More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1376 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1376  hypothetical protein  100 
 
 		 297 aa  588  1e-167  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2345  hypothetical protein  50.84 
 
 		 303 aa  288  7e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.182301  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1589  hypothetical protein  51.04 
 
 		 295 aa  276  3e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0342218 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2163  hypothetical protein  52.69 
 
 		 295 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.622252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0006  DMT family permease  51.25 
 
 		 295 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1636  hypothetical protein  50.9 
 
 		 295 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.3725 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6600  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.71 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.430074  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2866  hypothetical protein  38.13 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0944442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4351  hypothetical protein  40.43 
 
 		 296 aa  181  9.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.986241 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2606  hypothetical protein  39.16 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.134942  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2923  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.41 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2239  membrane protein  34.86 
 
 		 297 aa  166  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  32.97 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1722  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.77 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.328831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0175  hypothetical protein  32.06 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.812407  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0714  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.57 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0578  hypothetical protein  29.6 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.242573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4025  hypothetical protein  34.84 
 
 		 274 aa  97.4  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.651718  normal  0.814245 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1859  hypothetical protein  28.63 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103759 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  28.38 
 
 		 331 aa  96.3  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2060  hypothetical protein  30.36 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.810367  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2401  hypothetical protein  25.97 
 
 		 287 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00730365  normal  0.0851342 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2145  hypothetical protein  30.36 
 
 		 311 aa  93.6  3e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3987  hypothetical protein  30.03 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0229  hypothetical protein  28.47 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0035  hypothetical protein  34.62 
 
 		 284 aa  91.3  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0250  hypothetical protein  30.56 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.85 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0654  DMT family permease  27.34 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0858  RhaT family transporter  32.68 
 
 		 317 aa  89.7  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0859  hypothetical protein  25.68 
 
 		 293 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.930252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0870  hypothetical protein  25.68 
 
 		 293 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0853  hypothetical protein  25.68 
 
 		 293 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2517  hypothetical protein  32.68 
 
 		 317 aa  89.7  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  30.24 
 
 		 310 aa  88.6  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0570  hypothetical protein  28.12 
 
 		 314 aa  88.2  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2307  hypothetical protein  26.98 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0780825  normal  0.119716 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1902  hypothetical protein  32.87 
 
 		 308 aa  88.6  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.344237 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3918  hypothetical protein  33.68 
 
 		 285 aa  88.2  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  31.22 
 
 		 317 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3305  protein of unknown function DUF6  25.43 
 
 		 313 aa  86.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0156  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.5 
 
 		 301 aa  86.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.310951  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2376  hypothetical protein  27.4 
 
 		 317 aa  86.7  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545392 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.5 
 
 		 333 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1887  hypothetical protein  27.49 
 
 		 310 aa  86.3  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  27.97 
 
 		 347 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2579  hypothetical protein  25.86 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27497  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0649  hypothetical protein  29.5 
 
 		 305 aa  85.9  7e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  28.19 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  31.94 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5401  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.26 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926572 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1274  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.57 
 
 		 277 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.320478  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.36 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.34 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3378  hypothetical protein  30.66 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2929  hypothetical protein  28.57 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.690218 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  25.53 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0585  hypothetical protein  28.09 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30130  hypothetical protein  25.77 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2646  hypothetical protein  29.33 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2769  hypothetical protein  27.94 
 
 		 283 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0260023  normal  0.123404 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4826  hypothetical protein  29.21 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2871  hypothetical protein  27.94 
 
 		 283 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0538592  hitchhiker  0.00207422 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0883  hypothetical protein  28.15 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.972972 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1712  hypothetical protein  27.11 
 
 		 277 aa  82  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000911323 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1241  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.27 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.608895  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0987  RarD family transporter  28.89 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2148  putative S-adenosylmethionine uptake transporter  28.85 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820998 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  27.43 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1899  hypothetical protein  30.18 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0315  hypothetical protein  25.25 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25781  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  27.78 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0158  hypothetical protein  26.17 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  31.28 
 
 		 331 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1854  hypothetical protein  28.57 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.185322  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1093  integral membrane protein  25.34 
 
 		 294 aa  79  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.536997  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  26.39 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15881  integral membrane protein, DUF6  27.6 
 
 		 304 aa  78.6  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3544  hypothetical protein  28.12 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.298443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  25.4 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3467  hypothetical protein  24.48 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  26.87 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2701  hypothetical protein  28.34 
 
 		 283 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00447474  hitchhiker  0.0000895819 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1372  hypothetical protein  27.82 
 
 		 283 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.601004  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0770  hypothetical protein  23.96 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  30 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1411  hypothetical protein  27.82 
 
 		 283 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.325978 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0752  hypothetical protein  23.96 
 
 		 288 aa  76.6  0.0000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.726444  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1296  hypothetical protein  25.66 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  24.74 
 
 		 320 aa  75.9  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2971  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.82 
 
 		 283 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.111815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2238  putative transmembrane protein  28.91 
 
 		 301 aa  75.5  0.0000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56405  normal  0.0304872 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1388  hypothetical protein  27.42 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  29.65 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  27.66 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  28.57 
 
 		 304 aa  75.5  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0238  hypothetical protein  25.43 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.745295 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.86 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.736924 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1798  hypothetical protein  27.05 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.404133  normal  0.483155 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  28.71 
 
 		 318 aa  74.3  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>