More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4372 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4372  putative signal transduction protein  100 
 
 		 404 aa  780    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.543367 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0189  signal transduction protein  52.16 
 
 		 403 aa  363  3e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03470  hypothetical protein  51.66 
 
 		 399 aa  333  3e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.20054e-16 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0089  response regulator receiver  47.42 
 
 		 462 aa  330  2e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.62061  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0303  response regulator  47.91 
 
 		 462 aa  330  3e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4997  putative signal transduction protein  48.59 
 
 		 420 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0345  hypothetical protein  51.92 
 
 		 399 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0215  putative signal transduction protein  46.72 
 
 		 419 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00661752 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0239  putative signal transduction protein  46.62 
 
 		 412 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0230  putative signal transduction protein  46.37 
 
 		 419 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4310  response regulator receiver protein  36.34 
 
 		 373 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3669  response regulator receiver protein  32.43 
 
 		 373 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.19 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2772  metal dependent phosphohydrolase  30.39 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.846457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.61 
 
 		 711 aa  74.3  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.71 
 
 		 1383 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1366  response regulator receiver protein  35.19 
 
 		 131 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.280194  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2540  response regulator receiver  34.26 
 
 		 131 aa  72  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2635  metal dependent phosphohydrolase  26.21 
 
 		 283 aa  71.6  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0897  response regulator receiver domain-containing protein  35.19 
 
 		 131 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.13034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1396  response regulator receiver domain-containing protein  31.15 
 
 		 125 aa  70.9  0.00000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.777573 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0518  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  35.45 
 
 		 129 aa  70.5  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.150153  normal  0.211066 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1285  response regulator receiver  34.26 
 
 		 131 aa  70.1  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0521811 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.56 
 
 		 1390 aa  70.1  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.84 
 
 		 1390 aa  70.1  0.00000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.84 
 
 		 1390 aa  70.1  0.00000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02505  putative response regulator  29.66 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  28.91 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.57 
 
 		 1559 aa  68.9  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1826  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.32 
 
 		 363 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  34.21 
 
 		 1343 aa  68.9  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1718  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  33.33 
 
 		 114 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.123657  normal  0.330676 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4009  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00751412  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1181  response regulator receiver domain-containing protein  34.26 
 
 		 131 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3627  response regulator receiver protein  33.88 
 
 		 129 aa  68.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3115  response regulator receiver protein  31.78 
 
 		 395 aa  67.8  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  36.21 
 
 		 1299 aa  68.2  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0489  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 127 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514722 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  38.58 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4125  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0452  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 127 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0577794  normal  0.205923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0419  response regulator receiver  37.61 
 
 		 127 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487855  normal  0.449259 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0885  response regulator receiver protein  36.79 
 
 		 127 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123702  hitchhiker  0.00202919 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4151  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3499  transcriptional regulator LuxR family  35.24 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0388  response regulator receiver protein  34.86 
 
 		 127 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2223  response regulator receiver protein  34.86 
 
 		 127 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278261  normal  0.112501 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 		 1010 aa  67  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3160  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 131 aa  66.6  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  37.01 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 434 aa  66.2  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 434 aa  66.2  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0125  response regulator receiver domain-containing protein  29.17 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5515  response regulator receiver protein  39.36 
 
 		 134 aa  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 		 1003 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0846  response regulator receiver protein  36.59 
 
 		 139 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282438 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1501  response regulator receiver protein  33.9 
 
 		 132 aa  65.1  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.153095  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 443 aa  65.5  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0332  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 806 aa  65.1  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.112355  normal  0.937153 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0070  chemotaxis protein CheY  28.69 
 
 		 188 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4608  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 		 1645 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.284957  normal  0.407853 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3223  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 132 aa  65.1  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197956  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0825  response regulator receiver  22.58 
 
 		 204 aa  65.5  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25160  response regulator  34.26 
 
 		 356 aa  65.5  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2792  CheA signal transduction histidine kinase  39.36 
 
 		 1012 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 265 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  28.21 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 		 1349 aa  64.3  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3143  response regulator receiver protein  32.38 
 
 		 124 aa  64.7  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  32.61 
 
 		 1376 aa  64.7  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2712  response regulator receiver protein  34.15 
 
 		 131 aa  64.7  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.82 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 443 aa  64.7  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1352  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0610  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 128 aa  64.7  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.667708  normal  0.178716 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  30.51 
 
 		 1374 aa  64.3  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.03 
 
 		 236 aa  64.7  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0671  two component LuxR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0065  response regulator receiver domain-containing protein  31.65 
 
 		 196 aa  64.3  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.670969  normal  0.0252366 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0337  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 139 aa  64.3  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0132867 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0071  response regulator receiver domain-containing protein  33.06 
 
 		 139 aa  63.9  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  36.79 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0775  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 122 aa  64.3  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.212366  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.82 
 
 		 229 aa  63.9  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0160  response regulator receiver protein  28.97 
 
 		 126 aa  63.9  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2968  response regulator receiver protein  28.12 
 
 		 131 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000715649 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 1415 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  35.35 
 
 		 229 aa  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  33.61 
 
 		 231 aa  63.9  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27950  Response regulator CheY  25.98 
 
 		 148 aa  63.9  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00952762  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0393  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.52 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.202895 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  25.97 
 
 		 1355 aa  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0673  CheA signal transduction histidine kinases  32.73 
 
 		 1989 aa  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.765625  normal  0.432631 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1132  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 355 aa  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.99008 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.54 
 
 		 1711 aa  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1464  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 579 aa  63.9  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.164507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2022  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.35 
 
 		 589 aa  63.5  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>