  32.06 
 
 
317 aa  98.6  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.545392 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1859  hypothetical protein  25.3 
 
 
285 aa  97.4  2e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103759 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10231  integral membrane protein, DUF6  21.9 
 
 
295 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0119953  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0618  hypothetical protein  27.11 
 
 
338 aa  97.1  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893189  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1338  integral membrane protein  27.84 
 
 
296 aa  97.4  3e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0537  conserved hypothetical integral membrane protein (DUF6 domain protein)  27.5 
 
 
310 aa  97.1  3e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0270  DMT family permease  25.34 
 
 
302 aa  96.3  6e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.437202  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0859  integral membrane protein, DUF6  24 
 
 
296 aa  95.9  7e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.24873  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  28.06 
 
 
292 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3305  protein of unknown function DUF6  28.23 
 
 
313 aa  95.5  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  28.57 
 
 
292 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2596  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.4 
 
 
305 aa  95.1  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  26.95 
 
 
331 aa  95.1  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.96 
 
 
298 aa  94.7  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.736924 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1317  hypothetical protein  29.2 
 
 
287 aa  94.7  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000164006  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0649  hypothetical protein  27.44 
 
 
305 aa  94.7  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0908  hypothetical protein  27.24 
 
 
300 aa  94.4  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.144384  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1524  hypothetical protein  29.2 
 
 
287 aa  94.4  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00012311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>