More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4022 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  100 
 
 		 325 aa  640    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  69.31 
 
 		 301 aa  411  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  66.67 
 
 		 301 aa  408  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02987  hypothetical protein  53.97 
 
 		 316 aa  301  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0991563  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0373  hypothetical protein  51.77 
 
 		 295 aa  281  1e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0364  protein of unknown function DUF6 transmembrane  51.77 
 
 		 295 aa  279  4e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0758833  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3237  hypothetical protein  50.54 
 
 		 300 aa  277  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  48.36 
 
 		 310 aa  255  6e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5037  hypothetical protein  48.76 
 
 		 295 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  42.14 
 
 		 292 aa  195  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  41.07 
 
 		 292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  39.43 
 
 		 292 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  37.46 
 
 		 311 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  39.29 
 
 		 292 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  39.07 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  37.41 
 
 		 292 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  38.87 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  35.79 
 
 		 295 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5188  hypothetical protein  40.33 
 
 		 308 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0422445 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  37.37 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.31 
 
 		 339 aa  169  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.83 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  37.28 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  38.49 
 
 		 347 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49940  DUF6 family membrane protein  39.08 
 
 		 288 aa  165  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.363771  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  39.08 
 
 		 288 aa  164  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  37.01 
 
 		 317 aa  162  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  35.79 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  38.51 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  36.65 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  36.03 
 
 		 313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  36.79 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  31.89 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  30.84 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  31.48 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.94 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  31.94 
 
 		 331 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4050  membrane protein  34.4 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.146235  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  36.14 
 
 		 320 aa  133  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1547  hypothetical protein  33.21 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.190164  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  34.1 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0601  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.97 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0826683 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1323  hypothetical protein  33.58 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10369  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  31.42 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  30.39 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  31.06 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  31.9 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  28.21 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  30.56 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0987  RarD family transporter  33.22 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2646  hypothetical protein  33.22 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0238  hypothetical protein  33.22 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.745295 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  31.69 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2148  putative S-adenosylmethionine uptake transporter  32.2 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820998 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3987  hypothetical protein  32.36 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3465  hypothetical protein  31.58 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.354024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  27.11 
 
 		 342 aa  109  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1274  hypothetical protein  32.59 
 
 		 308 aa  108  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  30 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3586  hypothetical protein  29 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0618  hypothetical protein  30.19 
 
 		 338 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893189  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0617  hypothetical protein  30.19 
 
 		 338 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  30.1 
 
 		 317 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2661  hypothetical protein  30.19 
 
 		 319 aa  106  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1608  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.53 
 
 		 293 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.646472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1722  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.96 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.328831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.13 
 
 		 292 aa  105  9e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.06 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1260  hypothetical protein  32.59 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.33 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.96 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1431  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.07 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.516158 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.69 
 
 		 306 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3386  hypothetical protein  31.96 
 
 		 295 aa  103  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0175  hypothetical protein  31.45 
 
 		 281 aa  102  6e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.812407  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5348  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.01 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  30.51 
 
 		 320 aa  102  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2517  hypothetical protein  29.87 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0858  RhaT family transporter  29.87 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  29.12 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  29.12 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0364  RarD family protein  27.33 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0880  hypothetical protein  27.21 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2509  hypothetical protein  29.97 
 
 		 333 aa  100  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126674  normal  0.276837 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  27.6 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3854  hypothetical protein  29.43 
 
 		 301 aa  99.8  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0943127  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2006  hypothetical protein  27 
 
 		 307 aa  99.8  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2929  hypothetical protein  29.64 
 
 		 313 aa  99.8  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.690218 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1857  hypothetical protein  30.96 
 
 		 300 aa  99.4  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0328691  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1093  integral membrane protein  30.47 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.536997  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  29.03 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06291  hypothetical protein  31.8 
 
 		 279 aa  97.4  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2060  hypothetical protein  31.67 
 
 		 311 aa  96.7  5e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.810367  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0585  hypothetical protein  30.58 
 
 		 306 aa  96.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0148  hypothetical protein  29.33 
 
 		 295 aa  96.7  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0292713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  27.41 
 
 		 312 aa  96.3  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  30.56 
 
 		 303 aa  96.3  7e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0418  hypothetical protein  32.07 
 
 		 306 aa  95.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3870  hypothetical protein  31.23 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.320842 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3305  protein of unknown function DUF6  30.24 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>