More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_5313 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_5313  response regulator receiver protein  100 
 
 		 132 aa  264  4e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4845  response regulator receiver  97.73 
 
 		 132 aa  258  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5391  response regulator receiver protein  81.02 
 
 		 137 aa  223  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4331  response regulator receiver protein  59.52 
 
 		 134 aa  144  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.095217 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0279  response regulator receiver protein  55.75 
 
 		 131 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0118022 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.45 
 
 		 795 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.477207 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4539  response regulator receiver protein  36 
 
 		 120 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4170  response regulator receiver  36 
 
 		 120 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0143  response regulator receiver protein  40.35 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.363881  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4683  response regulator receiver protein  35.43 
 
 		 120 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.409248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.68 
 
 		 660 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 		 803 aa  68.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3223  histidine kinase  40.18 
 
 		 594 aa  67  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00047761  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 		 688 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3745  response regulator receiver domain-containing protein  38.6 
 
 		 133 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.368149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4830  response regulator receiver protein  40.78 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.071515 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3529  response regulator receiver domain-containing protein  33.02 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 		 688 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0861  response regulator receiver protein  38.94 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0503153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7425  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  32.74 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0404716 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  36.29 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.8 
 
 		 589 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  36.29 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 236 aa  62.8  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5535  response regulator receiver protein  33.03 
 
 		 130 aa  62  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.591914  decreased coverage  0.00892468 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 508 aa  62  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 		 589 aa  62  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1415 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2645  response regulator receiver domain-containing protein  33.64 
 
 		 121 aa  62  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1838  two component transcriptional regulator  34.17 
 
 		 239 aa  61.6  0.000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000194698  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1171  histidine kinase  36.04 
 
 		 527 aa  62  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00415214  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.97 
 
 		 472 aa  61.6  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.241811  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  34.82 
 
 		 829 aa  60.8  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 		 926 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 		 701 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1954  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 		 795 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576685  normal  0.0880633 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 		 546 aa  60.1  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00154548  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5586  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 		 819 aa  59.7  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 732 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2354  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 		 795 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.250771 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  32.23 
 
 		 611 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  35.09 
 
 		 701 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  32.23 
 
 		 611 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3341  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 		 795 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.679688 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.96 
 
 		 657 aa  59.3  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1727  response regulator receiver  35.09 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0248964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 		 1102 aa  59.3  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 		 766 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 478 aa  59.3  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  32.23 
 
 		 611 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 		 611 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  32.23 
 
 		 611 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4398  response regulator receiver protein  36.27 
 
 		 127 aa  58.5  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.481257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 		 785 aa  58.2  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 		 734 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2277  two component transcriptional regulator  36.7 
 
 		 248 aa  58.2  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113906  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  36.7 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 		 551 aa  58.2  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4041  response regulator receiver domain-containing protein  33.04 
 
 		 124 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0979956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  35.4 
 
 		 529 aa  58.2  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1490  two component transcriptional regulator  31.03 
 
 		 239 aa  58.2  0.00000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000120928  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  36.59 
 
 		 678 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0595  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 		 680 aa  57.8  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  31.4 
 
 		 611 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 485 aa  57.4  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1984  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.94 
 
 		 752 aa  57.4  0.00000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1727  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.46 
 
 		 793 aa  57.4  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.71 
 
 		 486 aa  57.4  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 476 aa  57.4  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.68 
 
 		 728 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.11 
 
 		 727 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 231 aa  57  0.00000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.38 
 
 		 236 aa  57.4  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1889  ATPase domain-containing protein  36.36 
 
 		 280 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.508337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  36.21 
 
 		 1299 aa  57.4  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 		 688 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6496  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 231 aa  57  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00132974  normal  0.338684 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0123  DNA-binding response regulator  29.09 
 
 		 223 aa  57  0.00000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  37.27 
 
 		 695 aa  57  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3463  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 		 1333 aa  57  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.245922 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1475  response regulator receiver protein  35.4 
 
 		 124 aa  57  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.292646  normal  0.101486 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 		 711 aa  57  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4874  histidine kinase  33.94 
 
 		 544 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.300744  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2059  DNA-binding response regulator  33.96 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000985599  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2444  response regulator receiver  32.52 
 
 		 123 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.986911  decreased coverage  0.00021442 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6588  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.13217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4480  response regulator receiver protein  32.69 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.361856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1694  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.04 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000906935 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2152  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.88 
 
 		 670 aa  56.2  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.381885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 588 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 589 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4112  response regulator receiver  32.69 
 
 		 128 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576276  normal  0.834365 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 		 1036 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 589 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0875  two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000486966  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0093  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3376  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 462 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.193945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2130  response regulator receiver  35.78 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.539517  hitchhiker  0.00279069 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1975  DNA-binding response regulator  33.02 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0483655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>