More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4023 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4023  two component response regulator  100 
 
 		 119 aa  236  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3569  response regulator receiver protein  85.71 
 
 		 119 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3862  response regulator receiver protein  84.03 
 
 		 119 aa  194  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.762525  normal  0.105944 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2540  response regulator receiver protein  80.67 
 
 		 119 aa  171  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.676292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0574  response regulator receiver  61.67 
 
 		 130 aa  142  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.4385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0665  response regulator receiver domain-containing protein  61.16 
 
 		 127 aa  138  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.709306  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5220  response regulator receiver protein  60.33 
 
 		 126 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1174  putative two-component response regulator  55.37 
 
 		 126 aa  130  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289144  normal  0.876478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0941  response regulator receiver  57.85 
 
 		 125 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2860  response regulator receiver  53.72 
 
 		 121 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.388237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3086  response regulator receiver protein  53.72 
 
 		 121 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.342425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0832  response regulator receiver domain-containing protein  59.29 
 
 		 125 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155773  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2980  response regulator receiver protein  53.72 
 
 		 121 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3997  response regulator receiver protein  53.72 
 
 		 121 aa  124  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0883649 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2198  response regulator receiver protein  53.72 
 
 		 127 aa  124  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.16592  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3094  response regulator receiver protein  54.55 
 
 		 121 aa  123  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1157  response regulator receiver protein  52.07 
 
 		 127 aa  122  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116971  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4869  response regulator receiver domain-containing protein  57.14 
 
 		 123 aa  121  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.337506  normal  0.697748 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1598  response regulator receiver protein  50 
 
 		 127 aa  103  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2507  response regulator receiver protein  45.45 
 
 		 121 aa  94  7e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0863  response regulator receiver protein  43.7 
 
 		 118 aa  85.5  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  42.48 
 
 		 939 aa  84  7e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1446  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.52 
 
 		 811 aa  83.6  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3746  chemotaxis response regulator  41.88 
 
 		 121 aa  82.4  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.193057  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 857 aa  81.6  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2816  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 120 aa  81.3  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101903  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1740  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  38.14 
 
 		 866 aa  80.9  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0223971  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  41.74 
 
 		 829 aa  80.5  0.000000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0010  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.39 
 
 		 508 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0502065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.83 
 
 		 803 aa  79.7  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2719  response regulator receiver protein  40.68 
 
 		 120 aa  79.7  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0959171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2750  response regulator receiver protein  40.34 
 
 		 120 aa  79.3  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000684047  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3222  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.29 
 
 		 447 aa  79.3  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0905113 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 447 aa  79  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1287  response regulator receiver domain-containing protein  40.37 
 
 		 127 aa  79  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.442215  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1727  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 793 aa  79  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1655  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 462 aa  79  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000025661  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.12 
 
 		 754 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0043  response regulator  39.5 
 
 		 120 aa  78.2  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.868286  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0040  response regulator  39.5 
 
 		 120 aa  78.2  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4284  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 130 aa  78.6  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.34 
 
 		 941 aa  78.2  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2109  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.93 
 
 		 515 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0135  response regulator receiver protein  43.37 
 
 		 124 aa  78.2  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3624  response regulator receiver protein  40.17 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0612  response regulator  36.97 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.124392  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3325  response regulator receiver protein  40.17 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.745241 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1267  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 		 542 aa  77.4  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2506  histidine kinase  38.26 
 
 		 538 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.971833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3474  response regulator receiver protein  39.32 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.790484 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0043  response regulator receiver protein  39.32 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0842812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.64 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3600  response regulator receiver protein  39.32 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.11211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2124  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 		 857 aa  76.3  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.104313  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3276  response regulator receiver  39.32 
 
 		 118 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2379  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 446 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373235  normal  0.0399931 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.16 
 
 		 827 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1335  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 125 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.51819  normal  0.0884587 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3644  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 127 aa  75.9  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00272169  normal  0.799381 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.59 
 
 		 728 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1205  CheY response regulator  36.67 
 
 		 123 aa  75.1  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.310964  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1234  response regulator receiver protein  37.29 
 
 		 138 aa  75.1  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0344647 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0852  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 		 1055 aa  75.1  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3738  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.51 
 
 		 384 aa  75.1  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5217  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 118 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0686971  normal  0.0287673 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1984  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.02 
 
 		 752 aa  74.7  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5952  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 118 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0493294  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1998  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 120 aa  74.7  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000230643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.04 
 
 		 513 aa  74.3  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0504  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 443 aa  73.9  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1777  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 465 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0008  sensory box histidine kinase/response regulator  34.78 
 
 		 516 aa  73.6  0.0000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2145  two component signal transduction response regulator  30.43 
 
 		 492 aa  73.6  0.0000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  38.46 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.46 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0149  sensor histidine kinase/response regulator  35.04 
 
 		 371 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  38.46 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.93 
 
 		 628 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1216  sensor histidine kinase/response regulator  32.48 
 
 		 417 aa  73.2  0.000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0628  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.72 
 
 		 446 aa  73.6  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 773 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4152  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 480 aa  73.2  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.038607 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  37.7 
 
 		 892 aa  73.6  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1138  Signal transduction histidine kinase  38.98 
 
 		 888 aa  72.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.408537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2946  response regulator receiver  36.97 
 
 		 135 aa  73.2  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 		 845 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  38.46 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0202  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 		 374 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101669 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 773 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  38.46 
 
 		 461 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4515  response regulator receiver domain-containing protein  36.97 
 
 		 119 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.403365  normal  0.643653 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0781  response regulator receiver domain-containing protein  36.97 
 
 		 119 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.394955 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4356  response regulator receiver  36.97 
 
 		 119 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00220083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1143  response regulator receiver domain-containing protein  36.97 
 
 		 119 aa  72.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 387 aa  72.4  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0976  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 119 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351318  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1004  sensory box histidine kinase/response regulator  35.59 
 
 		 945 aa  72  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1391  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36.97 
 
 		 119 aa  72.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00446889  normal  0.206531 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0537  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  32.73 
 
 		 446 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2006  response regulator receiver  38.46 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.379718  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>