More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4310 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4310  response regulator receiver protein  100 
 
 		 373 aa  726    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3669  response regulator receiver protein  35.59 
 
 		 373 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4372  putative signal transduction protein  36.87 
 
 		 404 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.543367 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0189  signal transduction protein  32.44 
 
 		 403 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0215  putative signal transduction protein  33.71 
 
 		 419 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00661752 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0239  putative signal transduction protein  34.17 
 
 		 412 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0230  putative signal transduction protein  33.43 
 
 		 419 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0345  hypothetical protein  35.01 
 
 		 399 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03470  hypothetical protein  32.6 
 
 		 399 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.20054e-16 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0303  response regulator  31.91 
 
 		 462 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4997  putative signal transduction protein  34.27 
 
 		 420 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0089  response regulator receiver  32.01 
 
 		 462 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.62061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5232  response regulator receiver protein  30.33 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.240509 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5371  response regulator receiver protein  30.33 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40701 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5324  response regulator receiver protein  30.33 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0104194 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0150  response regulator receiver protein  29.51 
 
 		 300 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5610  response regulator receiver domain-containing protein  29.17 
 
 		 318 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2264  two component transcriptional regulator  37.14 
 
 		 221 aa  67.4  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.664043  normal  0.0314152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5036  response regulator receiver  29.75 
 
 		 294 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.118598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5482  response regulator  28.93 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420057  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  30.85 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0184  response regulator receiver protein  32.79 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0679  response regulator receiver  35.59 
 
 		 337 aa  65.5  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0836964  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6143  putative two-component response regulator  29.91 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3825  response regulator receiver domain-containing protein  29.91 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0845  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  31.9 
 
 		 508 aa  64.3  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.903712  hitchhiker  0.00198769 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70790  putative two-component response regulator  29.06 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.864147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.76 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4999  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  30.95 
 
 		 523 aa  63.2  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  33.9 
 
 		 226 aa  62  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0998  two component transcriptional regulator  31.62 
 
 		 220 aa  62  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333129  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  29.38 
 
 		 221 aa  62.4  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3598  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 298 aa  62.8  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3627  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 129 aa  62.4  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3046  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  28.21 
 
 		 365 aa  62  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0429754  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1922  response regulator  27.97 
 
 		 229 aa  62  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0497  response regulator receiver  26.32 
 
 		 235 aa  62  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1861  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 126 aa  61.2  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.218788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0580  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.27 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0283  response regulator receiver protein  47.69 
 
 		 129 aa  60.8  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2104  DNA-binding response regulator YgiX, putative  32.41 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  28.34 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0349  response regulator receiver  30.84 
 
 		 225 aa  60.1  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  32.91 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1261  nitrogen assimilation regulatory response regulator transcription regulator protein  31.36 
 
 		 502 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.634694  normal  0.380909 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0324  response regulator receiver protein  29.09 
 
 		 126 aa  60.1  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.336165  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  32.91 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0432  two component transcriptional regulator  30.12 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000322009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  38.18 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0615  response regulator  26.32 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1426  response regulator receiver protein  27.87 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0727  two component transcriptional regulator  33.9 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0160  response regulator receiver protein  30 
 
 		 126 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0047  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  30.63 
 
 		 224 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116112  hitchhiker  0.00000494979 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1089  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  34.88 
 
 		 502 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0736  DNA-binding response regulator  26.19 
 
 		 242 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.632099  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1182  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  34.88 
 
 		 502 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.135546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1841  DNA-binding response regulator  26.19 
 
 		 242 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1355  two component transcriptional regulator  27.14 
 
 		 234 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.454645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.63 
 
 		 224 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.382659  hitchhiker  0.0034413 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1879  two component transcriptional regulator  27.14 
 
 		 234 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0491  response regulator receiver  25.44 
 
 		 235 aa  59.3  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0064  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.63 
 
 		 224 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118539 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2638  DNA-binding response regulator  26.19 
 
 		 242 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.55029  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2450  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  29.84 
 
 		 462 aa  58.9  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000104491  normal  0.63173 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1455  DNA-binding response regulator  26.19 
 
 		 242 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0080  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  26.72 
 
 		 357 aa  58.9  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0061  two component heavy metal response transcriptional regulator  30.63 
 
 		 224 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0868462 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1053  two component transcriptional regulator  25.11 
 
 		 229 aa  58.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2010  response regulator receiver protein  28.23 
 
 		 126 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1664  DNA-binding response regulator  26.19 
 
 		 242 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1686  DNA-binding response regulator  26.19 
 
 		 242 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0151733  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1128  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  27.56 
 
 		 219 aa  58.9  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.40399  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1316  two component transcriptional regulator  27.14 
 
 		 234 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0232  DNA-binding response regulator  29.17 
 
 		 227 aa  58.2  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.156156  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2786  response regulator  31.3 
 
 		 243 aa  58.5  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06210  chemotaxis response regulator CheY  29.91 
 
 		 130 aa  58.5  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.987782  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0490  response regulator  27.19 
 
 		 235 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00461557  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0922  DNA-binding response regulator  26.19 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2054  helix-turn-helix, Fis-type:nitrogen regulation protein NR(I)  34.88 
 
 		 524 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.652577  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0009  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 508 aa  58.9  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.34 
 
 		 226 aa  58.5  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1597  two component transcriptional regulator  35.48 
 
 		 237 aa  58.2  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0514  response regulator receiver and unknown domain protein  29.2 
 
 		 227 aa  58.2  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2184  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  31.36 
 
 		 508 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.654908  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1885  two component transcriptional regulator  30.56 
 
 		 219 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2399  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.48 
 
 		 219 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00272  hitchhiker  0.00893631 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0427  DNA-binding response regulator  26.19 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0835186  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1894  two component transcriptional regulator  31.48 
 
 		 219 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000765732  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1827  two component transcriptional regulator  30.56 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00738443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2150  two component transcriptional regulator  30.56 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00200664  normal  0.32319 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0334  response regulator receiver protein  26.5 
 
 		 124 aa  58.2  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00357504  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00956  chemotaxis response regulator CheY  29.91 
 
 		 130 aa  58.5  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.328186  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1693  two-component regulator  25.89 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000232098  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.19 
 
 		 472 aa  57.8  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2057  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  31.36 
 
 		 508 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1124  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  31.36 
 
 		 504 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.359877  normal  0.272009 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4580  two component transcriptional regulator  26.19 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0384  response regulator receiver domain-containing protein  27.42 
 
 		 126 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.726249  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1436  two component transcriptional regulator  26.19 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>