More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1940 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1228  methyl-accepting chemotaxis transducer  51.11 
 
 
688 aa  648    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.739741 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1940  methyl-accepting chemotaxis transducer  100 
 
 
716 aa  1455    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.00000108039 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4190  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.11 
 
 
688 aa  651    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.251316  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3557  methyl-accepting chemotaxis transducer  63.6 
 
 
714 aa  860    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.386044  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2217  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  63.46 
 
 
714 aa  860    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2074  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  63.32 
 
 
714 aa  835    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.203311  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3984  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.58 
 
 
688 aa  661    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2546  putative chemotaxis transducer  56.98 
 
 
714 aa  756    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.410637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3770  chemotaxis sensory transducer  64.94 
 
 
715 aa  899    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1257  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  51.46 
 
 
688 aa  647    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.124474  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1998  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  56.62 
 
 
714 aa  726    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0164438 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2365  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  63.51 
 
 
714 aa  835    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29760  putative chemotaxis transducer  57.4 
 
 
714 aa  761    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2970  chemotaxis sensory transducer  50.49 
 
 
712 aa  631  1e-179  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4382  chemotaxis sensory transducer  46.36 
 
 
738 aa  592  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4715  chemotaxis sensory transducer  35.63 
 
 
713 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233277  normal  0.171171 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61300  putative chemotaxis transducer  35.34 
 
 
712 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.862971 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5279  putative chemotaxis transducer  35.48 
 
 
712 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0493383  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3669  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.51 
 
 
716 aa  386  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170337  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1951  methyl-accepting chemotaxis protein  34.78 
 
 
720 aa  360  5e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1450  methyl-accepting chemotaxis protein  33.47 
 
 
706 aa  341  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000571496  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4675  methyl-accepting chemotaxis protein  32.72 
 
 
701 aa  310  6.999999999999999e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.595763  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3827  methyl-accepting chemotaxis transducer  32.16 
 
 
695 aa  303  1e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000221184 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2193  methyl-accepting chemotaxis protein  36.36 
 
 
697 aa  293  6e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02788  hypothetical protein  36.99 
 
 
698 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003063  methyl-accepting chemotaxis protein  35.65 
 
 
682 aa  281  3e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.77 
 
 
638 aa  266  7e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.573171  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3002  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.22 
 
 
705 aa  266  1e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.568622  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3088  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.32 
 
 
706 aa  264  3e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193815  hitchhiker  0.00820004 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1066  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.91 
 
 
705 aa  264  4.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3139  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.76 
 
 
640 aa  263  8.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.753261  normal  0.0120166 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1187  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.3 
 
 
706 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3170  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.3 
 
 
706 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.942476 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4404  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.96 
 
 
638 aa  263  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0156105 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1220  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.3 
 
 
706 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.46231 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0085  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.24 
 
 
638 aa  260  6e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0647334  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2635  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.4 
 
 
706 aa  260  6e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.993869 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2909  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.34 
 
 
706 aa  259  1e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.307732 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1937  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  45.53 
 
 
541 aa  259  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.158854  normal  0.960341 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1278  methyl-accepting chemotaxis protein  31.15 
 
 
706 aa  259  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2991  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.55 
 
 
706 aa  258  3e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0750474  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3709  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.04 
 
 
707 aa  257  4e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.852924  normal  0.967698 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2050  methyl-accepting chemotaxis protein  29.99 
 
 
704 aa  256  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.459277  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0099  chemotaxis sensory transducer  40.55 
 
 
639 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000152719  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1098  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.9 
 
 
637 aa  255  2.0000000000000002e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0167241  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1963  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  47.49 
 
 
637 aa  254  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.870205  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0080  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.14 
 
 
636 aa  253  8.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4795  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.38 
 
 
638 aa  253  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.884167  hitchhiker  0.000462611 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0619  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.13 
 
 
634 aa  251  4e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2301  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.29 
 
 
705 aa  251  4e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2154  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.87 
 
 
627 aa  249  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0789614  normal  0.507372 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1099  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.26 
 
 
699 aa  249  1e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1103  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.66 
 
 
706 aa  248  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.540965  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0905  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  42.82 
 
 
640 aa  249  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.746842  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1059  methyl-accepting chemotaxis protein  42.82 
 
 
629 aa  248  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4783  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.7 
 
 
730 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0173  methyl-accepting chemotaxis protein  33.97 
 
 
639 aa  243  7e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2364  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.08 
 
 
622 aa  243  7e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.493821  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3379  methyl-accepting chemotaxis protein  43.73 
 
 
559 aa  243  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0911  chemotaxis sensory transducer  29.57 
 
 
705 aa  242  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000403524  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06314  histidine kinase  33.91 
 
 
623 aa  241  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4053  methyl-accepting chemotaxis protein  42.41 
 
 
634 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0380  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  44.22 
 
 
638 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6717  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.15 
 
 
741 aa  241  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.447835  normal  0.587139 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1205  chemotaxis sensory transducer  27.06 
 
 
713 aa  241  4e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001423  methyl-accepting chemotaxis protein  41.79 
 
 
623 aa  241  5e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.896179  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3611  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.55 
 
 
634 aa  241  5e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3477  putative methyl-accepting chemotaxis protein  34.99 
 
 
622 aa  239  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000522984 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2616  methyl-accepting chemotaxis protein  41.76 
 
 
633 aa  239  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00438795  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0219  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.21 
 
 
773 aa  238  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.952357  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3522  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.96 
 
 
636 aa  238  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4454  methyl-accepting chemotaxis protein  39.63 
 
 
642 aa  237  6e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5020  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.01 
 
 
638 aa  236  8e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0443  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.19 
 
 
541 aa  236  1.0000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1586  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.53 
 
 
626 aa  236  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0949  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  46.87 
 
 
636 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0451727 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2356  histidine kinase, HAMP region: chemotaxis sensory transducer  39.69 
 
 
619 aa  236  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0809243  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1321  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.59 
 
 
730 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0177086  normal  0.260794 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4894  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.51 
 
 
638 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.291281  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5070  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.21 
 
 
638 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2121  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.4 
 
 
622 aa  234  5e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1426  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.21 
 
 
634 aa  233  1e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2650  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.74 
 
 
568 aa  232  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0549  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.03 
 
 
640 aa  232  2e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.43692  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001073  N-acetylglucosamine regulated methyl-accepting chemotaxis protein  41.59 
 
 
628 aa  232  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0387  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  44.31 
 
 
638 aa  231  4e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.408395  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0279  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.23 
 
 
638 aa  231  5e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.983838  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0275  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.23 
 
 
638 aa  231  5e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0282  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.23 
 
 
641 aa  231  5e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0149105  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0283  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.23 
 
 
638 aa  231  5e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.411591  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3750  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.29 
 
 
638 aa  231  5e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.666265  normal  0.186245 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0272  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.15 
 
 
638 aa  230  6e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00090491  hitchhiker  0.000000349734 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0271  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.15 
 
 
638 aa  230  7e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.758035  hitchhiker  0.0000678809 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3979  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.91 
 
 
552 aa  229  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0633  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  43.91 
 
 
552 aa  229  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04784  histidine kinase  43.93 
 
 
628 aa  229  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4874  chemotactic transducer PctC  32.76 
 
 
632 aa  229  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.153332  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1254  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.04 
 
 
639 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523103  normal  0.0331864 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0167  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.78 
 
 
540 aa  228  3e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2609  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.53 
 
 
621 aa  228  3e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.206567  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>