More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3461 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3461  response regulator receiver protein  100 
 
 		 144 aa  289  1e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  67.2 
 
 		 657 aa  169  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.68 
 
 		 668 aa  147  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.42 
 
 		 546 aa  134  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00154548  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  48.91 
 
 		 1015 aa  127  5.0000000000000004e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  50.41 
 
 		 962 aa  126  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.85 
 
 		 777 aa  126  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.9 
 
 		 994 aa  117  6e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.03 
 
 		 1134 aa  117  7e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.31 
 
 		 1176 aa  113  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3671  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.06 
 
 		 1034 aa  111  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.53 
 
 		 1079 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.62 
 
 		 845 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.57 
 
 		 925 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  45.16 
 
 		 766 aa  109  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.85 
 
 		 845 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.74 
 
 		 823 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.7 
 
 		 1180 aa  108  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.35 
 
 		 1124 aa  108  3e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.72 
 
 		 1106 aa  107  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.65 
 
 		 1132 aa  107  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.18 
 
 		 1102 aa  105  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.24 
 
 		 1051 aa  105  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.28 
 
 		 740 aa  104  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1847  histidine kinase  39.23 
 
 		 785 aa  102  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  40 
 
 		 1112 aa  102  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  40.15 
 
 		 733 aa  102  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.6 
 
 		 741 aa  101  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0872  histidine kinase  44.54 
 
 		 585 aa  101  4e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266432  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  38.35 
 
 		 573 aa  99.8  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1889  ATPase domain-containing protein  45.08 
 
 		 280 aa  99.4  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.508337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2428  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 		 656 aa  98.6  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00399652  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  44.35 
 
 		 676 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.35 
 
 		 548 aa  98.2  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  39.86 
 
 		 571 aa  98.6  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 		 645 aa  98.2  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 946 aa  97.8  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.09 
 
 		 817 aa  97.4  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.648168 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1283  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.04 
 
 		 1322 aa  95.9  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000035266 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4271  histidine kinase  36.07 
 
 		 525 aa  96.7  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2947  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.15 
 
 		 642 aa  95.5  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1350  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 		 699 aa  95.9  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1723  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.68 
 
 		 664 aa  95.5  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 1148 aa  95.9  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1276  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.44 
 
 		 642 aa  95.9  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4039  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.77 
 
 		 1039 aa  95.9  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.09 
 
 		 557 aa  94.7  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2685  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.06 
 
 		 660 aa  95.1  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.41147  normal  0.190122 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3223  histidine kinase  41.98 
 
 		 594 aa  94.7  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00047761  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.3 
 
 		 769 aa  94.7  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  44.26 
 
 		 726 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1171  histidine kinase  42.5 
 
 		 527 aa  94.4  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00415214  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 		 752 aa  94  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4372  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  41.18 
 
 		 641 aa  94  7e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.755089  normal  0.0153537 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.43 
 
 		 1260 aa  93.6  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.22 
 
 		 966 aa  92.8  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  44.53 
 
 		 611 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  44.53 
 
 		 611 aa  92.8  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1243  histidine kinase  36.15 
 
 		 654 aa  93.2  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0706231 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 		 650 aa  92.8  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.32 
 
 		 1047 aa  93.2  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.75 
 
 		 1631 aa  93.2  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  44.53 
 
 		 611 aa  92.8  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.98 
 
 		 949 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  44.53 
 
 		 611 aa  92.8  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  44.53 
 
 		 611 aa  92.8  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2494  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.64 
 
 		 663 aa  93.2  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2939  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.69 
 
 		 1279 aa  92.4  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111329  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 		 1260 aa  92  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  44.53 
 
 		 611 aa  92  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  41.94 
 
 		 676 aa  92  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 		 753 aa  90.9  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.32 
 
 		 955 aa  90.5  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  41.67 
 
 		 416 aa  90.9  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.73 
 
 		 639 aa  90.1  8e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  41.22 
 
 		 949 aa  90.1  9e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.75 
 
 		 887 aa  90.1  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.84 
 
 		 953 aa  89.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.56 
 
 		 814 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.97 
 
 		 905 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.32 
 
 		 955 aa  89.4  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.19 
 
 		 1651 aa  89.4  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 		 796 aa  89.4  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 		 1047 aa  89  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  43.94 
 
 		 1036 aa  89  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2652  histidine kinase  35.94 
 
 		 718 aa  89  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.029799  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  43.55 
 
 		 529 aa  88.2  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  41.22 
 
 		 556 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 796 aa  87.8  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.57 
 
 		 828 aa  87.8  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.34 
 
 		 864 aa  87.4  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.06 
 
 		 1215 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1232  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.88 
 
 		 578 aa  87.8  5e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.416855 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.65 
 
 		 1036 aa  87.8  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1952  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 692 aa  87.8  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.54 
 
 		 1646 aa  87.4  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.29 
 
 		 943 aa  87  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4355  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  42.34 
 
 		 638 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.201871  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4378  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  42.34 
 
 		 627 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.055155  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3138  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.6 
 
 		 647 aa  86.7  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>