More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1727 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1727  response regulator receiver  100 
 
 		 132 aa  263  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0248964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3745  response regulator receiver domain-containing protein  74.24 
 
 		 133 aa  201  3e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.368149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4830  response regulator receiver protein  40.62 
 
 		 131 aa  101  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.071515 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4683  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 120 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.409248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4170  response regulator receiver  37.5 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4539  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0906  response regulator receiver protein  36.52 
 
 		 125 aa  73.6  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.101181 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0093  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 143 aa  70.5  0.000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0148  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  35.78 
 
 		 119 aa  67  0.00000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2333  histidine kinase  33.33 
 
 		 538 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3429  histidine kinase  33.33 
 
 		 538 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 622 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2842  PAS sensor protein  35.04 
 
 		 622 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  36.44 
 
 		 558 aa  63.5  0.0000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  33.61 
 
 		 676 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  33.33 
 
 		 228 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.81 
 
 		 668 aa  63.5  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2506  histidine kinase  33.6 
 
 		 538 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.971833  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0142  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.8 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  35 
 
 		 573 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  34.11 
 
 		 226 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3331  response regulator receiver protein  34.17 
 
 		 124 aa  62  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.800922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0584  response regulator receiver protein  32.26 
 
 		 250 aa  61.6  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.111578  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4845  response regulator receiver  35.65 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2947  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.17 
 
 		 642 aa  61.6  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1446  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 811 aa  61.2  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2159  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.03 
 
 		 227 aa  60.8  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177162  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 		 657 aa  60.8  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 		 548 aa  60.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2671  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 		 841 aa  60.1  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.07 
 
 		 628 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2802  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.9 
 
 		 219 aa  59.7  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.204502 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2960  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 622 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2444  histidine kinase  33.33 
 
 		 559 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0612  response regulator  32.48 
 
 		 120 aa  59.7  0.00000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.124392  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 857 aa  59.7  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4235  sensor histidine kinase  35.77 
 
 		 754 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507157  normal  0.848747 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5144  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 236 aa  58.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204078  normal  0.858106 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1249  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 452 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.09 
 
 		 922 aa  58.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  32.52 
 
 		 676 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5313  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 459 aa  58.9  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4331  response regulator receiver protein  36.11 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.095217 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 		 743 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  36.44 
 
 		 226 aa  58.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2105  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 116 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 589 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 589 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2507  response regulator receiver protein  33.61 
 
 		 121 aa  58.2  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 589 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0981  two component transcriptional regulator, LuxR family  32 
 
 		 221 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3276  winged helix family two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 234 aa  58.5  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.208422  normal  0.192837 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  35.4 
 
 		 1036 aa  58.2  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2931  response regulator receiver protein  30.83 
 
 		 122 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 451 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0978  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.82 
 
 		 254 aa  58.2  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0385223 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21620  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  33.85 
 
 		 238 aa  58.2  0.00000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.019443  normal  0.0473518 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3461  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 144 aa  58.2  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2196  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.11 
 
 		 705 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.908394  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1276  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 		 642 aa  58.2  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0861  response regulator receiver protein  32.17 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0503153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1777  response regulator receiver protein  33.85 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.723308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 		 927 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2670  response regulator receiver protein  31.67 
 
 		 122 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 451 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3746  chemotaxis response regulator  32.48 
 
 		 121 aa  57.4  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.193057  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 		 864 aa  57.4  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1267  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 		 542 aa  57.4  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1017  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 460 aa  57  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0996419 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2019  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 1016 aa  57  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.25506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3245  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.86 
 
 		 860 aa  57  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.48627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 809 aa  57  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2750  response regulator receiver protein  33.05 
 
 		 120 aa  57  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000684047  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 589 aa  57  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0302  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.2 
 
 		 221 aa  57  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07910  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.26 
 
 		 239 aa  57  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4234  sensor histidine kinase  32.56 
 
 		 761 aa  57  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5391  response regulator receiver protein  31.54 
 
 		 137 aa  57  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 662 aa  57  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3620  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.03 
 
 		 239 aa  57  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0253056  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.91 
 
 		 1193 aa  56.2  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  33.87 
 
 		 695 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 588 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0143  response regulator receiver protein  32.46 
 
 		 130 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.363881  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2924  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 470 aa  56.2  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.777319  hitchhiker  0.0000000000564278 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3624  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 120 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2719  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0959171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1675  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.16 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.294903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04130  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.2 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.118973  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0851  two component transcriptional regulator  26.62 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3325  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 120 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.745241 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.84 
 
 		 728 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 999 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0093  two component transcriptional regulator, winged helix family  32 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1287  response regulator receiver domain-containing protein  31.09 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.442215  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1354  two component LuxR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 349 aa  55.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3796  response regulator receiver  31.36 
 
 		 124 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.787937 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0666  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 831 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  29.37 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>