266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3175 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3175  hypothetical protein  100 
 
 		 299 aa  570  1e-161  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3068  hypothetical protein  94.3 
 
 		 299 aa  527  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.237981 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2078  hypothetical protein  71.73 
 
 		 287 aa  386  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2209  hypothetical protein  53.82 
 
 		 276 aa  261  6.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0133362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3630  hypothetical protein  53.87 
 
 		 309 aa  239  4e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.153402 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2410  hypothetical protein  29.59 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116098  normal  0.54382 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  31.31 
 
 		 310 aa  99.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  29.63 
 
 		 342 aa  94.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  31.1 
 
 		 347 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  30.9 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.02 
 
 		 333 aa  89.4  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.45 
 
 		 314 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  29.01 
 
 		 317 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  33.11 
 
 		 292 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.74 
 
 		 339 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  29.25 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00760  hypothetical protein  31.72 
 
 		 284 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  32.89 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  32.89 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  28.94 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.25 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  33.22 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.77 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  28.94 
 
 		 309 aa  80.9  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  30.43 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.23 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  29.89 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  29.15 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  32.84 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  34.05 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  28.85 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.22 
 
 		 318 aa  79.3  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5188  hypothetical protein  32.65 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0422445 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  28.62 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.51 
 
 		 325 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  32.32 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  33.07 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2006  hypothetical protein  28.68 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0706  hypothetical protein  33.33 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0364  RarD family protein  28.68 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0880  hypothetical protein  26.91 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  33 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.57 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3237  hypothetical protein  29.39 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49940  DUF6 family membrane protein  32.5 
 
 		 288 aa  74.3  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.363771  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  29.83 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  31.06 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  30.64 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  31.74 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0364  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.18 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0758833  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  28.23 
 
 		 324 aa  72.4  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0751  hypothetical protein  32.84 
 
 		 313 aa  72.4  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.27541 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0373  hypothetical protein  30.58 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3378  hypothetical protein  29.5 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.804952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  28.89 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2148  putative S-adenosylmethionine uptake transporter  30.8 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820998 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0418  hypothetical protein  30.09 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0858  RhaT family transporter  30.77 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3772  hypothetical protein  31.69 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.758129  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2517  hypothetical protein  30.77 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04178  drug/metabolite transporter superfamily protein  29.63 
 
 		 291 aa  70.5  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291687  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  31.03 
 
 		 331 aa  70.1  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  29.6 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1107  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.35 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  28.64 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  28.64 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  31.22 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2368  hypothetical protein  29.63 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2071  hypothetical protein  32.49 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0714  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.66 
 
 		 322 aa  69.3  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0156  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.17 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.310951  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3544  hypothetical protein  28.12 
 
 		 334 aa  68.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.298443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  27.85 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  29.46 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02987  hypothetical protein  29.29 
 
 		 316 aa  67  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0991563  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0666  hypothetical protein  30.72 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.85 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0649  hypothetical protein  27.45 
 
 		 305 aa  66.6  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5229  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.18 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  30.95 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  29.18 
 
 		 301 aa  66.2  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2483  hypothetical protein  32.8 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.941945  normal  0.050629 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0585  hypothetical protein  29.69 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1983  hypothetical protein  32.37 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4103  hypothetical protein  28.52 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  30.7 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2929  hypothetical protein  31.11 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.690218 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3812  hypothetical protein  28.81 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.43 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.736924 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4073  hypothetical protein  28.52 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1547  hypothetical protein  26.19 
 
 		 289 aa  65.5  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.190164  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0395  hypothetical protein  29.17 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.460041  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  27.27 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2341  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.95 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0427978  normal  0.17643 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2143  drug/metabolite exporter family protein  30.22 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000798469  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1583  hypothetical protein  30 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0899842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1169  hypothetical protein  27.27 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.841455 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0237  hypothetical protein  31.49 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1998  hypothetical protein  31.95 
 
 		 299 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.746729  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2046  hypothetical protein  31.95 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.782897  normal  0.0300532 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>