More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2540 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2540  response regulator receiver protein  100 
 
 		 119 aa  232  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.676292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3569  response regulator receiver protein  81.51 
 
 		 119 aa  192  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3862  response regulator receiver protein  79.83 
 
 		 119 aa  189  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.762525  normal  0.105944 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4023  two component response regulator  80.67 
 
 		 119 aa  187  5.999999999999999e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0574  response regulator receiver  61.34 
 
 		 130 aa  136  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.4385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0665  response regulator receiver domain-containing protein  61.98 
 
 		 127 aa  136  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.709306  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5220  response regulator receiver protein  60.33 
 
 		 126 aa  133  9e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1174  putative two-component response regulator  57.85 
 
 		 126 aa  130  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289144  normal  0.876478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0941  response regulator receiver  58.68 
 
 		 125 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3997  response regulator receiver protein  57.85 
 
 		 121 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0883649 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4869  response regulator receiver domain-containing protein  62.5 
 
 		 123 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.337506  normal  0.697748 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2980  response regulator receiver protein  57.02 
 
 		 121 aa  128  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2860  response regulator receiver  57.02 
 
 		 121 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.388237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3086  response regulator receiver protein  57.02 
 
 		 121 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.342425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0832  response regulator receiver domain-containing protein  59.29 
 
 		 125 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155773  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3094  response regulator receiver protein  55.37 
 
 		 121 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1157  response regulator receiver protein  54.55 
 
 		 127 aa  122  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116971  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2198  response regulator receiver protein  54.55 
 
 		 127 aa  122  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.16592  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1598  response regulator receiver protein  50.82 
 
 		 127 aa  110  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2507  response regulator receiver protein  45.45 
 
 		 121 aa  96.3  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0863  response regulator receiver protein  46.22 
 
 		 118 aa  93.2  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2719  response regulator receiver protein  42.37 
 
 		 120 aa  89.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0959171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2816  response regulator receiver protein  40.34 
 
 		 120 aa  89.4  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101903  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0612  response regulator  37.82 
 
 		 120 aa  88.6  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.124392  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2750  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 120 aa  88.6  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000684047  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0043  response regulator receiver protein  41.03 
 
 		 118 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0842812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3600  response regulator receiver protein  41.03 
 
 		 118 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.11211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3474  response regulator receiver protein  41.03 
 
 		 118 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.790484 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3276  response regulator receiver  41.03 
 
 		 118 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3624  response regulator receiver protein  41.88 
 
 		 120 aa  87.4  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3325  response regulator receiver protein  41.88 
 
 		 120 aa  87.4  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.745241 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3746  chemotaxis response regulator  41.88 
 
 		 121 aa  86.7  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.193057  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1998  response regulator receiver protein  43.12 
 
 		 120 aa  86.7  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000230643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  43.36 
 
 		 939 aa  85.9  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3644  response regulator receiver protein  40.68 
 
 		 127 aa  85.9  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00272169  normal  0.799381 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5217  response regulator receiver protein  39.32 
 
 		 118 aa  84.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0686971  normal  0.0287673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5952  response regulator receiver protein  39.32 
 
 		 118 aa  84.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0493294  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0852  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.71 
 
 		 1055 aa  84  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1287  response regulator receiver domain-containing protein  42.2 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.442215  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4284  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 130 aa  83.6  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1234  response regulator receiver protein  38.05 
 
 		 138 aa  83.6  8e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0344647 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0043  response regulator  38.66 
 
 		 120 aa  83.2  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.868286  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0040  response regulator  38.66 
 
 		 120 aa  83.2  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0504  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 443 aa  83.2  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4515  response regulator receiver domain-containing protein  38.66 
 
 		 119 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.403365  normal  0.643653 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1446  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 		 811 aa  82.8  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4356  response regulator receiver  38.66 
 
 		 119 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00220083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1267  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 		 542 aa  82.4  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2946  response regulator receiver  38.66 
 
 		 135 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0781  response regulator receiver domain-containing protein  38.66 
 
 		 119 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.394955 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.14 
 
 		 941 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1143  response regulator receiver domain-containing protein  38.66 
 
 		 119 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1391  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  38.66 
 
 		 119 aa  82.8  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00446889  normal  0.206531 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.99 
 
 		 754 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0976  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 119 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351318  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.45 
 
 		 443 aa  81.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141325  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0537  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.45 
 
 		 446 aa  81.3  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.06 
 
 		 827 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1335  response regulator receiver protein  38.94 
 
 		 125 aa  80.5  0.000000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.51819  normal  0.0884587 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3222  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.38 
 
 		 447 aa  79.7  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0905113 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2145  two component signal transduction response regulator  33.04 
 
 		 492 aa  79.3  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  43.1 
 
 		 829 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5149  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.97 
 
 		 869 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416194 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3564  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  40 
 
 		 492 aa  77.4  0.00000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.81 
 
 		 641 aa  77  0.00000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4372  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  42.31 
 
 		 641 aa  77.4  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.755089  normal  0.0153537 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 890 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 447 aa  77  0.00000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0135  response regulator receiver protein  38.74 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0403  chemotaxis protein CheY  39.64 
 
 		 120 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.286627  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 803 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2379  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 446 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.373235  normal  0.0399931 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2229  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 		 925 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.843602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0750  response regulator receiver protein  43.52 
 
 		 125 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1655  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 462 aa  75.1  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000025661  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0765  response regulator receiver protein  43.52 
 
 		 125 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.626658 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0149  sensor histidine kinase/response regulator  35.9 
 
 		 371 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1706  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.76 
 
 		 237 aa  74.7  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2189  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.79 
 
 		 628 aa  74.3  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0671838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0224  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 		 379 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4039  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.04 
 
 		 1039 aa  73.9  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6621  histidine kinase  36.75 
 
 		 552 aa  73.9  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  36.52 
 
 		 416 aa  73.6  0.0000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2019  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 		 1016 aa  73.2  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.25506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.35 
 
 		 639 aa  73.2  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3286  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.66 
 
 		 458 aa  73.6  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0853  sensor histidine kinase/reponse regulator  32.46 
 
 		 845 aa  73.2  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00134282  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4220  response regulator receiver protein  35.19 
 
 		 120 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1377  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.44 
 
 		 462 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244526  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3603  response regulator receiver protein  27.19 
 
 		 131 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.656399  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3108  response regulator receiver domain-containing protein  41.44 
 
 		 120 aa  73.2  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2610  histidine kinase  36.75 
 
 		 552 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08281  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  36.13 
 
 		 388 aa  73.2  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3081  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 		 638 aa  72.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200059 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.79 
 
 		 458 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0319  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  31.53 
 
 		 824 aa  72.4  0.000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.655044  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1216  sensor histidine kinase/response regulator  30.77 
 
 		 417 aa  71.6  0.000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 450 aa  72  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4429  two component transcriptional regulator  35.85 
 
 		 250 aa  72  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.133228  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>