More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2483 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 233 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  98.71 
 
 		 279 aa  463  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2315  two component transcriptional regulator  98.28 
 
 		 233 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  93.13 
 
 		 233 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  81.55 
 
 		 233 aa  384  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  55.79 
 
 		 288 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  55.79 
 
 		 240 aa  255  5e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  55.79 
 
 		 240 aa  255  5e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1739  DNA-binding response regulator  55.41 
 
 		 240 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.203383  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  53.42 
 
 		 243 aa  252  3e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0096  DNA-binding response regulator  54.94 
 
 		 240 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0972666  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1144  DNA-binding response regulator  54.94 
 
 		 240 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1517  DNA-binding response regulator  54.94 
 
 		 240 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.184346  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01694  two component response regulator transcription regulator protein  52.42 
 
 		 259 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  47.81 
 
 		 236 aa  229  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  0.0000582863 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4494  two component transcriptional regulator  53.45 
 
 		 241 aa  228  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1261  two component transcriptional regulator  55.17 
 
 		 241 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.817763 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1236  two component transcriptional regulator  55.17 
 
 		 241 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.178062  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.87 
 
 		 234 aa  226  3e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1334  two component transcriptional regulator  54.31 
 
 		 241 aa  224  8e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.588074  normal  0.126015 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0871  two component transcriptional regulator  54.31 
 
 		 241 aa  224  8e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1352  two component transcriptional regulator  54.31 
 
 		 241 aa  224  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  50.86 
 
 		 235 aa  222  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  50.86 
 
 		 235 aa  221  6e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0681  DNA-binding response regulator  47.01 
 
 		 246 aa  219  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.63003  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  51.97 
 
 		 238 aa  219  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 232 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 		 236 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000459632 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  48.93 
 
 		 242 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 238 aa  211  7.999999999999999e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  45.68 
 
 		 248 aa  209  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 245 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  48.95 
 
 		 252 aa  209  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  49.36 
 
 		 236 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  51.32 
 
 		 238 aa  209  3e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  49.34 
 
 		 235 aa  209  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  49.14 
 
 		 262 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  51.32 
 
 		 238 aa  208  6e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  52.21 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  47.68 
 
 		 236 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 239 aa  206  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  47.68 
 
 		 236 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  47.68 
 
 		 242 aa  206  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  0.0000173858 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 239 aa  206  3e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  51.54 
 
 		 232 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  47.64 
 
 		 236 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  51.54 
 
 		 232 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3142  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.17 
 
 		 245 aa  204  7e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.237256  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3594  transcriptional regulatory protein RstA, putative  46.93 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3006  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000324706  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  46.93 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000126315  normal  0.467683 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  51.77 
 
 		 236 aa  202  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000474992  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3184  two component transcriptional regulator  46.49 
 
 		 237 aa  202  4e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0220819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  46.49 
 
 		 236 aa  201  8e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000471824  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.05 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000200523  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000676378  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000199702  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 237 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000542446  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 237 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  46.05 
 
 		 237 aa  198  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000189871  normal  0.423328 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  48.1 
 
 		 244 aa  198  7e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1754  DNA-binding transcriptional regulator RstA  44.08 
 
 		 247 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  50.66 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0878  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 237 aa  196  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00260237  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2734  two component transcriptional regulator  48.91 
 
 		 237 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.750395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 232 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  48 
 
 		 240 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  46.35 
 
 		 229 aa  192  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  44.3 
 
 		 239 aa  192  5e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  44.3 
 
 		 239 aa  191  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  44.16 
 
 		 234 aa  192  6e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000299191  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  42.28 
 
 		 248 aa  191  6e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.81 
 
 		 234 aa  191  6e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0473  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.48 
 
 		 229 aa  191  7e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2014  two component transcriptional regulator  44.05 
 
 		 239 aa  190  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.193015 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  44.25 
 
 		 234 aa  190  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0675  two component transcriptional regulator  46.41 
 
 		 245 aa  190  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.920274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  40.71 
 
 		 257 aa  190  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3280  DNA-binding response regulator  44.64 
 
 		 228 aa  187  9e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000001291  hitchhiker  0.0000698043 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  44.35 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  46.22 
 
 		 247 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 231 aa  187  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 235 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 241 aa  187  2e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  43.61 
 
 		 240 aa  186  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.7 
 
 		 247 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0259  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.56 
 
 		 240 aa  186  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2811  DNA-binding response regulator  43.5 
 
 		 228 aa  186  2e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  43.91 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2275  DNA-binding transcriptional regulator RstA  42.56 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0309  two component transcriptional regulator  42.24 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 244 aa  186  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2497  DNA-binding response regulator  43.5 
 
 		 228 aa  186  3e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>