285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02987 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS02987  hypothetical protein  100 
 
 
316 aa  619  1e-176  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0991563  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  56.94 
 
 
301 aa  323  3e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  54 
 
 
325 aa  315  9e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  54.55 
 
 
301 aa  304  2.0000000000000002e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5037  hypothetical protein  56.27 
 
 
295 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3237  hypothetical protein  48.03 
 
 
300 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0373  hypothetical protein  45.74 
 
 
295 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0364  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.74 
 
 
295 aa  242  7e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0758833  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  43 
 
 
310 aa  214  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  38.65 
 
 
295 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  38.89 
 
 
292 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  38.95 
 
 
292 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  35.42 
 
 
292 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  39.44 
 
 
295 aa  179  4.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  36.11 
 
 
292 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  37.94 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  35.92 
 
 
292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  36.04 
 
 
311 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  36.04 
 
 
292 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  35.05 
 
 
304 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  36.52 
 
 
311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  37.55 
 
 
294 aa  163  3e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49940  DUF6 family membrane protein  37.89 
 
 
288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.363771  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  34.54 
 
 
310 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  38.52 
 
 
288 aa  156  6e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.92 
 
 
313 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  33.68 
 
 
315 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.83 
 
 
314 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5188  hypothetical protein  37.02 
 
 
308 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0422445 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.56 
 
 
339 aa  149  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.55 
 
 
333 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  33.23 
 
 
347 aa  143  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  35.19 
 
 
320 aa  143  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  32.48 
 
 
317 aa  142  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  33.77 
 
 
307 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  30.53 
 
 
317 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4050  membrane protein  32.97 
 
 
317 aa  139  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.146235  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  35.52 
 
 
310 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  33.81 
 
 
289 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1608  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.99 
 
 
293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.646472  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3465  hypothetical protein  32.9 
 
 
305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.354024  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  31.23 
 
 
289 aa  116  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1431  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.66 
 
 
293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.516158 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1274  hypothetical protein  32.58 
 
 
308 aa  114  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154699  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.62 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  28.52 
 
 
331 aa  112  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  29.07 
 
 
294 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.52 
 
 
306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1323  hypothetical protein  30.8 
 
 
293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10369  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  30.24 
 
 
294 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  30.24 
 
 
294 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3386  hypothetical protein  32.27 
 
 
295 aa  109  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0601  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30 
 
 
305 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0826683 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  28.86 
 
 
312 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2983  hypothetical protein  31.49 
 
 
313 aa  106  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000000753467  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  25.91 
 
 
291 aa  103  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0238  hypothetical protein  31.79 
 
 
324 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.745295 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0175  hypothetical protein  30.11 
 
 
281 aa  103  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.812407  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1547  hypothetical protein  29.96 
 
 
289 aa  102  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.190164  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  28.77 
 
 
342 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  30.64 
 
 
317 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.6 
 
 
292 aa  101  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1379  permease  28.47 
 
 
317 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139732  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2646  hypothetical protein  31.31 
 
 
318 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3586  hypothetical protein  29.35 
 
 
299 aa  99.8  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  28.04 
 
 
309 aa  99.4  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0987  RarD family transporter  30.98 
 
 
318 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0706  hypothetical protein  29.93 
 
 
319 aa  97.8  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227695  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1857  hypothetical protein  29.2 
 
 
300 aa  97.8  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0328691  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1722  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.02 
 
 
307 aa  97.8  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.328831  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0880  hypothetical protein  31.03 
 
 
307 aa  97.1  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0148  hypothetical protein  27.86 
 
 
295 aa  96.7  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0292713  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2006  hypothetical protein  30.98 
 
 
307 aa  95.9  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353305  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0364  RarD family protein  30.98 
 
 
307 aa  95.9  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4418  hypothetical protein  30.11 
 
 
306 aa  95.1  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3305  protein of unknown function DUF6  29.15 
 
 
313 aa  95.1  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  29.82 
 
 
303 aa  94.4  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  30.39 
 
 
307 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0418  hypothetical protein  32.27 
 
 
306 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0585  hypothetical protein  30.31 
 
 
306 aa  94.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3854  hypothetical protein  29.01 
 
 
301 aa  94.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0943127  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  28.33 
 
 
324 aa  94.7  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.24 
 
 
318 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3987  hypothetical protein  29.97 
 
 
309 aa  92.8  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0858  RhaT family transporter  26.43 
 
 
317 aa  92.4  9e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2517  hypothetical protein  26.43 
 
 
317 aa  92.4  9e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0355  hypothetical protein  30.59 
 
 
308 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0341  hypothetical protein  30.59 
 
 
308 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.514286 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2929  hypothetical protein  28.62 
 
 
313 aa  91.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.690218 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1711  RhaT family protein  30.59 
 
 
308 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.466454  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1260  hypothetical protein  30.04 
 
 
299 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0229  hypothetical protein  26.67 
 
 
298 aa  91.3  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1093  integral membrane protein  26.33 
 
 
294 aa  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.536997  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  27.34 
 
 
317 aa  89.7  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2148  putative S-adenosylmethionine uptake transporter  31.21 
 
 
296 aa  89.7  6e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.820998 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.42 
 
 
318 aa  89.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2509  hypothetical protein  27.33 
 
 
333 aa  87.8  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126674  normal  0.276837 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  27.67 
 
 
320 aa  87.4  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  28.07 
 
 
317 aa  87  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0080  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.05 
 
 
328 aa  86.7  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.109193 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>