More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3796 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3796  response regulator receiver  100 
 
 		 124 aa  244  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.787937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4041  response regulator receiver domain-containing protein  74.17 
 
 		 124 aa  188  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0979956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1668  response regulator receiver protein  70.59 
 
 		 131 aa  177  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1228  response regulator receiver domain-containing protein  65.32 
 
 		 124 aa  166  9e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000969205 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3741  response regulator receiver protein  66.37 
 
 		 127 aa  152  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1195  Two component sensor kinase/response regulator hybrid protein  53.45 
 
 		 130 aa  137  6e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2945  response regulator receiver domain-containing protein  50 
 
 		 124 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.161273  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4537  response regulator receiver protein  59.26 
 
 		 125 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6418  response regulator receiver protein  56.88 
 
 		 126 aa  128  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0771  response regulator receiver protein  50.43 
 
 		 130 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0328  response regulator receiver  52.59 
 
 		 147 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0634669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1475  response regulator receiver protein  57.94 
 
 		 124 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.292646  normal  0.101486 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1895  response regulator receiver  54.72 
 
 		 126 aa  122  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2510  response regulator receiver  46.15 
 
 		 124 aa  120  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.294916 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3363  response regulator receiver  53.77 
 
 		 126 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9028  two component sensor kinase/response regulator hybrid  46.02 
 
 		 123 aa  119  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0497  response regulator receiver domain-containing protein  53.33 
 
 		 125 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0614776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4214  response regulator receiver protein  54.72 
 
 		 130 aa  116  7.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0850  response regulator receiver protein  54.21 
 
 		 131 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.886181 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0691  response regulator receiver protein  47.58 
 
 		 128 aa  113  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.852187  normal  0.378672 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3474  response regulator receiver protein  49.57 
 
 		 128 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3150  response regulator receiver  49.57 
 
 		 128 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2794  response regulator receiver protein  56.64 
 
 		 125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3346  response regulator receiver protein  48.7 
 
 		 128 aa  110  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2931  response regulator receiver protein  52.48 
 
 		 122 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5396  response regulator receiver protein  47.41 
 
 		 132 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.476573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4593  response regulator receiver protein  52.68 
 
 		 129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0516  response regulator receiver protein  52.38 
 
 		 124 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2670  response regulator receiver protein  50.5 
 
 		 122 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4112  response regulator receiver  52.25 
 
 		 128 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576276  normal  0.834365 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4480  response regulator receiver protein  52.25 
 
 		 128 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.361856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0095  response regulator receiver protein  46.79 
 
 		 123 aa  105  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.898425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2634  response regulator receiver protein  45.69 
 
 		 135 aa  105  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  normal  0.0480327 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5645  response regulator receiver protein  49.07 
 
 		 182 aa  104  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.633042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4811  response regulator receiver protein  45.69 
 
 		 140 aa  104  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6937  response regulator receiver protein  49.04 
 
 		 133 aa  103  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0671376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4398  response regulator receiver protein  49.51 
 
 		 127 aa  102  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.481257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2071  response regulator receiver protein  48 
 
 		 124 aa  96.7  8e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4665  response regulator receiver protein  47.22 
 
 		 127 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5228  response regulator receiver protein  39.02 
 
 		 135 aa  94.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0214459  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2499  response regulator receiver protein  43.09 
 
 		 136 aa  93.6  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353166  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3969  response regulator  40.52 
 
 		 120 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5790  response regulator receiver protein  40 
 
 		 122 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0889979  normal  0.112489 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4573  response regulator receiver  45.05 
 
 		 134 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.546072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5033  response regulator receiver protein  45.05 
 
 		 134 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.649741  normal  0.0493927 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5091  response regulator receiver protein  45.45 
 
 		 134 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.947919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7425  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  42.62 
 
 		 133 aa  90.1  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0404716 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4814  response regulator receiver protein  45.37 
 
 		 127 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24379  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0144  hypothetical protein  51.85 
 
 		 118 aa  89  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3963  response regulator receiver protein  41.59 
 
 		 133 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.150847 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0314  response regulator receiver protein  42.98 
 
 		 127 aa  88.2  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3607  response regulator receiver protein  42.24 
 
 		 135 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.621989  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7165  response regulator receiver protein  44.23 
 
 		 143 aa  85.9  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.272897  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4296  response regulator receiver  44.12 
 
 		 115 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0775  response regulator receiver protein  40 
 
 		 132 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0313977 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6328  response regulator receiver protein  44.23 
 
 		 141 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00633094 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2989  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 120 aa  85.9  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.7 
 
 		 1036 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2732  response regulator receiver protein  43.81 
 
 		 151 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0864  response regulator receiver protein  40.38 
 
 		 129 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00632773 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6442  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.74 
 
 		 688 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.381857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6212  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 177 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0392664  normal  0.598992 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0810  response regulator receiver protein  39.05 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.316292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0851  response regulator receiver  39.05 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234035 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5535  response regulator receiver protein  42.06 
 
 		 130 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.591914  decreased coverage  0.00892468 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2320  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 127 aa  81.6  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.632565 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7092  response regulator receiver protein  42.16 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.08524  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2196  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 		 705 aa  81.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.908394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2780  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3551  response regulator receiver protein  39.42 
 
 		 143 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0862504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3269  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 		 704 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 		 936 aa  79.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2557  response regulator receiver  40.2 
 
 		 194 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3778  response regulator receiver  38.74 
 
 		 129 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0998176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4072  response regulator receiver protein  38.74 
 
 		 129 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3211  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.94 
 
 		 696 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.7085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2488  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365206  normal  0.13004 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1990  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 		 695 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1672  PAS sensor protein  35.09 
 
 		 695 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5605  response regulator receiver protein  40.19 
 
 		 198 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.469743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.54 
 
 		 1651 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1882  response regulator receiver  41.49 
 
 		 108 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  35.04 
 
 		 949 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  36.44 
 
 		 1036 aa  75.5  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 949 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 		 707 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 810 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3208  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 		 702 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 		 943 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4092  response regulator receiver protein  39.62 
 
 		 161 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 		 905 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 		 1631 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4740  response regulator receiver protein  42 
 
 		 126 aa  73.9  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.84 
 
 		 1646 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1503  response regulator receiver protein  36.11 
 
 		 130 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.156189  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4034  response regulator receiver protein  36.04 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 727 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 727 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0853  sensor histidine kinase/reponse regulator  38.26 
 
 		 845 aa  73.2  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00134282  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2569  response regulator receiver protein  38.52 
 
 		 132 aa  72.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.929319 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>