More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3004 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  441  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  441  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  441  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2298  two component transcriptional regulator  89.95 
 
 		 221 aa  397  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5019  two component transcriptional regulator  75.34 
 
 		 221 aa  323  1e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14757  normal  0.102893 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3302  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.09 
 
 		 221 aa  322  3e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3626  two component transcriptional regulator, winged helix family  73.64 
 
 		 221 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3404  response regulator transcription regulator protein  73.64 
 
 		 221 aa  319  1.9999999999999998e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2598  two component transcriptional regulator  72.73 
 
 		 221 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458585  normal  0.0460703 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5326  two component transcriptional regulator  68.95 
 
 		 221 aa  299  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3901  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  63.8 
 
 		 225 aa  293  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0688  two component transcriptional regulator  65.75 
 
 		 220 aa  288  3e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0998  two component transcriptional regulator  62.56 
 
 		 220 aa  285  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333129  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  57.99 
 
 		 220 aa  264  8.999999999999999e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.99 
 
 		 220 aa  264  8.999999999999999e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.01 
 
 		 220 aa  262  4e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  55.66 
 
 		 220 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2384  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.45 
 
 		 219 aa  248  7e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23421  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  54.79 
 
 		 219 aa  246  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  56.11 
 
 		 220 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  56.62 
 
 		 225 aa  241  5e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  57.08 
 
 		 220 aa  240  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4760  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.82 
 
 		 227 aa  239  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00176778  hitchhiker  0.0056462 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  53.88 
 
 		 219 aa  238  4e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  57.01 
 
 		 220 aa  238  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  57.01 
 
 		 220 aa  238  5e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  49.78 
 
 		 232 aa  238  5e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  56.62 
 
 		 224 aa  238  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  57.01 
 
 		 220 aa  238  5e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  57.01 
 
 		 220 aa  238  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  57.01 
 
 		 220 aa  238  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3110  two component transcriptional regulator  55.91 
 
 		 224 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.178244 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  56.16 
 
 		 220 aa  237  8e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  56.16 
 
 		 224 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0673  DNA-binding response regulator  57.53 
 
 		 241 aa  237  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  49.33 
 
 		 223 aa  236  2e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  53.39 
 
 		 221 aa  236  3e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0603  DNA-binding response regulator  56.62 
 
 		 283 aa  234  7e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3786  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.09 
 
 		 279 aa  231  6e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.898509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4863  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.09 
 
 		 244 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.494797 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18630  Response regulator, two-component  51.36 
 
 		 219 aa  229  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5798  winged helix family two component transcriptional regulator  52.23 
 
 		 242 aa  230  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0751826 
 
 
-
 
NC_003296  RS02110  two-component response regulator transcription regulator protein  50 
 
 		 246 aa  229  4e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.27 
 
 		 219 aa  228  4e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  51.53 
 
 		 235 aa  228  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0277  two component transcriptional regulator  53.28 
 
 		 235 aa  227  1e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.344057 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4983  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.8 
 
 		 218 aa  227  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2538  two component transcriptional regulator  55.98 
 
 		 210 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.322532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4098  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.08 
 
 		 219 aa  223  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  54.75 
 
 		 220 aa  221  9e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  54.75 
 
 		 220 aa  221  9e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 220 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 222 aa  219  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3293  two component transcriptional regulator  49.09 
 
 		 221 aa  219  3e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  53.39 
 
 		 255 aa  218  7e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  53.85 
 
 		 220 aa  217  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3964  two component transcriptional regulator  53.88 
 
 		 219 aa  217  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.4 
 
 		 218 aa  216  2e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0503  two component transcriptional regulator  48.87 
 
 		 227 aa  216  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0768  two component transcriptional regulator  54.3 
 
 		 220 aa  215  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00104047  hitchhiker  0.00200685 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  52.49 
 
 		 220 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  52.49 
 
 		 220 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  52.49 
 
 		 220 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  52.49 
 
 		 220 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  52.49 
 
 		 220 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5363  two component transcriptional regulator  53.85 
 
 		 220 aa  214  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00637832  normal  0.125402 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4924  two component transcriptional regulator  53.85 
 
 		 220 aa  214  8e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000483234  normal  0.0512749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1597  two component transcriptional regulator  54.46 
 
 		 224 aa  214  8e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3443  two component transcriptional regulator  53.85 
 
 		 220 aa  214  8e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0448196  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  52.49 
 
 		 220 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 223 aa  210  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3456  two component transcriptional regulator  52.51 
 
 		 220 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.836579  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2190  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.14 
 
 		 219 aa  209  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3965  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 220 aa  208  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 220 aa  207  8e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 228 aa  207  9e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 220 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  47.96 
 
 		 220 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4177  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.08 
 
 		 223 aa  205  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.622163  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3011  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 		 221 aa  205  5e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  46.82 
 
 		 221 aa  204  7e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0575  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.4 
 
 		 224 aa  204  7e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.21251 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5497  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 		 221 aa  202  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 220 aa  202  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  47.95 
 
 		 227 aa  202  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63150  two-component response regulator  46.15 
 
 		 221 aa  201  7e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.388672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 222 aa  201  9e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  46.79 
 
 		 220 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2786  response regulator  42.68 
 
 		 243 aa  199  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  47.12 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  47.12 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1075  two component transcriptional regulator  51.15 
 
 		 220 aa  199  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6226  two component transcriptional regulator  47.49 
 
 		 221 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.344594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5866  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 		 221 aa  198  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1894  DNA-binding response regulator  47.96 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3075  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0867071  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.73 
 
 		 218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  49.54 
 
 		 222 aa  196  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6029  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 222 aa  195  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.167629 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>