More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0135 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0135  response regulator receiver protein  100 
 
 		 124 aa  248  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1287  response regulator receiver domain-containing protein  66.67 
 
 		 127 aa  174  5e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.442215  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1335  response regulator receiver protein  70.69 
 
 		 125 aa  167  3e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.51819  normal  0.0884587 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2750  response regulator receiver protein  60.83 
 
 		 120 aa  144  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000684047  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0612  response regulator  62.39 
 
 		 120 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.124392  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4284  response regulator receiver protein  60.68 
 
 		 130 aa  144  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0043  response regulator  60.68 
 
 		 120 aa  143  7.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.868286  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0040  response regulator  60.68 
 
 		 120 aa  143  7.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3746  chemotaxis response regulator  60 
 
 		 121 aa  140  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.193057  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2719  response regulator receiver protein  60.87 
 
 		 120 aa  140  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0959171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3624  response regulator receiver protein  60.87 
 
 		 120 aa  140  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3325  response regulator receiver protein  60.87 
 
 		 120 aa  140  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.745241 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2816  response regulator receiver protein  58.97 
 
 		 120 aa  138  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101903  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1998  response regulator receiver protein  61.21 
 
 		 120 aa  137  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000230643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3600  response regulator receiver protein  59.48 
 
 		 118 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.11211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0043  response regulator receiver protein  59.48 
 
 		 118 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0842812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3276  response regulator receiver  59.48 
 
 		 118 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3474  response regulator receiver protein  59.48 
 
 		 118 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.790484 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5952  response regulator receiver protein  59.13 
 
 		 118 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0493294  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5217  response regulator receiver protein  59.13 
 
 		 118 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0686971  normal  0.0287673 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4515  response regulator receiver domain-containing protein  56.41 
 
 		 119 aa  135  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.403365  normal  0.643653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4356  response regulator receiver  56.41 
 
 		 119 aa  135  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00220083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1143  response regulator receiver domain-containing protein  56.41 
 
 		 119 aa  135  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1234  response regulator receiver protein  58.12 
 
 		 138 aa  136  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0344647 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2946  response regulator receiver  56.41 
 
 		 135 aa  135  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3644  response regulator receiver protein  58.62 
 
 		 127 aa  134  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00272169  normal  0.799381 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0781  response regulator receiver domain-containing protein  55.56 
 
 		 119 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.394955 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0976  response regulator receiver protein  55.56 
 
 		 119 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351318  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1391  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  55.56 
 
 		 119 aa  132  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00446889  normal  0.206531 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0863  response regulator receiver protein  58.97 
 
 		 118 aa  128  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2507  response regulator receiver protein  59.32 
 
 		 121 aa  129  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1446  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 		 811 aa  82.4  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1267  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  38.26 
 
 		 542 aa  81.3  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1216  sensor histidine kinase/response regulator  38.53 
 
 		 417 aa  78.6  0.00000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1157  response regulator receiver protein  43.7 
 
 		 127 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116971  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0673  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.9 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.996485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 857 aa  78.2  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4023  two component response regulator  43.37 
 
 		 119 aa  78.2  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3997  response regulator receiver protein  43.59 
 
 		 121 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0883649 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0755  sensor histidine kinase/response regulator  35.09 
 
 		 828 aa  76.6  0.00000000000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3569  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 119 aa  76.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  38.74 
 
 		 829 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0665  response regulator receiver domain-containing protein  41.44 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.709306  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2375  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.94 
 
 		 766 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.352057 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3086  response regulator receiver protein  42.74 
 
 		 121 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.342425  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  33.59 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2860  response regulator receiver  42.74 
 
 		 121 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.388237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2602  PAS sensor protein  38.6 
 
 		 903 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0574  response regulator receiver  40.54 
 
 		 130 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.4385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3862  response regulator receiver protein  37.74 
 
 		 119 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.762525  normal  0.105944 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1598  response regulator receiver protein  43.22 
 
 		 127 aa  74.7  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1273  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 		 556 aa  74.3  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.12815  normal  0.758765 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2632  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.6 
 
 		 906 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2980  response regulator receiver protein  42.74 
 
 		 121 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2685  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.78 
 
 		 660 aa  74.3  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.41147  normal  0.190122 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0198  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.97 
 
 		 461 aa  73.6  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1929  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.05 
 
 		 853 aa  73.6  0.0000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  35.65 
 
 		 733 aa  73.6  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1174  putative two-component response regulator  38.74 
 
 		 126 aa  73.6  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289144  normal  0.876478 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 		 774 aa  73.6  0.0000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0832  response regulator receiver domain-containing protein  43.24 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155773  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.29 
 
 		 546 aa  73.6  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00154548  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.29 
 
 		 845 aa  73.6  0.0000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  35.29 
 
 		 571 aa  72.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0319  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  34.21 
 
 		 824 aa  73.2  0.000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.655044  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  38.18 
 
 		 1342 aa  72.8  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.18 
 
 		 845 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2825  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.72 
 
 		 903 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.198382 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0941  response regulator receiver  40.54 
 
 		 125 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 		 823 aa  73.2  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1843  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.39 
 
 		 465 aa  72.4  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.798265  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0872  histidine kinase  36.61 
 
 		 585 aa  72.4  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266432  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2198  response regulator receiver protein  42.74 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.16592  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2576  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 		 840 aa  71.6  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0149194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5220  response regulator receiver protein  40.54 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1039  sensory box histidine kinase/response regulator  36.44 
 
 		 945 aa  72  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1138  Signal transduction histidine kinase  39.29 
 
 		 888 aa  71.6  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.408537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2463  two component sensor kinase  36.75 
 
 		 872 aa  72  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.899501  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3461  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 144 aa  72  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2554  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 		 551 aa  71.6  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1004  sensory box histidine kinase/response regulator  36.44 
 
 		 945 aa  72  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2092  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 462 aa  71.6  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.131918 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3223  histidine kinase  37.5 
 
 		 594 aa  71.2  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00047761  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1530  response regulator receiver protein  42.68 
 
 		 127 aa  71.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.754323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.05 
 
 		 622 aa  71.2  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1740  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  35.29 
 
 		 866 aa  71.6  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0223971  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 1013 aa  71.2  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  35.04 
 
 		 573 aa  71.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1214  response regulator receiver protein  31.4 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.678516  hitchhiker  0.000513941 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0595  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 		 680 aa  70.9  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0149  sensor histidine kinase/response regulator  37.5 
 
 		 371 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3094  response regulator receiver protein  39.82 
 
 		 121 aa  70.9  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 		 867 aa  70.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00129243  normal  0.0294734 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  32.76 
 
 		 676 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 457 aa  70.5  0.000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1398  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 		 853 aa  70.5  0.000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  36.36 
 
 		 513 aa  70.5  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.59 
 
 		 236 aa  70.5  0.000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1525  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 		 872 aa  70.5  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.40409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 		 962 aa  70.5  0.000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>