More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0008 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0008  sensory box histidine kinase/response regulator  100 
 
 
516 aa  1036    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0010  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  71.34 
 
 
508 aa  729    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0502065  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0009  multi-sensor signal transduction histidine kinase  65.88 
 
 
508 aa  664    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0010  multi-sensor signal transduction histidine kinase  62.06 
 
 
511 aa  622  1e-177  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0009  multi-sensor signal transduction histidine kinase  62.06 
 
 
509 aa  618  1e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.923259 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2968  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  46.56 
 
 
392 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0871  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  46.77 
 
 
358 aa  207  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2947  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.38 
 
 
503 aa  200  7e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1267  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.39 
 
 
542 aa  193  5e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 
556 aa  181  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.936608  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2811  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.75 
 
 
498 aa  177  3e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.782124  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0833  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
722 aa  173  7.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.357142  unclonable  0.00000000104285 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1618  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 
711 aa  172  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 
677 aa  172  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4352  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.93 
 
 
1287 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.06083 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.02 
 
 
1691 aa  170  5e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0708  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
453 aa  168  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0485  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.49 
 
 
726 aa  168  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0662755 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4240  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.67 
 
 
1064 aa  168  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  29.63 
 
 
1629 aa  167  4e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3325  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.54 
 
 
667 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_144  sensor kinase, two-component system, OmpR family  31.19 
 
 
581 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0065  Signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 
621 aa  166  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.48 
 
 
719 aa  164  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.688425  normal  0.99318 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3408  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 
608 aa  162  9e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0234  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.7 
 
 
581 aa  162  9e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2420  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
933 aa  162  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42243  hitchhiker  0.0000359369 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 
885 aa  161  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.193403  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 
637 aa  161  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2494  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 
489 aa  161  3e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.228009 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4482  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 
718 aa  159  8e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.149473  decreased coverage  0.00105308 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0836  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  27.46 
 
 
599 aa  158  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.342989  normal  0.397263 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 
958 aa  158  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0136  sensory box sensor histidine kinase  30.63 
 
 
581 aa  157  4e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 
1017 aa  156  1e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2295  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.63 
 
 
905 aa  154  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3537  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26 
 
 
609 aa  154  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 
634 aa  154  4e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.125308  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.07 
 
 
1177 aa  154  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0336  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
612 aa  152  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.84228  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1052  sensory transduction histidine kinase  27.88 
 
 
1046 aa  152  1e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0020  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 
621 aa  152  1e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0996  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 
396 aa  151  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.778544  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1113  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 
1042 aa  151  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 
571 aa  152  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.589687  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1078  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 
458 aa  151  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1949  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.38 
 
 
623 aa  150  4e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3003  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.67 
 
 
498 aa  150  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3250  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 
880 aa  150  6e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.64 
 
 
1131 aa  150  7e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  33.57 
 
 
1111 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0589  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.65 
 
 
581 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0720  sensory box histidine kinase  26.7 
 
 
449 aa  148  3e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2541  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.15 
 
 
874 aa  148  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.98 
 
 
899 aa  148  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.55 
 
 
815 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 
444 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0140272  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0107  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.47 
 
 
774 aa  147  5e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0394  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 
531 aa  147  5e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.549141 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4783  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.58 
 
 
680 aa  147  6e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.302794  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0019  PAS sensor protein  24.29 
 
 
608 aa  147  6e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0019  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.29 
 
 
608 aa  147  6e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2114  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.97 
 
 
674 aa  147  6e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0403  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.64 
 
 
597 aa  147  6e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4476  histidine kinase  34.38 
 
 
461 aa  146  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0860551  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0443  Signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
475 aa  147  7.0000000000000006e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4457  histidine kinase  34.38 
 
 
461 aa  146  9e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0367  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.87 
 
 
503 aa  146  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0540164 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5258  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.06 
 
 
611 aa  146  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.197794  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 
2161 aa  146  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2100  two-component sensor protein  29.57 
 
 
1211 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349009  normal  0.142111 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2533  sensory box histidine kinase YycG  24.76 
 
 
610 aa  145  2e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3771  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.77 
 
 
1039 aa  145  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000191257 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1400  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.34 
 
 
591 aa  145  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0263941  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72390  putative two-component sensor  29.75 
 
 
595 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3817  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
392 aa  145  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.59485  normal  0.347226 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3250  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  28.87 
 
 
1348 aa  145  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534329  normal  0.0270765 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.62 
 
 
1014 aa  144  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0979  two component sensor histidine kinase  27.2 
 
 
550 aa  144  3e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.325763  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1217  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.57 
 
 
803 aa  144  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.503931  normal  0.0882093 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.12 
 
 
3470 aa  144  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4852  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
884 aa  144  6e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 
484 aa  144  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5347  sensory box histidine kinase YycG  25.24 
 
 
613 aa  143  8e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000719997  hitchhiker  0.000000000000990225 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4657  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.44 
 
 
893 aa  143  8e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4321  histidine kinase  32.81 
 
 
461 aa  143  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.332203  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 
359 aa  143  9e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4005  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.29 
 
 
619 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.402475  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
1060 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3007  two component system histidine kinase  26.24 
 
 
729 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0422303  hitchhiker  0.00299589 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
561 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.237401  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3782  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.51 
 
 
606 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1500  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 
590 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0250  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.57 
 
 
612 aa  142  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0530317 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0932  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.47 
 
 
827 aa  142  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.202098 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1099  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 
430 aa  141  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.000000024984 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0334  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 
492 aa  141  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.091816  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0008  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.46 
 
 
758 aa  141  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1725  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.38 
 
 
499 aa  140  3.9999999999999997e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0828  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 
567 aa  140  3.9999999999999997e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>