More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0239 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0239  putative signal transduction protein  100 
 
 		 412 aa  814    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0215  putative signal transduction protein  94.42 
 
 		 419 aa  771    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00661752 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4997  putative signal transduction protein  87.25 
 
 		 420 aa  698    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0230  putative signal transduction protein  95.15 
 
 		 419 aa  777    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0189  signal transduction protein  67.25 
 
 		 403 aa  535  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0303  response regulator  55.3 
 
 		 462 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0089  response regulator receiver  55.05 
 
 		 462 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.62061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03470  hypothetical protein  51.88 
 
 		 399 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.20054e-16 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0345  hypothetical protein  51.72 
 
 		 399 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4372  putative signal transduction protein  46.62 
 
 		 404 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.543367 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4310  response regulator receiver protein  34.17 
 
 		 373 aa  146  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3669  response regulator receiver protein  30 
 
 		 373 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1017  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 229 aa  70.1  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957911  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.78 
 
 		 616 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1197  response regulator receiver  34.33 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 227 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  26.5 
 
 		 466 aa  66.2  0.0000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2635  metal dependent phosphohydrolase  27.33 
 
 		 283 aa  65.5  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 		 963 aa  63.9  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 466 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3815  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.97 
 
 		 225 aa  62  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0278114  normal  0.0118387 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2695  metal dependent phosphohydrolase  27.55 
 
 		 409 aa  62.4  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0763  DNA-binding response regulator  26.43 
 
 		 224 aa  61.6  0.00000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00370439  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1119  response regulator receiver protein  37.29 
 
 		 475 aa  60.5  0.00000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1846  metal dependent phosphohydrolase  29.26 
 
 		 283 aa  60.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1380  putative signal transduction protein  26.67 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.983267  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2409  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 759 aa  60.5  0.00000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.456195  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2108  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.73 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1938  response regulator receiver protein  27.46 
 
 		 244 aa  60.5  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1085  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  37.29 
 
 		 475 aa  60.5  0.00000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0382601  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1214  DNA-binding response regulator KdpE  32.76 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000130813  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0237  response regulator receiver  35.19 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0750  DNA-binding response regulator OmpR  35.04 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1789  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2446  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1090  two component transcriptional regulator  32.84 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0839689 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2401  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2311  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0993  DNA-binding response regulator OmpR  35.04 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3023  DNA-binding response regulator OmpR  35.04 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0975164  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1574  DNA-binding response regulator OmpR  35.04 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.172544  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2405  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.343281  normal  0.0119317 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4907  putative response regulator in two-component reguatory system, sigma54 dependent transcriptional regulator  31.86 
 
 		 452 aa  59.7  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.412473 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2160  two component transcriptional regulator  34.45 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71041  hitchhiker  0.000000282055 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5728  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 280 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3387  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0628  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.23 
 
 		 446 aa  59.7  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001908  nitrogen regulation protein NR(I)  32.08 
 
 		 467 aa  58.9  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1125  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.29 
 
 		 241 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  36.79 
 
 		 233 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0321  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 122 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0666  response regulator receiver  34.82 
 
 		 240 aa  58.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 215 aa  59.7  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0678517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0889  two component transcriptional regulator  35.04 
 
 		 305 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147318 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 313 aa  59.3  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.77 
 
 		 239 aa  58.5  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0253056  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1827  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.98 
 
 		 227 aa  58.5  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1252  DNA-binding response regulator OmpR  35.04 
 
 		 241 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1996  putative signal transduction protein  31.9 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.490329  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0893  DNA-binding response regulator OmpR  35.04 
 
 		 259 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  28 
 
 		 242 aa  58.9  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000387016 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.04 
 
 		 457 aa  58.9  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2064  metal dependent phosphohydrolase  32.99 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.482341  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.01 
 
 		 240 aa  58.5  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0607  two component transcriptional regulator  35 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2784  response regulator receiver protein  30.58 
 
 		 125 aa  58.9  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0945133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1708  putative signal transduction protein  31.9 
 
 		 274 aa  58.9  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.538449  normal  0.498965 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  35.85 
 
 		 233 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1094  DNA-binding response regulator  35.04 
 
 		 241 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1099  DNA-binding response regulator  35.04 
 
 		 241 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662709  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0654  response regulator receiver protein  31.36 
 
 		 413 aa  58.2  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 468 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3251  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.96 
 
 		 465 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0182  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.26 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.745426 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  35.38 
 
 		 253 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4159  nitrogen regulation protein NR(I)  31.43 
 
 		 470 aa  57.4  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.086406  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2517  two component transcriptional regulator  33.06 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0413154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2485  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.78 
 
 		 243 aa  57.8  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0840  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.83 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.214337  normal  0.533835 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3337  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 		 685 aa  57.4  0.0000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00584  response regulator  31.13 
 
 		 467 aa  57.4  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0204  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00392261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 470 aa  57  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  29.17 
 
 		 1179 aa  57.4  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1726  putative PAS/PAC sensor protein  30.65 
 
 		 504 aa  57  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0909206  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6380  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.47 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.654273  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  32.54 
 
 		 279 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2315  two component transcriptional regulator  34.91 
 
 		 233 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3962  nitrogen regulation protein NR(I)  31.43 
 
 		 470 aa  57  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.389706  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  29.13 
 
 		 1327 aa  56.6  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0514  response regulator receiver and unknown domain protein  28.32 
 
 		 227 aa  57  0.0000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4546  two component transcriptional regulator  32.14 
 
 		 229 aa  57  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.926448 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2443  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.91 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00121019 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2077  vncR, response regulator  30.51 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00119329  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1240  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.09 
 
 		 227 aa  57  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.729355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3376  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 462 aa  56.6  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.193945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0237  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 		 440 aa  56.6  0.0000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 		 931 aa  56.6  0.0000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30940  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  33.65 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>