More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3859 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 235 aa  461  1e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  80.18 
 
 		 283 aa  353  2e-96  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0293  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.09 
 
 		 226 aa  262  3e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591061  normal  0.658536 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1598  response regulator receiver  56.31 
 
 		 226 aa  254  6e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10613  two component system DNA binding transcriptional regulatory protein tcrA  59.19 
 
 		 253 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499525  normal  0.750249 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1613  response regulator receiver  56.82 
 
 		 225 aa  246  3e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.97266  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37500  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  53.18 
 
 		 225 aa  244  6.999999999999999e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0213695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0102  response regulator receiver protein  54.95 
 
 		 222 aa  241  6e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.294663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3423  response regulator receiver protein  57.27 
 
 		 224 aa  237  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.699539  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2104  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.82 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.302064  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1610  two component transcriptional regulator  51.91 
 
 		 232 aa  233  3e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.496365  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4535  two component transcriptional regulator  52.73 
 
 		 227 aa  231  7.000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  53.39 
 
 		 240 aa  231  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  49.33 
 
 		 224 aa  229  4e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 222 aa  227  1e-58  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 224 aa  226  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 223 aa  226  3e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0998  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 223 aa  225  4e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1806  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.91 
 
 		 225 aa  225  4e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0205791  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  52.63 
 
 		 225 aa  225  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.7 
 
 		 224 aa  224  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.7 
 
 		 224 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5468  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.09 
 
 		 223 aa  224  1e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.19 
 
 		 225 aa  223  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0451  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.4 
 
 		 230 aa  224  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.33 
 
 		 224 aa  223  2e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  47.96 
 
 		 223 aa  223  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  52.73 
 
 		 226 aa  223  2e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2337  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.1 
 
 		 227 aa  222  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  51.79 
 
 		 236 aa  222  4e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  52.27 
 
 		 226 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1497  heavy metal response regulator  51.8 
 
 		 228 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1236  two component heavy metal response transcriptional regulator  53.88 
 
 		 219 aa  221  4.9999999999999996e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.43 
 
 		 225 aa  221  8e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1324  response regulator receiver  50.67 
 
 		 223 aa  221  9e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.88989  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 224 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1658  two component transcriptional regulator  50.44 
 
 		 230 aa  221  9.999999999999999e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.450735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.54 
 
 		 232 aa  219  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0703  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 236 aa  219  1.9999999999999999e-56  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  50.45 
 
 		 225 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 		 224 aa  219  3e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1127  heavy metal response regulator  50.45 
 
 		 225 aa  219  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294376  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2430  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.32 
 
 		 227 aa  219  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2474  heavy metal response regulator  49.54 
 
 		 223 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.13 
 
 		 225 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  51.79 
 
 		 228 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  50 
 
 		 223 aa  218  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.58 
 
 		 226 aa  218  6e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4683  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.73 
 
 		 228 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.222547  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3680  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.73 
 
 		 228 aa  218  7e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3842  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.73 
 
 		 227 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.67414 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0489  response regulator for cobalt zinc cadmium resistance transcription regulator protein  50 
 
 		 224 aa  217  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2259  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.67 
 
 		 225 aa  217  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001641  putative two component response regulator transcription regulator protein  46.09 
 
 		 230 aa  217  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.170142  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.8 
 
 		 225 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.09 
 
 		 223 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.91 
 
 		 225 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.36 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.74 
 
 		 231 aa  216  2.9999999999999998e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  48 
 
 		 225 aa  216  2.9999999999999998e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6173  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.27 
 
 		 228 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.400074 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.09 
 
 		 223 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.82 
 
 		 225 aa  215  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.82 
 
 		 225 aa  215  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.82 
 
 		 225 aa  215  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00315  probable two component response regulator transcription regulator protein  46.02 
 
 		 227 aa  215  5e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0019  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.05 
 
 		 225 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.593373  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.68 
 
 		 225 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.05 
 
 		 225 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0017  two component heavy metal response transcriptional regulator  52.05 
 
 		 225 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  51.58 
 
 		 224 aa  214  7e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.58 
 
 		 224 aa  214  7e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1986  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.09 
 
 		 223 aa  214  9e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0566795  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.55 
 
 		 225 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 228 aa  213  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01690  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  54.09 
 
 		 217 aa  214  9.999999999999999e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.459553  normal  0.405302 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2192  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.12 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  51.58 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2480  DNA-binding heavy metal response regulator  49.12 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000187636  normal  0.518539 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1180  transcriptional activator IrlR  50.89 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0831411  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1028  DNA-binding response regulator IrlR  50.89 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0282692  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0030  DNA-binding response regulator IrlR  50.89 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.122488  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3379  two component heavy metal response transcriptional regulator  50.22 
 
 		 223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1439  transcriptional activator IrlR  50.89 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0010  transcriptional activator IrlR  50.89 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.121051  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2084  DNA-binding heavy metal response regulator  49.12 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000771382  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0402  transcriptional activator IrlR  50.89 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0800763  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1524  transcriptional activator protein IrlR  50.89 
 
 		 229 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  49.55 
 
 		 229 aa  212  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1594  response regulator receiver  56.95 
 
 		 219 aa  212  3.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.349405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1381  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.66 
 
 		 224 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.961918 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2007  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 		 223 aa  212  3.9999999999999995e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6295  two component heavy metal response transcriptional regulator  48.18 
 
 		 223 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.803537  normal  0.219108 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1815  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.09 
 
 		 224 aa  211  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.275759  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  49.77 
 
 		 224 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2033  DNA-binding response regulator  46.43 
 
 		 224 aa  211  7.999999999999999e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.725953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1376  DNA-binding response regulator IrlR  50.45 
 
 		 229 aa  211  9e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.498923  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1780  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  51.13 
 
 		 228 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.817023  normal  0.826624 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>