More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1234 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1234  response regulator receiver protein  100 
 
 		 138 aa  279  7.000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0344647 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5952  response regulator receiver protein  87.07 
 
 		 118 aa  208  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0493294  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3474  response regulator receiver protein  87.93 
 
 		 118 aa  208  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.790484 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5217  response regulator receiver protein  87.07 
 
 		 118 aa  208  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0686971  normal  0.0287673 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3644  response regulator receiver protein  79.39 
 
 		 127 aa  208  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00272169  normal  0.799381 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0043  response regulator receiver protein  87.93 
 
 		 118 aa  208  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0842812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3600  response regulator receiver protein  87.93 
 
 		 118 aa  208  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.11211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3276  response regulator receiver  87.93 
 
 		 118 aa  208  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2816  response regulator receiver protein  83.62 
 
 		 120 aa  199  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101903  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2719  response regulator receiver protein  81.2 
 
 		 120 aa  197  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0959171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3746  chemotaxis response regulator  81.9 
 
 		 121 aa  197  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.193057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4515  response regulator receiver domain-containing protein  77.97 
 
 		 119 aa  195  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.403365  normal  0.643653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4356  response regulator receiver  77.97 
 
 		 119 aa  195  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00220083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2946  response regulator receiver  75.83 
 
 		 135 aa  195  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3624  response regulator receiver protein  81.03 
 
 		 120 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3325  response regulator receiver protein  81.03 
 
 		 120 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.745241 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4284  response regulator receiver protein  73.23 
 
 		 130 aa  194  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0976  response regulator receiver protein  77.12 
 
 		 119 aa  194  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351318  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0043  response regulator  77.78 
 
 		 120 aa  194  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.868286  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0040  response regulator  77.78 
 
 		 120 aa  194  4.0000000000000005e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0781  response regulator receiver domain-containing protein  77.12 
 
 		 119 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.394955 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1143  response regulator receiver domain-containing protein  77.12 
 
 		 119 aa  194  5.000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1391  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  77.12 
 
 		 119 aa  191  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00446889  normal  0.206531 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2750  response regulator receiver protein  78.63 
 
 		 120 aa  191  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000684047  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0612  response regulator  73.5 
 
 		 120 aa  180  7e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.124392  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1998  response regulator receiver protein  67.8 
 
 		 120 aa  165  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000230643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2507  response regulator receiver protein  61.67 
 
 		 121 aa  147  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1287  response regulator receiver domain-containing protein  64.35 
 
 		 127 aa  146  8e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.442215  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0863  response regulator receiver protein  55.93 
 
 		 118 aa  137  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.385882 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0135  response regulator receiver protein  58.12 
 
 		 124 aa  136  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1335  response regulator receiver protein  59.13 
 
 		 125 aa  133  7.000000000000001e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.51819  normal  0.0884587 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1267  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.23 
 
 		 542 aa  86.3  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.59 
 
 		 688 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3569  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 119 aa  82  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0454  multisensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 		 766 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2107  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 		 770 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.34 
 
 		 857 aa  79  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1598  response regulator receiver protein  38.52 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3862  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 119 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.762525  normal  0.105944 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  40 
 
 		 829 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.68 
 
 		 688 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2540  response regulator receiver protein  38.05 
 
 		 119 aa  77  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.676292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.72 
 
 		 817 aa  77  0.00000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.194507 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.68 
 
 		 688 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1138  Signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 		 888 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.408537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0785  two component transcriptional regulator  34.15 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0635827  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2229  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 		 925 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.843602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 943 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3443  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.03 
 
 		 691 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 		 774 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  38.02 
 
 		 892 aa  75.5  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4372  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  39.66 
 
 		 641 aa  75.1  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.755089  normal  0.0153537 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4023  two component response regulator  37.29 
 
 		 119 aa  75.1  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.36 
 
 		 472 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  37.1 
 
 		 949 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5149  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 869 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1398  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 		 853 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 		 949 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 		 890 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  34.75 
 
 		 939 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0319  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.14 
 
 		 824 aa  74.3  0.0000000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.655044  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3251  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.29 
 
 		 465 aa  74.3  0.0000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.48 
 
 		 941 aa  73.9  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0366  sensor histidine kinase/response regulator  35.9 
 
 		 742 aa  73.9  0.0000000000007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3094  response regulator receiver protein  34.45 
 
 		 121 aa  73.6  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1216  sensor histidine kinase/response regulator  36.97 
 
 		 417 aa  72  0.000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0755  sensor histidine kinase/response regulator  34.23 
 
 		 828 aa  72.4  0.000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1984  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 		 752 aa  72.8  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1929  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 		 853 aa  72.4  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.45 
 
 		 796 aa  72  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3671  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 		 1034 aa  72.4  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4405  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 880 aa  72  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0198095  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2375  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 		 766 aa  72.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.352057 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.7 
 
 		 814 aa  71.6  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.866808 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3461  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 144 aa  72  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1326  response regulator receiver protein  37.86 
 
 		 122 aa  72  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000300613  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  35.54 
 
 		 513 aa  72  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1524  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.54 
 
 		 853 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.334346 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.89 
 
 		 556 aa  71.6  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.936608  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0444  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 713 aa  71.6  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00394135  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3334  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 120 aa  71.2  0.000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0848  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 698 aa  71.2  0.000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.132769  normal  0.98666 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4152  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 480 aa  71.2  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.038607 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2610  histidine kinase  34.82 
 
 		 552 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2198  response regulator receiver protein  37.7 
 
 		 127 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.16592  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3997  response regulator receiver protein  38.66 
 
 		 121 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0883649 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  32.06 
 
 		 202 aa  71.2  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.6 
 
 		 641 aa  71.2  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 		 867 aa  71.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00129243  normal  0.0294734 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0350  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 		 1140 aa  70.9  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0648  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 123 aa  70.9  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0471753 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1174  putative two-component response regulator  33.33 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289144  normal  0.876478 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1530  response regulator receiver protein  38.27 
 
 		 127 aa  70.9  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.754323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 		 867 aa  70.5  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.126106 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1202  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 		 1126 aa  70.5  0.000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.766255  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2146  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 125 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41399  hitchhiker  0.000968824 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 		 551 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2860  response regulator receiver  37.82 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.388237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2110  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 125 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>