More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4997 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0215  putative signal transduction protein  85.41 
 
 		 419 aa  703    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00661752 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0239  putative signal transduction protein  87.41 
 
 		 412 aa  712    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4997  putative signal transduction protein  100 
 
 		 420 aa  832    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0230  putative signal transduction protein  85.71 
 
 		 419 aa  709    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0189  signal transduction protein  67.49 
 
 		 403 aa  527  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0303  response regulator  55.53 
 
 		 462 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0089  response regulator receiver  54.87 
 
 		 462 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.62061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03470  hypothetical protein  51.38 
 
 		 399 aa  344  1e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.20054e-16 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0345  hypothetical protein  51.75 
 
 		 399 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4372  putative signal transduction protein  48.59 
 
 		 404 aa  317  3e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.543367 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4310  response regulator receiver protein  34.27 
 
 		 373 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3669  response regulator receiver protein  30.56 
 
 		 373 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1017  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957911  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2064  metal dependent phosphohydrolase  36.04 
 
 		 397 aa  68.9  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.482341  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2695  metal dependent phosphohydrolase  33.82 
 
 		 409 aa  68.2  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  27.59 
 
 		 466 aa  67.8  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.78 
 
 		 616 aa  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1197  response regulator receiver  34.33 
 
 		 230 aa  65.1  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2635  metal dependent phosphohydrolase  26.67 
 
 		 283 aa  63.2  0.000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0666  response regulator receiver  36.36 
 
 		 240 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3251  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.08 
 
 		 465 aa  61.6  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0237  response regulator receiver  37.38 
 
 		 248 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4546  two component transcriptional regulator  34.78 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.926448 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3872  Metal-dependent hydrolase HDOD  32.32 
 
 		 321 aa  60.5  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.383725  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2405  two component transcriptional regulator  31.17 
 
 		 241 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.343281  normal  0.0119317 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1789  two component transcriptional regulator  31.17 
 
 		 241 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2401  two component transcriptional regulator  31.17 
 
 		 241 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1923  metal dependent phosphohydrolase  27.52 
 
 		 395 aa  60.1  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 466 aa  60.1  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  32.33 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  32.33 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0750  DNA-binding response regulator OmpR  35.34 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1838  metal dependent phosphohydrolase  27.52 
 
 		 395 aa  60.1  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2446  two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.490864  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1574  DNA-binding response regulator OmpR  35.34 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.172544  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2311  two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0993  DNA-binding response regulator OmpR  35.34 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3023  DNA-binding response regulator OmpR  35.34 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0975164  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 963 aa  59.7  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.51 
 
 		 313 aa  59.3  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0182  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.45 
 
 		 248 aa  59.7  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.745426 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0889  two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 305 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147318 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5728  two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 280 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2160  two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 241 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71041  hitchhiker  0.000000282055 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.45 
 
 		 227 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3815  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.97 
 
 		 225 aa  59.7  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0278114  normal  0.0118387 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0204  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 		 242 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00392261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1252  DNA-binding response regulator OmpR  35.34 
 
 		 241 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0321  response regulator receiver domain-containing protein  34.48 
 
 		 122 aa  58.9  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2980  response regulator receiver protein  34.19 
 
 		 138 aa  58.9  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0893  DNA-binding response regulator OmpR  35.34 
 
 		 259 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1125  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.34 
 
 		 241 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3387  two component transcriptional regulator  35.34 
 
 		 241 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1099  DNA-binding response regulator  35.34 
 
 		 241 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662709  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1094  DNA-binding response regulator  35.34 
 
 		 241 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1549  response regulator receiver protein  30.56 
 
 		 241 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0273908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3376  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 462 aa  58.2  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.193945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1996  putative signal transduction protein  34.78 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.490329  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.04 
 
 		 457 aa  58.2  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6334  two-component regulatory system response regulator  34.86 
 
 		 229 aa  57.8  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0750595 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02093  HD domain protein  27.72 
 
 		 292 aa  58.2  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.394256  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0902  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.2 
 
 		 718 aa  58.2  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.651526  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2108  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.55 
 
 		 243 aa  58.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1708  putative signal transduction protein  34.78 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.538449  normal  0.498965 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0515  two component transcriptional regulator  34.75 
 
 		 244 aa  57.8  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000767404  normal  0.580599 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6380  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.53 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.654273  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1726  putative PAS/PAC sensor protein  30.95 
 
 		 504 aa  57.8  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0909206  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2242  metal dependent phosphohydrolase  30.61 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1214  DNA-binding response regulator KdpE  31.9 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000130813  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0654  response regulator receiver protein  30.51 
 
 		 413 aa  57.4  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0607  two component transcriptional regulator  32.21 
 
 		 248 aa  57  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2825  Fis family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 589 aa  57  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.208492  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0628  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.5 
 
 		 446 aa  57  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2486  histidine kinase  36.7 
 
 		 716 aa  57  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2668  response regulator receiver protein  30.53 
 
 		 675 aa  57  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1938  response regulator receiver protein  27.66 
 
 		 244 aa  57  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1090  two component transcriptional regulator  33.08 
 
 		 230 aa  57  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0839689 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2262  response regulator receiver protein  30 
 
 		 281 aa  57  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.82 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001908  nitrogen regulation protein NR(I)  31.13 
 
 		 467 aa  56.6  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1380  putative signal transduction protein  29.21 
 
 		 270 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.983267  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0949  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.59 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0237  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 		 440 aa  56.6  0.0000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 215 aa  56.2  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0678517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3011  metal dependent phosphohydrolase  30.52 
 
 		 378 aa  56.2  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2570  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 222 aa  55.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000747651 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0573  two component transcriptional regulator  33.9 
 
 		 243 aa  56.2  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.437899  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2901  nitrogen regulation protein NR(I)  33.64 
 
 		 468 aa  56.2  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5610  response regulator receiver domain-containing protein  27.64 
 
 		 318 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2519  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis Family  33.64 
 
 		 468 aa  56.2  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  25.61 
 
 		 1374 aa  55.8  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0514  response regulator receiver and unknown domain protein  29.2 
 
 		 227 aa  56.2  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0899  putative signal transduction protein  30.71 
 
 		 297 aa  55.8  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1827  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.54 
 
 		 227 aa  55.8  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3350  CheA signal transduction histidine kinases  32.17 
 
 		 1970 aa  56.2  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  29.01 
 
 		 365 aa  55.5  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0643  metal dependent phosphohydrolase  27.51 
 
 		 425 aa  55.5  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 434 aa  55.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0498  LytTR family two component transcriptional regulator  31.97 
 
 		 236 aa  55.5  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022884  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>