More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3409 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 227 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4546  two component transcriptional regulator  82.38 
 
 		 229 aa  380  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.926448 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0666  response regulator receiver  83.19 
 
 		 240 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1017  two component transcriptional regulator  80.8 
 
 		 229 aa  363  1e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957911  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6334  two-component regulatory system response regulator  82.3 
 
 		 229 aa  358  4e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0750595 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0772  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.67 
 
 		 229 aa  335  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0949  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.6 
 
 		 229 aa  310  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0140851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5840  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.44 
 
 		 230 aa  305  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.99298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2822  two component transcriptional regulator, winged helix family  68.61 
 
 		 230 aa  304  8.000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0204  two component transcriptional regulator  67.84 
 
 		 242 aa  304  9.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00392261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6752  two component transcriptional regulator, winged helix family  64 
 
 		 230 aa  300  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3235  two component transcriptional regulator  63.56 
 
 		 228 aa  295  6e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.40462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0182  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.16 
 
 		 248 aa  290  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.745426 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0237  response regulator receiver  69.16 
 
 		 248 aa  290  1e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3780  two component transcriptional regulator  63.96 
 
 		 233 aa  288  5.0000000000000004e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2761  two component transcriptional regulator  68.75 
 
 		 227 aa  270  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.413394  normal  0.0571461 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  57.33 
 
 		 231 aa  240  1e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6070  two component response regulator  53.15 
 
 		 228 aa  230  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1875  response regulator receiver  51.58 
 
 		 230 aa  228  7e-59  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72432  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1159  two component transcriptional regulator  51.32 
 
 		 230 aa  221  7e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5362  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 230 aa  216  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0748621 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1100  two component transcriptional regulator  51.56 
 
 		 230 aa  216  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0359  two component transcriptional regulator  50.64 
 
 		 236 aa  214  5.9999999999999996e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274157  normal  0.104876 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 240 aa  214  7e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 231 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2213  DNA binding response regulator KdpE  50.45 
 
 		 231 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0249  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 		 232 aa  212  2.9999999999999995e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 231 aa  211  7e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3122  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.47 
 
 		 235 aa  211  9e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5960  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.79 
 
 		 226 aa  211  1e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.891848  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 231 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 235 aa  210  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 231 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 233 aa  209  3e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2990  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 230 aa  209  4e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.839569  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1172  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.57 
 
 		 235 aa  207  7e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  49.55 
 
 		 232 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 230 aa  207  1e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  51.35 
 
 		 230 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  49.55 
 
 		 232 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  49.55 
 
 		 234 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11045  transcriptional regulatory protein kdpE  49.55 
 
 		 226 aa  206  2e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  49.55 
 
 		 234 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  49.55 
 
 		 234 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  49.55 
 
 		 234 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  49.55 
 
 		 234 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3077  two component transcriptional regulator  48 
 
 		 227 aa  206  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  49.78 
 
 		 224 aa  205  5e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1222  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 235 aa  205  6e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  51.33 
 
 		 230 aa  204  8e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 		 241 aa  204  8e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1708  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.65 
 
 		 228 aa  204  8e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.476364 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 		 231 aa  203  1e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.22 
 
 		 230 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1269  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 		 228 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  49.11 
 
 		 234 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.85 
 
 		 225 aa  202  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0891  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 		 231 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.391375  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0299  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.88 
 
 		 231 aa  202  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0716  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.85 
 
 		 225 aa  202  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0593355  normal  0.505732 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.87 
 
 		 231 aa  202  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2927  two component transcriptional regulator  48 
 
 		 228 aa  202  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4990  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 230 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1514  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.89 
 
 		 229 aa  202  5e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0313038  normal  0.23375 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0741  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.85 
 
 		 225 aa  201  5e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000675118  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0787  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.85 
 
 		 225 aa  202  5e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00651  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with KdpD  46.4 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  49.78 
 
 		 230 aa  201  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2962  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.4 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00642  hypothetical protein  46.4 
 
 		 225 aa  201  6e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2694  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 235 aa  201  7e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0720  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.85 
 
 		 225 aa  201  7e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0669037  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2604  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.11 
 
 		 246 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0555  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.4 
 
 		 225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.66 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3248  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0509  two component transcriptional regulator  45.78 
 
 		 232 aa  199  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4238  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 226 aa  199  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.633474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2437  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 		 233 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1672  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 232 aa  198  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193412  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2307  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 232 aa  198  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2284  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 232 aa  198  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0750  DNA-binding transcriptional activator KdpE  45.95 
 
 		 225 aa  198  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.358042  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0860  DNA-binding transcriptional activator KdpE  45.95 
 
 		 225 aa  198  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1214  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.67 
 
 		 226 aa  198  6e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3370  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 234 aa  198  6e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3023  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 234 aa  198  7e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4088  response regulator receiver  45.37 
 
 		 231 aa  197  1.0000000000000001e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3087  response regulator transcription regulator protein  49.11 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0824  DNA-binding transcriptional activator KdpE  45.5 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0770111 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0810  DNA-binding transcriptional activator KdpE  45.5 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1126  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.22 
 
 		 226 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296902  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3050  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 		 224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.519152  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3787  transposase  48.03 
 
 		 229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 232 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2322  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1206  two component transcriptional regulator  46.64 
 
 		 225 aa  196  3e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>