297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0929 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0929  hypothetical protein  100 
 
 		 297 aa  573  1.0000000000000001e-163  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0374563 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4418  hypothetical protein  45.13 
 
 		 306 aa  235  6e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0931  hypothetical protein  45.42 
 
 		 294 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2492  RhaT family protein  45.76 
 
 		 294 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.738577  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1160  hypothetical protein  45.42 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.565662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1798  hypothetical protein  42.4 
 
 		 286 aa  209  4e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.404133  normal  0.483155 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2341  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.05 
 
 		 294 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0427978  normal  0.17643 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1998  hypothetical protein  40.7 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.746729  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1983  hypothetical protein  41.05 
 
 		 323 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2046  hypothetical protein  40.7 
 
 		 323 aa  192  8e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.782897  normal  0.0300532 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1583  hypothetical protein  39.79 
 
 		 302 aa  190  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0899842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2483  hypothetical protein  41.55 
 
 		 288 aa  189  5.999999999999999e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.941945  normal  0.050629 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1559  hypothetical protein  39.79 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2502  hypothetical protein  39.49 
 
 		 285 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2071  hypothetical protein  40.48 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4573  hypothetical protein  38.57 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.202635 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2264  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.86 
 
 		 302 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0912257  normal  0.0283432 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0573  hypothetical protein  36.21 
 
 		 288 aa  169  5e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1711  RhaT family protein  36.18 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.466454  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0341  hypothetical protein  36.39 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.514286 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0355  hypothetical protein  36.39 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2040  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.87 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0382174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2232  hypothetical protein  35.03 
 
 		 295 aa  155  7e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2540  hypothetical protein  36.81 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0237  hypothetical protein  35.76 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0270  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.64 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0751  hypothetical protein  33.79 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.27541 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  33.1 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  34.86 
 
 		 289 aa  121  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0315  hypothetical protein  29.89 
 
 		 319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25781  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1388  hypothetical protein  31.01 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  33.56 
 
 		 311 aa  119  6e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.99 
 
 		 314 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  31.34 
 
 		 307 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  32.67 
 
 		 315 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1038  hypothetical protein  30.69 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  33 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5807  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.8 
 
 		 287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0384253  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  29.12 
 
 		 331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  31.07 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  32.68 
 
 		 310 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04178  drug/metabolite transporter superfamily protein  27.93 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291687  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  32.53 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.38 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2509  hypothetical protein  31.21 
 
 		 333 aa  102  8e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126674  normal  0.276837 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  28.39 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2983  hypothetical protein  29.52 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000000753467  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0714  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.14 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  30.47 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  29.36 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  33.97 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  30.47 
 
 		 309 aa  99.8  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  30.95 
 
 		 317 aa  99.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1902  hypothetical protein  30.34 
 
 		 308 aa  99.8  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.344237 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0585  hypothetical protein  28.72 
 
 		 306 aa  99  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  31.71 
 
 		 292 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1608  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.78 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.646472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.27 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2368  hypothetical protein  30.6 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  35.9 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  28.81 
 
 		 318 aa  97.8  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1093  integral membrane protein  32.8 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.536997  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.84 
 
 		 305 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  30.17 
 
 		 331 aa  97.1  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1431  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.99 
 
 		 293 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.516158 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3918  hypothetical protein  29.37 
 
 		 285 aa  96.7  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  35.03 
 
 		 294 aa  96.3  6e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  35.03 
 
 		 294 aa  96.3  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3772  hypothetical protein  28.72 
 
 		 306 aa  95.1  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.758129  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0706  hypothetical protein  32.16 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  30.34 
 
 		 291 aa  94.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0148  hypothetical protein  29.49 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0292713  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4050  membrane protein  27.81 
 
 		 317 aa  93.6  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.146235  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0250  hypothetical protein  29.31 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0666  hypothetical protein  29.67 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0156  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.82 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.310951  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  31.62 
 
 		 317 aa  93.2  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.27 
 
 		 318 aa  92.8  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0229  hypothetical protein  29.29 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06291  hypothetical protein  32.4 
 
 		 279 aa  92.8  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  31.08 
 
 		 301 aa  92.4  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0424  DMT family permease  30.77 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  29.29 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.52 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  26.07 
 
 		 342 aa  91.3  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2376  hypothetical protein  31.34 
 
 		 317 aa  90.5  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545392 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0158  hypothetical protein  31.25 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  30.65 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4940  hypothetical protein  29.51 
 
 		 304 aa  90.1  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.234076  normal  0.439093 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0418  hypothetical protein  28.87 
 
 		 306 aa  89.7  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0238  hypothetical protein  30.23 
 
 		 324 aa  89.4  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.745295 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  32.89 
 
 		 295 aa  89.4  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3854  hypothetical protein  30.04 
 
 		 301 aa  89  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0943127  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2646  hypothetical protein  29.67 
 
 		 318 aa  89  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2496  hypothetical protein  34.34 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.580148 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.02 
 
 		 306 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0987  RarD family transporter  29.33 
 
 		 318 aa  87  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3386  hypothetical protein  35.16 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1274  hypothetical protein  31.14 
 
 		 308 aa  87  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  30.46 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>