More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2006 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2006  response regulator receiver  100 
 
 		 223 aa  438  9.999999999999999e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.379718  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4693  two component transcriptional regulator, winged helix family  67.42 
 
 		 220 aa  288  6e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1566  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.16 
 
 		 228 aa  280  2e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435599 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31270  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  65.32 
 
 		 221 aa  278  6e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.014564  normal  0.249814 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1330  response regulator receiver  60.63 
 
 		 219 aa  265  5.999999999999999e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2440  two component transcriptional regulator  58.74 
 
 		 222 aa  262  4e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0936231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4258  response regulator receiver  60.18 
 
 		 220 aa  261  6e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0567705  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.36 
 
 		 219 aa  257  9e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.732153 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3167  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.32 
 
 		 218 aa  256  1e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.436774  normal  0.0676898 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5704  two component transcriptional regulator  66.36 
 
 		 220 aa  256  2e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0158381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21520  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  60.63 
 
 		 222 aa  254  1.0000000000000001e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0794896  hitchhiker  0.0000630157 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3524  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.95 
 
 		 223 aa  249  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2593  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.95 
 
 		 223 aa  249  3e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02960  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  56.05 
 
 		 229 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2802  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.99 
 
 		 220 aa  241  7.999999999999999e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.232869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4900  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.88 
 
 		 221 aa  239  4e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.196174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2389  two component transcriptional regulator  57.92 
 
 		 219 aa  238  5e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.753035  normal  0.0318145 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3998  two component transcriptional regulator  56.76 
 
 		 220 aa  235  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.278973  normal  0.137181 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2869  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.56 
 
 		 232 aa  234  6e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4549  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.72 
 
 		 221 aa  232  3e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.703481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4935  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.91 
 
 		 221 aa  230  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2685  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.44 
 
 		 224 aa  226  2e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2344  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.02 
 
 		 227 aa  219  3e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.61 
 
 		 224 aa  203  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 		 225 aa  202  3e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.61 
 
 		 224 aa  202  4e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 224 aa  202  4e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  44.34 
 
 		 224 aa  199  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 224 aa  198  6e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3081  two component signal transduction response regulator  44.8 
 
 		 223 aa  198  7e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  51.34 
 
 		 227 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0015  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 224 aa  196  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 224 aa  195  6e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0632  two component transcriptional regulator  43.61 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0604  two component transcriptional regulator  43.61 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00704602  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.3 
 
 		 226 aa  192  5e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2348  putative two-component response regulator  46.61 
 
 		 228 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.804247  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2492  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.22217  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  44.8 
 
 		 240 aa  186  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  47.98 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4122  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 223 aa  186  2e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 224 aa  185  4e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 223 aa  185  4e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2957  two component transcriptional regulator  44.8 
 
 		 223 aa  185  4e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000406961  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.95 
 
 		 224 aa  185  4e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1212  two component transcriptional regulator  45.25 
 
 		 232 aa  184  7e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0899901  normal  0.616229 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27810  putative two-component response regulator  46.15 
 
 		 226 aa  184  7e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.44 
 
 		 230 aa  184  8e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2231  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.73 
 
 		 226 aa  184  8e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.69 
 
 		 224 aa  184  8e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0990  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.34 
 
 		 222 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000957791  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.7 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  44.59 
 
 		 228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  44.55 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0703  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.15 
 
 		 236 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  44.8 
 
 		 231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  45.25 
 
 		 227 aa  182  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.7 
 
 		 223 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2675  DNA-binding response regulator  43.95 
 
 		 224 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0180828  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3258  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.52 
 
 		 238 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00206307  normal  0.0675777 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  45.25 
 
 		 223 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1333  response regulator receiver protein  42.98 
 
 		 222 aa  182  5.0000000000000004e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.40527  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2673  DNA-binding response regulator  43.95 
 
 		 224 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0293  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.98 
 
 		 226 aa  181  6e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.591061  normal  0.658536 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2743  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.6 
 
 		 228 aa  181  6e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1291  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.27 
 
 		 222 aa  181  6e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0707  winged helix family two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 222 aa  181  7e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.34 
 
 		 223 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.34 
 
 		 223 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10613  two component system DNA binding transcriptional regulatory protein tcrA  43.56 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499525  normal  0.750249 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3055  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 227 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.703147  hitchhiker  0.000223036 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.34 
 
 		 223 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 231 aa  181  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1056  DNA-binding response regulator  44.39 
 
 		 226 aa  181  1e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.775205  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2549  response regulator receiver  42.98 
 
 		 222 aa  180  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  40.36 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 230 aa  180  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  45.25 
 
 		 228 aa  180  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  42.22 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.5 
 
 		 233 aa  179  4e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2768  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.25 
 
 		 223 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13760  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  41.78 
 
 		 225 aa  179  4e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3846  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.42 
 
 		 222 aa  179  4e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1442  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 		 230 aa  178  4.999999999999999e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  44.8 
 
 		 225 aa  178  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 283 aa  178  5.999999999999999e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.7 
 
 		 226 aa  178  7e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  41.44 
 
 		 222 aa  178  7e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 225 aa  177  8e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.64 
 
 		 231 aa  177  8e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1625  DNA-binding response regulator CsrR  43.69 
 
 		 229 aa  177  9e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.137799  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1631  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 227 aa  177  9e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0039171  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.27 
 
 		 225 aa  177  9e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0835  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.98 
 
 		 222 aa  177  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000540746 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3379  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.84 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1613  response regulator receiver  44.39 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.97266  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  44.75 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.06 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>