More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3529 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3529  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 137 aa  280  5.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7092  response regulator receiver protein  33.6 
 
 		 196 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.08524  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.67 
 
 		 942 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3346  response regulator receiver protein  39.17 
 
 		 128 aa  77  0.00000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1895  response regulator receiver  39.13 
 
 		 126 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4811  response regulator receiver protein  42.02 
 
 		 140 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6212  response regulator receiver protein  32.52 
 
 		 177 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0392664  normal  0.598992 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3150  response regulator receiver  38.33 
 
 		 128 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3474  response regulator receiver protein  38.33 
 
 		 128 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3363  response regulator receiver  37.6 
 
 		 126 aa  74.7  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6418  response regulator receiver protein  36.22 
 
 		 126 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0328  response regulator receiver  37.5 
 
 		 147 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0634669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7165  response regulator receiver protein  34.13 
 
 		 143 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.272897  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2634  response regulator receiver protein  43.7 
 
 		 135 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  normal  0.0480327 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1226  response regulator receiver protein  33.06 
 
 		 150 aa  74.3  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915128  normal  0.471544 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1475  response regulator receiver protein  34.82 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.292646  normal  0.101486 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4398  response regulator receiver protein  38.61 
 
 		 127 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.481257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0691  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 128 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.852187  normal  0.378672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2995  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 141 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0095  response regulator receiver protein  38.94 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.898425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6442  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 		 688 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.381857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3211  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 		 696 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.7085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 822 aa  71.6  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4593  response regulator receiver protein  34.4 
 
 		 129 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6328  response regulator receiver protein  33.6 
 
 		 141 aa  70.9  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00633094 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4039  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 		 1039 aa  70.5  0.000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 		 795 aa  70.5  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4799  hypothetical protein  38.39 
 
 		 867 aa  70.1  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0073  response regulator receiver protein  32.11 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2732  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 151 aa  69.3  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1330  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 		 717 aa  68.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00298171 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0516  response regulator receiver protein  38.05 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4214  response regulator receiver protein  34.96 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.96 
 
 		 821 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9028  two component sensor kinase/response regulator hybrid  32.43 
 
 		 123 aa  67.4  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5645  response regulator receiver protein  31.86 
 
 		 182 aa  67.4  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.633042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 1134 aa  67.4  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5284  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.45 
 
 		 717 aa  66.6  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5091  response regulator receiver protein  30 
 
 		 134 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.947919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1672  PAS sensor protein  30.77 
 
 		 695 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0497  response regulator receiver domain-containing protein  35.45 
 
 		 125 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0614776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 		 925 aa  66.2  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1990  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 695 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5033  response regulator receiver protein  30 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.649741  normal  0.0493927 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4573  response regulator receiver  30 
 
 		 134 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.546072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 662 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5535  response regulator receiver protein  37 
 
 		 130 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.591914  decreased coverage  0.00892468 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 		 785 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0025  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.34 
 
 		 468 aa  65.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0807039 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3461  response regulator receiver protein  37.01 
 
 		 144 aa  65.5  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0091  response regulator receiver protein  33.01 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.589534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.67 
 
 		 711 aa  66.2  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0024  nitrogen assimilation regulatory protein NtrX, putative  40.34 
 
 		 468 aa  65.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0764  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 		 568 aa  65.1  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0675  response regulator receiver protein  38.1 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5396  response regulator receiver protein  30.63 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.476573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0850  response regulator receiver protein  34.23 
 
 		 131 aa  64.7  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.886181 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5391  response regulator receiver protein  31.36 
 
 		 137 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 		 922 aa  63.9  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.92 
 
 		 657 aa  64.3  0.0000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0872  histidine kinase  37.61 
 
 		 585 aa  64.3  0.0000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266432  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5313  response regulator receiver protein  33.02 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 783 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 		 773 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2989  response regulator receiver protein  32.08 
 
 		 120 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0016  nitrogen metabolism transcriptional regulator NtrC  35.29 
 
 		 468 aa  63.9  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0855054  normal  0.786337 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  34.45 
 
 		 783 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4112  response regulator receiver  36.45 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.576276  normal  0.834365 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4480  response regulator receiver protein  36.45 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.361856  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3762  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 116 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.198596 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3969  response regulator  35.85 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3223  histidine kinase  32.03 
 
 		 594 aa  62.8  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00047761  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.15 
 
 		 817 aa  62.8  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.194507 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3741  response regulator receiver protein  34.91 
 
 		 127 aa  63.5  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 753 aa  63.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2844  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.35 
 
 		 657 aa  62.8  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.389478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1538  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 		 563 aa  63.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4845  response regulator receiver  32.41 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  32.08 
 
 		 1299 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  35.78 
 
 		 1112 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2408  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 647 aa  62  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385618  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 		 939 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 		 962 aa  62.4  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1889  ATPase domain-containing protein  34.65 
 
 		 280 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.508337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0452  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 955 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2991  response regulator receiver protein  33.93 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0366  sensor histidine kinase/response regulator  33.04 
 
 		 742 aa  62.8  0.000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2469  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.5 
 
 		 655 aa  62.4  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.344805  normal  0.830162 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 		 508 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0429  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 955 aa  62.8  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 		 887 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.85 
 
 		 691 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 465 aa  61.6  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.261318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.96 
 
 		 818 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3366  histidine kinase  29.25 
 
 		 580 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  31.36 
 
 		 733 aa  62  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  34.17 
 
 		 198 aa  62  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4665  response regulator receiver protein  31.97 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3796  response regulator receiver  33.03 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.787937 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1503  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 130 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.156189  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>