More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0189 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0189  signal transduction protein  100 
 
 		 403 aa  804    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0239  putative signal transduction protein  67.25 
 
 		 412 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0215  putative signal transduction protein  67.51 
 
 		 419 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00661752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0230  putative signal transduction protein  67.51 
 
 		 419 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4997  putative signal transduction protein  67.49 
 
 		 420 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720845  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0303  response regulator  58.56 
 
 		 462 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0089  response regulator receiver  57.57 
 
 		 462 aa  451  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.62061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03470  hypothetical protein  53.65 
 
 		 399 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.20054e-16 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0345  hypothetical protein  52.55 
 
 		 399 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4372  putative signal transduction protein  52.16 
 
 		 404 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.543367 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4310  response regulator receiver protein  32.44 
 
 		 373 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3669  response regulator receiver protein  30.3 
 
 		 373 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5371  response regulator receiver protein  30.28 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5610  response regulator receiver domain-containing protein  30.89 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0150  response regulator receiver protein  30.89 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5232  response regulator receiver protein  30.65 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.240509 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5324  response regulator receiver protein  30.65 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0104194 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0184  response regulator receiver protein  31.71 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0242  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.94 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2635  metal dependent phosphohydrolase  28 
 
 		 283 aa  72.4  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4402  response regulator receiver protein  26.5 
 
 		 280 aa  72  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  39.05 
 
 		 227 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  39.05 
 
 		 227 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  34.45 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5036  response regulator receiver  31.34 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.118598 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1404  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.153238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5142  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.6 
 
 		 224 aa  70.1  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.555028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  33.88 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3279  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 		 1433 aa  69.7  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.681112  normal  0.627666 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5482  response regulator  30.6 
 
 		 297 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420057  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0978  two component transcriptional regulator  32.81 
 
 		 321 aa  69.3  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.323902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3598  response regulator receiver protein  29.66 
 
 		 298 aa  69.3  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1051  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 		 862 aa  68.2  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2737  response regulator receiver domain-containing protein  28.83 
 
 		 139 aa  68.9  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00154696  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  37.82 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  34.45 
 
 		 227 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6143  putative two-component response regulator  29.51 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2695  metal dependent phosphohydrolase  27.69 
 
 		 409 aa  68.2  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 		 931 aa  68.2  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70790  putative two-component response regulator  29.51 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.864147 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  35.2 
 
 		 253 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1426  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  33.61 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 313 aa  67  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2554  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.6 
 
 		 876 aa  67.4  0.0000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00476673 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1017  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 229 aa  67  0.0000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957911  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0528  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.07 
 
 		 230 aa  67  0.0000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  35.25 
 
 		 240 aa  67  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2298  response regulator receiver domain-containing protein  29.91 
 
 		 146 aa  66.6  0.0000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.12586  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0930  response regulator receiver protein  28.1 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000284085  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  34.85 
 
 		 221 aa  66.6  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 233 aa  66.2  0.0000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4344  two component transcriptional regulator  34.29 
 
 		 231 aa  66.2  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000925591  normal  0.608954 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3627  response regulator receiver protein  30.33 
 
 		 129 aa  66.2  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3115  response regulator receiver protein  33.68 
 
 		 395 aa  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4140  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.29 
 
 		 231 aa  66.2  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0944225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4546  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 230 aa  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.52 
 
 		 240 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  32.61 
 
 		 221 aa  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  32.61 
 
 		 221 aa  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  32.61 
 
 		 221 aa  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  30.25 
 
 		 238 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 		 703 aa  65.1  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0160  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.89 
 
 		 229 aa  65.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  31.15 
 
 		 238 aa  65.1  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0905  two component transcriptional regulator  39.33 
 
 		 238 aa  65.5  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2643  DNA-binding response regulator  35.79 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0105126  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1380  putative signal transduction protein  28.41 
 
 		 270 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.983267  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  32.79 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  33.61 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1938  response regulator receiver protein  29.45 
 
 		 244 aa  64.7  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1429  response regulator receiver protein  38.04 
 
 		 122 aa  64.3  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.275463 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  34 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3223  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 132 aa  64.3  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197956  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  30.61 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  35.37 
 
 		 238 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  37.7 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1376  response regulator receiver and unknown domain protein  30.17 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  25.62 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 634 aa  64.3  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  37.7 
 
 		 238 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2786  response regulator  35.34 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3615  two component transcriptional regulator  30.49 
 
 		 236 aa  64.3  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.688849  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  34 
 
 		 224 aa  64.3  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4933  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  32.2 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461594  normal  0.344735 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  30.7 
 
 		 477 aa  63.9  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2409  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 759 aa  64.3  0.000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.456195  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1748a  hypothetical protein  32.2 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697031  normal  0.305387 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0193  response regulator receiver protein  26.83 
 
 		 127 aa  64.3  0.000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00528064  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  27.5 
 
 		 231 aa  63.9  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4212  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 231 aa  64.3  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000202187  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  31.45 
 
 		 225 aa  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0776  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.67 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0107208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  35.87 
 
 		 224 aa  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1815  response regulator receiver domain-containing protein  35 
 
 		 411 aa  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.800608  normal  0.49797 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  34.69 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.58 
 
 		 236 aa  63.9  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>