More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1965 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1965  hypothetical protein  100 
 
 
324 aa  630  1e-179  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.124551  normal  0.159447 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3465  hypothetical protein  57.14 
 
 
305 aa  298  1e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.354024  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2148  putative S-adenosylmethionine uptake transporter  55.33 
 
 
296 aa  278  6e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.820998 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2006  hypothetical protein  42.11 
 
 
307 aa  222  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353305  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0364  RarD family protein  42.11 
 
 
307 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0880  hypothetical protein  43.28 
 
 
307 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  38.64 
 
 
317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  36.33 
 
 
309 aa  162  8.000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.59 
 
 
318 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  34.18 
 
 
342 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.2 
 
 
306 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.22 
 
 
318 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  34.92 
 
 
312 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  34.55 
 
 
309 aa  146  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.64 
 
 
318 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  34.72 
 
 
297 aa  142  8e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  31.63 
 
 
317 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  34 
 
 
331 aa  122  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  34.32 
 
 
311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.97 
 
 
314 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  31.13 
 
 
310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.28 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.97 
 
 
325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.38 
 
 
313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.14 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  29.8 
 
 
301 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  29.57 
 
 
295 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0585  hypothetical protein  31.09 
 
 
306 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  29.1 
 
 
292 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  30.34 
 
 
320 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  29.9 
 
 
292 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  29.97 
 
 
301 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0424  DMT family permease  31.73 
 
 
305 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  29.8 
 
 
292 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  29 
 
 
292 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  28.86 
 
 
331 aa  106  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  29.21 
 
 
315 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  29.24 
 
 
292 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0573  hypothetical protein  29.45 
 
 
288 aa  104  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  31.33 
 
 
307 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  28.57 
 
 
311 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  28.87 
 
 
288 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  29 
 
 
292 aa  102  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4941  hypothetical protein  30.92 
 
 
327 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3918  hypothetical protein  28.95 
 
 
285 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0315  hypothetical protein  27.92 
 
 
319 aa  99.4  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25781  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4050  membrane protein  31.19 
 
 
317 aa  98.6  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.146235  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4970  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.58 
 
 
333 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1379  permease  30.24 
 
 
317 aa  98.6  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139732  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  29.03 
 
 
304 aa  97.4  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  31.21 
 
 
317 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  28.17 
 
 
303 aa  95.9  8e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0270  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.13 
 
 
301 aa  95.9  9e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.08 
 
 
333 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0237  hypothetical protein  29.47 
 
 
279 aa  95.1  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  30 
 
 
310 aa  95.5  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  32.08 
 
 
347 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  29.21 
 
 
289 aa  94.7  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1857  hypothetical protein  30.94 
 
 
300 aa  94.4  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0328691  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3237  hypothetical protein  26.64 
 
 
300 aa  94  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2509  hypothetical protein  30.94 
 
 
333 aa  92.8  6e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.126674  normal  0.276837 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.43 
 
 
339 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  29.15 
 
 
289 aa  92.4  9e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  30.25 
 
 
295 aa  92.4  9e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5188  hypothetical protein  27.3 
 
 
308 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0422445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0156  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.8 
 
 
301 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.310951  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02987  hypothetical protein  28.33 
 
 
316 aa  90.1  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0991563  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1583  hypothetical protein  30.56 
 
 
302 aa  89.7  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0899842  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3987  hypothetical protein  31.42 
 
 
309 aa  89.4  7e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2209  hypothetical protein  30.9 
 
 
276 aa  89.4  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0133362  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0250  hypothetical protein  30.65 
 
 
304 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  31.77 
 
 
320 aa  89  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  31.18 
 
 
317 aa  87.8  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2410  hypothetical protein  30.1 
 
 
290 aa  87.4  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116098  normal  0.54382 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0714  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.21 
 
 
322 aa  87  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04178  drug/metabolite transporter superfamily protein  29.57 
 
 
291 aa  86.7  5e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291687  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0617  hypothetical protein  28.04 
 
 
338 aa  86.7  5e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0618  hypothetical protein  27.94 
 
 
338 aa  86.3  6e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893189  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0006  DMT family permease  30.87 
 
 
295 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0418  hypothetical protein  32.38 
 
 
306 aa  86.3  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2661  hypothetical protein  29.03 
 
 
319 aa  86.3  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1559  hypothetical protein  26.83 
 
 
316 aa  86.3  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3586  hypothetical protein  25.63 
 
 
299 aa  85.9  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2145  hypothetical protein  28.97 
 
 
311 aa  85.9  9e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2596  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.24 
 
 
305 aa  85.5  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1636  hypothetical protein  30.87 
 
 
295 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.3725 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  26.67 
 
 
294 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2060  hypothetical protein  28.84 
 
 
311 aa  85.1  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.810367  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3834  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.79 
 
 
289 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0751  hypothetical protein  29.9 
 
 
313 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.27541 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1854  hypothetical protein  28.62 
 
 
305 aa  84  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.185322  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2368  hypothetical protein  28.72 
 
 
311 aa  83.6  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1711  RhaT family protein  27.43 
 
 
308 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.466454  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  30.77 
 
 
310 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  27.87 
 
 
307 aa  83.2  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4940  hypothetical protein  27.96 
 
 
304 aa  82.8  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.234076  normal  0.439093 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2163  hypothetical protein  32.31 
 
 
295 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.622252  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2929  hypothetical protein  26.88 
 
 
313 aa  82.8  0.000000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.690218 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1722  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.19 
 
 
307 aa  82.4  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.328831  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  29.73 
 
 
288 aa  82.4  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>