More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4830 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4830  response regulator receiver protein  100 
 
 		 131 aa  262  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.071515 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3745  response regulator receiver domain-containing protein  37.4 
 
 		 133 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.368149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1727  response regulator receiver  40.62 
 
 		 132 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0248964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4539  response regulator receiver protein  32.46 
 
 		 120 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4170  response regulator receiver  32.46 
 
 		 120 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  36.13 
 
 		 695 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4683  response regulator receiver protein  32.46 
 
 		 120 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.409248  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  36.13 
 
 		 695 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 		 551 aa  67.4  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1088  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237646 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 455 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4845  response regulator receiver  38.05 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 1013 aa  65.5  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2334  response regulator receiver protein  31.71 
 
 		 151 aa  65.9  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.97 
 
 		 556 aa  65.1  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.936608  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0143  response regulator receiver protein  30.83 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.363881  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0093  response regulator receiver protein  31.97 
 
 		 143 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  35.04 
 
 		 1164 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5313  response regulator receiver protein  40.78 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2795  two component transcriptional regulator  41.24 
 
 		 266 aa  64.3  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 1164 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0906  response regulator receiver protein  27.97 
 
 		 125 aa  63.9  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.101181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 		 691 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  31.62 
 
 		 646 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  30.77 
 
 		 646 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 		 857 aa  62.4  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4331  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.095217 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  35.9 
 
 		 573 aa  62  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1446  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 		 811 aa  61.6  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 721 aa  62  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5603  hypothetical protein  33.04 
 
 		 756 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 772 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.64 
 
 		 999 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5391  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 137 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.79 
 
 		 905 aa  60.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0612  response regulator  35.04 
 
 		 120 aa  61.2  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.124392  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3331  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 124 aa  60.8  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.800922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 		 691 aa  60.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.15 
 
 		 551 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 803 aa  60.5  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2449  response regulator receiver  31.36 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000856797 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3607  response regulator receiver protein  34.88 
 
 		 135 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.621989  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2716  response regulator  30.51 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.59583  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.17 
 
 		 1022 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.71 
 
 		 469 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 469 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 943 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.71 
 
 		 469 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1273  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 		 556 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.12815  normal  0.758765 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 		 830 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3245  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.79 
 
 		 860 aa  59.3  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.48627  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  32.23 
 
 		 827 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2650  response regulator receiver domain-containing protein  30.51 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 		 998 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1234  response regulator receiver protein  33.06 
 
 		 138 aa  59.3  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0344647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.93 
 
 		 1089 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.76 
 
 		 795 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.477207 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.51 
 
 		 686 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.83 
 
 		 1092 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2750  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 120 aa  59.3  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000684047  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1358  response regulator receiver protein  28.79 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.107991  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  26.83 
 
 		 1086 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  30.4 
 
 		 949 aa  58.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.65 
 
 		 589 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2444  histidine kinase  31.09 
 
 		 559 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.5 
 
 		 1050 aa  58.2  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2334  response regulator receiver  32.23 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0685092  normal  0.85818 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4405  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 448 aa  57.8  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.851623  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3222  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 798 aa  58.2  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.150716 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.4 
 
 		 949 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2613  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.031456 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3963  response regulator receiver protein  33.72 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.150847 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0043  response regulator  35.9 
 
 		 120 aa  57.8  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.868286  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4284  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0040  response regulator  35.9 
 
 		 120 aa  57.8  0.00000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0135  response regulator receiver protein  33.05 
 
 		 124 aa  57.8  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3746  chemotaxis response regulator  34.45 
 
 		 121 aa  57.4  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.193057  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3169  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32 
 
 		 444 aa  57.4  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.254755  normal  0.187976 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0864  response regulator receiver protein  28.21 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00632773 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  30.77 
 
 		 847 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3460  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32 
 
 		 444 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0376131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.84 
 
 		 589 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2407  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 461 aa  57.4  0.00000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1740  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  32.2 
 
 		 866 aa  57  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0223971  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 		 660 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 		 927 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0861  response regulator receiver protein  27.59 
 
 		 135 aa  57  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0503153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 548 aa  57  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5110  histidine kinase  32.5 
 
 		 558 aa  57  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.967716  normal  0.0814675 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3647  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 471 aa  57  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209004  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2739  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 451 aa  57  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.693002  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3833  response regulator receiver protein  37.19 
 
 		 117 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.27 
 
 		 966 aa  56.6  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2691  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 		 639 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2289  response regulator receiver protein  31.4 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.431113 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 957 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2402  response regulator receiver protein  29.57 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  27.73 
 
 		 537 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.93 
 
 		 1381 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3139  histidine kinase  31.45 
 
 		 533 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.468681  normal  0.330779 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>