More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5229 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5229  protein of unknown function DUF6 transmembrane  100 
 
 		 308 aa  599  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0418  hypothetical protein  82.82 
 
 		 306 aa  470  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  34.83 
 
 		 295 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  36.3 
 
 		 292 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  34.41 
 
 		 311 aa  135  8e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  32.47 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  35.97 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  35.27 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  35.19 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  33.57 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.68 
 
 		 314 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.45 
 
 		 313 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  31.25 
 
 		 317 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  34.04 
 
 		 320 aa  122  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  37.27 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49940  DUF6 family membrane protein  37.64 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.363771  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  34.17 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  31.47 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  37.64 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  34.07 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  34.17 
 
 		 292 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1857  hypothetical protein  34.07 
 
 		 300 aa  116  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0328691  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  34.07 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3237  hypothetical protein  30.36 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1547  hypothetical protein  31.52 
 
 		 289 aa  109  7.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.190164  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.97 
 
 		 339 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  35.09 
 
 		 310 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.42 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.84 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  35.25 
 
 		 347 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.22 
 
 		 325 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  32.59 
 
 		 317 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1583  hypothetical protein  31.87 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0899842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  34.28 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4050  membrane protein  32.87 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.146235  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  30.07 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.74 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2983  hypothetical protein  28.52 
 
 		 313 aa  99.4  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000000753467  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  31.25 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  32.64 
 
 		 331 aa  97.4  3e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  30.69 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  32.13 
 
 		 304 aa  97.4  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0148  hypothetical protein  29.15 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0292713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  29.25 
 
 		 294 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  31.94 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1608  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.7 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.646472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  32.88 
 
 		 301 aa  94  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  31.88 
 
 		 318 aa  93.6  4e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  29.03 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.71 
 
 		 318 aa  92.8  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  29.26 
 
 		 309 aa  92.4  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  31.35 
 
 		 324 aa  92.4  9e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.99 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.736924 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3586  hypothetical protein  28.21 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3305  protein of unknown function DUF6  29.05 
 
 		 313 aa  90.1  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2148  putative S-adenosylmethionine uptake transporter  33.33 
 
 		 296 aa  90.1  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.820998 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03092  integral membrane protein DUF6  32.85 
 
 		 285 aa  89.7  6e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  27.05 
 
 		 331 aa  89.4  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1388  hypothetical protein  28.09 
 
 		 337 aa  89.7  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0158  hypothetical protein  29.15 
 
 		 301 aa  89.4  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  28.57 
 
 		 294 aa  89.4  8e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.92 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  27.55 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  28.32 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.24 
 
 		 318 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1431  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.9 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.516158 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0080  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.38 
 
 		 328 aa  87  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.109193 
 
 
-
 
NC_003296  RS02987  hypothetical protein  31.32 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0991563  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  31.32 
 
 		 317 aa  87.4  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0706  hypothetical protein  30.87 
 
 		 319 aa  87  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0643  hypothetical protein  29.87 
 
 		 312 aa  86.7  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254759  normal  0.394325 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3854  hypothetical protein  28.93 
 
 		 301 aa  86.7  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0943127  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  28.73 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  29.87 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0364  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.58 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0758833  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.53 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2410  hypothetical protein  29.79 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116098  normal  0.54382 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2209  hypothetical protein  32.88 
 
 		 276 aa  84.7  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0133362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2509  hypothetical protein  30.63 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126674  normal  0.276837 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4418  hypothetical protein  32.14 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0929  hypothetical protein  28.26 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0374563 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  27.75 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  27.97 
 
 		 342 aa  82.8  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2661  hypothetical protein  30.24 
 
 		 319 aa  82.4  0.000000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2264  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.78 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0912257  normal  0.0283432 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3386  hypothetical protein  30.32 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  29.58 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0858  RhaT family transporter  29.82 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0175  hypothetical protein  33.33 
 
 		 281 aa  80.9  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.812407  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2517  hypothetical protein  29.82 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.21 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0601  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.78 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0826683 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3870  hypothetical protein  28.32 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.320842 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0373  hypothetical protein  29.86 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0880  hypothetical protein  32.02 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1323  hypothetical protein  29.78 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10369  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63910  hypothetical protein  29.41 
 
 		 284 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1260  hypothetical protein  32.03 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3987  hypothetical protein  32.63 
 
 		 309 aa  77.8  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2125  hypothetical protein  33.05 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>