More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2806 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2806  response regulator receiver protein  100 
 
 		 373 aa  773    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1356  response regulator receiver  62.95 
 
 		 386 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.235342  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2906  response regulator receiver protein  61.19 
 
 		 367 aa  474  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0132666  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2896  response regulator receiver protein  61.19 
 
 		 367 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00201335  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1312  response regulator receiver protein  61.99 
 
 		 367 aa  475  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000399806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1379  response regulator receiver protein  61.99 
 
 		 367 aa  475  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00673289  normal  0.16507 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1467  response regulator receiver protein  61.19 
 
 		 367 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0140274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1372  response regulator receiver protein  61.73 
 
 		 367 aa  474  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0119088  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3038  response regulator receiver protein  60.65 
 
 		 367 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0232368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2546  response regulator receiver protein  61.56 
 
 		 376 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3196  response regulator  60.38 
 
 		 367 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3036  response regulator receiver protein  59.3 
 
 		 367 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.697745  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1648  response regulator receiver protein  58.76 
 
 		 367 aa  442  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0057956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2267  response regulator receiver protein  57.99 
 
 		 367 aa  425  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0287525  normal  0.0560142 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1396  response regulator receiver protein  56.33 
 
 		 367 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00425013  normal  0.314583 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1391  response regulator receiver protein  53.08 
 
 		 368 aa  395  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  31.85 
 
 		 394 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  32.97 
 
 		 412 aa  146  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  32.08 
 
 		 394 aa  145  9e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.16 
 
 		 393 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  31.16 
 
 		 393 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  31.16 
 
 		 393 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  29.31 
 
 		 394 aa  143  6e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  30.53 
 
 		 394 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  30.88 
 
 		 394 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.44 
 
 		 412 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  29.79 
 
 		 394 aa  136  6.0000000000000005e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  29.46 
 
 		 399 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03091  hypothetical protein  29.07 
 
 		 368 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002881  response regulator  27.6 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1082  response regulator  27.5 
 
 		 367 aa  115  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0568  response regulator  26.23 
 
 		 368 aa  109  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00216047  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1959  response regulator of RpoS  31.36 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0999  response regulator receiver modulated serine phosphatase  23.93 
 
 		 602 aa  98.6  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118416  hitchhiker  0.00369461 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0532  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  39.83 
 
 		 715 aa  95.1  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0913  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 		 544 aa  94.4  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  42.99 
 
 		 410 aa  94  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.98 
 
 		 739 aa  93.6  5e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2710  response regulator of RpoS  27.14 
 
 		 337 aa  92.8  8e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.317611  hitchhiker  0.000232648 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2645  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.14 
 
 		 364 aa  92.4  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2078  response regulator of RpoS  29.68 
 
 		 338 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2331  response regulator of RpoS  29.68 
 
 		 338 aa  92.4  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000591908  normal  0.501576 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2096  signal transduction histidine kinase  34.16 
 
 		 526 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0713574 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2461  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.1 
 
 		 581 aa  92  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1479  response regulator receiver protein  24.62 
 
 		 402 aa  91.3  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2526  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.49 
 
 		 715 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.263284  normal  0.0502692 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1979  response regulator of RpoS  28.57 
 
 		 338 aa  90.1  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46167  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1969  response regulator of RpoS  28.64 
 
 		 338 aa  89.7  7e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.313928  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1419  signal transduction histidine kinase  34.75 
 
 		 551 aa  89.4  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2280  response regulator of RpoS  28.57 
 
 		 338 aa  89.4  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0715238  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3465  putative PAS/PAC sensor protein  36.04 
 
 		 489 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0064  histidine kinase  31.1 
 
 		 598 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0242  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.34 
 
 		 238 aa  87.4  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.206504  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 454 aa  87.8  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00781234  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3074  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  39.83 
 
 		 363 aa  87.4  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1875  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.97 
 
 		 361 aa  87.4  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2201  response regulator of RpoS  27.88 
 
 		 338 aa  87  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3744  putative GAF sensor protein  26.44 
 
 		 323 aa  86.7  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6438  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37 
 
 		 394 aa  85.9  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00615091  normal  0.383003 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1579  response regulator receiver  36.27 
 
 		 225 aa  86.3  9e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.410227  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01211  response regulator of RpoS  25.48 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.480052  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1384  response regulator of RpoS  25.48 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.421294  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0904  two component Fis family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 454 aa  85.5  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1575  response regulator of RpoS  25.48 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.307447  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01221  hypothetical protein  25.48 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.417729  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1343  response regulator of RpoS  25.48 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00109338  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1720  response regulator of RpoS  25.48 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0232509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1906  response regulator of RpoS  25.48 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.174648  normal  0.215745 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2392  response regulator of RpoS  25.48 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000237009 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1943  response regulator of RpoS  25.48 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.941531 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 473 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1886  response regulator of RpoS  25.48 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0489347  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1880  response regulator of RpoS  25.48 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.239117  normal  0.804945 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1392  response regulator of RpoS  25.48 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1400  response regulator of RpoS  25.48 
 
 		 337 aa  84.3  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2308  response regulator of RpoS  26.44 
 
 		 337 aa  84.3  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.863566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  29.27 
 
 		 544 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0470  sigma-54 dependent response regulator  35.24 
 
 		 453 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.253212  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 221 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 		 454 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2195  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 		 502 aa  82  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1114  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.16 
 
 		 391 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09498  two-component system, transcriptional regulatory protein  31.16 
 
 		 236 aa  81.3  0.00000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 462 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3572  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 457 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2740  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.42 
 
 		 475 aa  80.9  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  25.96 
 
 		 385 aa  80.1  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 485 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.89 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.61 
 
 		 489 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.854352 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0187  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.61 
 
 		 457 aa  80.1  0.00000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3740  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 454 aa  79.7  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0840186  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0097  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.59 
 
 		 448 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.11 
 
 		 453 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.66 
 
 		 472 aa  79.7  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2457  metal dependent phosphohydrolase  29.61 
 
 		 358 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0633  response regulator receiver protein  34.31 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.546392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2709  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.86 
 
 		 501 aa  79.7  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.710197  normal  0.745824 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  37.5 
 
 		 513 aa  79.3  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  37.5 
 
 		 477 aa  79  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>