More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4025 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4025  hypothetical protein  100 
 
 		 274 aa  520  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.651718  normal  0.814245 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5401  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.69 
 
 		 291 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926572 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5355  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.93 
 
 		 288 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  34.11 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2866  hypothetical protein  32.54 
 
 		 293 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0944442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2163  hypothetical protein  38.06 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.622252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0006  DMT family permease  36.5 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2145  hypothetical protein  30.83 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1636  hypothetical protein  36.5 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.3725 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1722  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.11 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.328831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2060  hypothetical protein  30.45 
 
 		 311 aa  115  8.999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.810367  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2376  hypothetical protein  33.46 
 
 		 317 aa  112  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545392 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2239  membrane protein  29.92 
 
 		 297 aa  108  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1887  hypothetical protein  33.21 
 
 		 310 aa  105  8e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0714  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.94 
 
 		 322 aa  104  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2345  hypothetical protein  35.81 
 
 		 303 aa  103  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.182301  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2923  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.67 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4351  hypothetical protein  34.1 
 
 		 296 aa  102  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.986241 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1376  hypothetical protein  34.84 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1589  hypothetical protein  33.33 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0342218 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2606  hypothetical protein  32.42 
 
 		 293 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.134942  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1859  hypothetical protein  25.47 
 
 		 285 aa  96.3  5e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103759 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2143  drug/metabolite exporter family protein  31.4 
 
 		 297 aa  93.6  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000798469  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  30.37 
 
 		 331 aa  91.7  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1093  integral membrane protein  29.02 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.536997  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0229  hypothetical protein  29.52 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1902  hypothetical protein  32.08 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.344237 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  28.63 
 
 		 320 aa  89.4  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  29.59 
 
 		 292 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  32.99 
 
 		 317 aa  86.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06569  hypothetical protein  29.43 
 
 		 311 aa  85.9  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0175  hypothetical protein  31.3 
 
 		 281 aa  85.9  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.812407  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.95 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3378  hypothetical protein  32.86 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0578  hypothetical protein  32.29 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.242573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0649  hypothetical protein  27.92 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.43 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  29.21 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  28.21 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  27.14 
 
 		 289 aa  82  0.000000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06291  hypothetical protein  28.19 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05630  hypothetical protein  28.52 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  33.33 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4826  hypothetical protein  28.09 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000272  permease  29.95 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0315  hypothetical protein  32.67 
 
 		 319 aa  80.5  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25781  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1583  hypothetical protein  29.3 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0899842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  32.7 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3812  hypothetical protein  30.73 
 
 		 323 aa  79.3  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001435  putative transporter DME family  30.4 
 
 		 285 aa  79  0.00000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00100251  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2368  hypothetical protein  26.74 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  30.95 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0408  integral membrane protein  26.77 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00379615  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  28.4 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  30.07 
 
 		 294 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00760  hypothetical protein  30.81 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28664  DMT family transporter: drug/metabolite  25.28 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2071  hypothetical protein  30.33 
 
 		 297 aa  74.3  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1274  hypothetical protein  30.4 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  28.46 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  29.37 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0585  hypothetical protein  28.03 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2929  hypothetical protein  31.1 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.690218 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  28.95 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0643  hypothetical protein  25.1 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254759  normal  0.394325 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0080  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.26 
 
 		 328 aa  72.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.109193 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  32.7 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07041  integral membrane protein, DUF6  27.31 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0828931  normal  0.114076 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  32.7 
 
 		 309 aa  72  0.000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  32.98 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  28.5 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0706  hypothetical protein  26.94 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  29.38 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  29.75 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0035  hypothetical protein  26.67 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3305  protein of unknown function DUF6  28.78 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  27.68 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0148  hypothetical protein  27.48 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0292713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6600  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.81 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.430074  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1160  hypothetical protein  35.15 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.565662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  27.04 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0858  RhaT family transporter  28.1 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2492  RhaT family protein  35.15 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.738577  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1854  hypothetical protein  28.85 
 
 		 305 aa  70.1  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.185322  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0870  hypothetical protein  27.13 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0859  hypothetical protein  27.13 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.930252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0664  hypothetical protein  32.84 
 
 		 330 aa  70.1  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2517  hypothetical protein  28.1 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0853  hypothetical protein  27.13 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  28.04 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3918  hypothetical protein  28.63 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  29.24 
 
 		 288 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  27.91 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0908  hypothetical protein  26.94 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.144384  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  27.27 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0654  DMT family permease  28.3 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  29.84 
 
 		 315 aa  68.9  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5229  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.99 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07550  drug/metabolite transporter (dmt superfamily)  23.24 
 
 		 269 aa  68.6  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1998  hypothetical protein  29.47 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.746729  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>