More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0303 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0303  response regulator  100 
 
 		 462 aa  917    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0089  response regulator receiver  88.53 
 
 		 462 aa  790    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.62061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0189  signal transduction protein  58.56 
 
 		 403 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4997  putative signal transduction protein  56.9 
 
 		 420 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0239  putative signal transduction protein  55.3 
 
 		 412 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0215  putative signal transduction protein  55.3 
 
 		 419 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00661752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0230  putative signal transduction protein  55.16 
 
 		 419 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4372  putative signal transduction protein  47.91 
 
 		 404 aa  318  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.543367 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03470  hypothetical protein  46.46 
 
 		 399 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.20054e-16 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0345  hypothetical protein  48.11 
 
 		 399 aa  295  9e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4310  response regulator receiver protein  31.91 
 
 		 373 aa  143  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3669  response regulator receiver protein  28.53 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.06 
 
 		 441 aa  69.7  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  28.77 
 
 		 376 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3730  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 265 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3157  response regulator receiver protein  34.15 
 
 		 266 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 		 1390 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 		 1390 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 		 1390 aa  68.9  0.0000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1537  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 311 aa  68.6  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.376192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.65 
 
 		 616 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1017  two component transcriptional regulator  35.51 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957911  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1429  response regulator receiver protein  35 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.275463 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  37.7 
 
 		 1427 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0549  response regulator receiver protein  30.89 
 
 		 265 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3481  response regulator receiver protein  30.89 
 
 		 265 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3324  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 265 aa  65.5  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  30.89 
 
 		 1366 aa  64.7  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1040  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  34.19 
 
 		 1299 aa  64.7  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20650  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  31.62 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0260682  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1037  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 247 aa  64.3  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 443 aa  64.3  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0518  CheA signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 		 2175 aa  63.9  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3115  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 395 aa  63.5  0.000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.84 
 
 		 1499 aa  63.5  0.000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 		 1426 aa  63.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0237  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 		 440 aa  63.5  0.000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3531  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0508  response regulator receiver protein  31.71 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0266508  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3816  response regulator receiver protein  31.71 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0586034  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3760  response regulator receiver protein  31.71 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.860481 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 434 aa  63.5  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.35 
 
 		 709 aa  63.5  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0666  response regulator receiver  36.03 
 
 		 240 aa  63.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0673  CheA signal transduction histidine kinases  29.77 
 
 		 1989 aa  63.5  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.765625  normal  0.432631 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3942  response regulator receiver protein  31.71 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.395841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0601  response regulator receiver protein  32 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 434 aa  63.2  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0549  chemotaxis protein CheY/response regulator receiver domain-containing protein  30.08 
 
 		 267 aa  63.2  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  29.23 
 
 		 1376 aa  62.8  0.00000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4352  response regulator receiver protein  31.4 
 
 		 265 aa  62.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.68 
 
 		 240 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  32.48 
 
 		 234 aa  63.2  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 373 aa  62.4  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 		 443 aa  61.6  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2629  two component signal transduction response regulator  31.25 
 
 		 238 aa  62.4  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2189  response regulator receiver domain-containing protein  29.11 
 
 		 181 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.029614  normal  0.118925 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0825  response regulator receiver  26.67 
 
 		 204 aa  62  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1464  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 		 579 aa  62  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.164507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1826  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 		 363 aa  62  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.4 
 
 		 472 aa  61.6  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1111  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  31.94 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.53214 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.65 
 
 		 963 aa  61.6  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  27.97 
 
 		 1378 aa  61.6  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0836  DNA-binding response regulator  30.43 
 
 		 222 aa  61.6  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.509227  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3251  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.97 
 
 		 465 aa  61.6  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0616  CheA signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 		 2009 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1681  two-component transcriptional regulator  30.66 
 
 		 233 aa  61.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0564  CheA signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 		 2012 aa  60.8  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.472069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  29.36 
 
 		 355 aa  61.2  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  30.66 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0463  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  28.77 
 
 		 403 aa  60.8  0.00000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0749  two component transcriptional regulator  29.17 
 
 		 230 aa  60.8  0.00000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3471  response regulator receiver protein  30.25 
 
 		 129 aa  60.8  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455069  normal  0.215612 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0509  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2262  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 		 406 aa  60.5  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.146487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2742  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.83 
 
 		 230 aa  60.5  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.142828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2199  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  31.86 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.425276 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0514  response regulator receiver and unknown domain protein  32.48 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3350  CheA signal transduction histidine kinases  29.91 
 
 		 1970 aa  60.5  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4546  two component transcriptional regulator  35.21 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.926448 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0659  response regulator receiver  29.27 
 
 		 265 aa  60.5  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2405  two component transcriptional regulator  28.67 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.343281  normal  0.0119317 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2955  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.48 
 
 		 231 aa  60.1  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.800941 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1789  two component transcriptional regulator  28.67 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2401  two component transcriptional regulator  28.67 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  29.66 
 
 		 1373 aa  60.1  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  34.06 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.1 
 
 		 354 aa  60.1  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4352  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.01 
 
 		 1287 aa  60.1  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.06083 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3676  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.26 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0607  two component transcriptional regulator  32.85 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3023  DNA-binding response regulator OmpR  27.97 
 
 		 232 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0975164  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2311  two component transcriptional regulator  27.97 
 
 		 241 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 		 1003 aa  59.7  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>