More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2995 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2995  response regulator receiver protein  100 
 
 		 141 aa  284  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3529  response regulator receiver domain-containing protein  32.77 
 
 		 137 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 688 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 688 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5645  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.633042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.81 
 
 		 1067 aa  65.9  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  33.61 
 
 		 691 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  31.45 
 
 		 827 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 		 589 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6442  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.97 
 
 		 688 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.381857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 686 aa  63.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4398  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 127 aa  63.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.481257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 		 589 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2989  response regulator receiver protein  32.77 
 
 		 120 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.69 
 
 		 688 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  30.89 
 
 		 956 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1672  PAS sensor protein  31.86 
 
 		 695 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1990  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.86 
 
 		 695 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  30.77 
 
 		 847 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 		 732 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.84 
 
 		 789 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  33.61 
 
 		 611 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 734 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  33.61 
 
 		 611 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.27 
 
 		 998 aa  62  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  33.61 
 
 		 611 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  33.61 
 
 		 611 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  33.61 
 
 		 611 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0850  response regulator receiver protein  32.04 
 
 		 131 aa  61.6  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.886181 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  31.93 
 
 		 691 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 		 887 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 		 830 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7092  response regulator receiver protein  32.48 
 
 		 196 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.08524  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 		 689 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 		 916 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 845 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 1631 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 588 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 589 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 589 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  32.77 
 
 		 611 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 		 822 aa  59.7  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 		 1381 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.51 
 
 		 922 aa  58.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 		 789 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 		 789 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 		 727 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2956  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.46 
 
 		 650 aa  58.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 		 492 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 		 1050 aa  58.2  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4788  histidine kinase  29.85 
 
 		 685 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  32.23 
 
 		 692 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.4 
 
 		 573 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.23 
 
 		 1095 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.71 
 
 		 711 aa  58.2  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  31.4 
 
 		 537 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2401  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 449 aa  57.8  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 		 732 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  30.23 
 
 		 695 aa  57  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.58 
 
 		 890 aa  57  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3366  histidine kinase  29.1 
 
 		 580 aa  57  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3969  response regulator  33.33 
 
 		 120 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4095  sensory box histidine kinase/response regulator  32.76 
 
 		 851 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4031  sensory box histidine kinase/response regulator  32.76 
 
 		 851 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 		 1103 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.33 
 
 		 999 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  31.58 
 
 		 1092 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 781 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0124  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.76 
 
 		 851 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.03 
 
 		 943 aa  56.2  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 		 699 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5603  hypothetical protein  32.26 
 
 		 756 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 		 812 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 814 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0497  response regulator receiver domain-containing protein  29.41 
 
 		 125 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0614776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 821 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3860  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.15 
 
 		 520 aa  56.2  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 		 807 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3741  response regulator receiver protein  29.31 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.91 
 
 		 795 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6212  response regulator receiver protein  30 
 
 		 177 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0392664  normal  0.598992 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 		 977 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.17 
 
 		 727 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.25 
 
 		 707 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.7 
 
 		 727 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2711  response regulator  31.36 
 
 		 119 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0615637  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  28.93 
 
 		 676 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 		 1057 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 957 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0711  response regulator receiver protein  30.43 
 
 		 125 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5605  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.469743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0386  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.95 
 
 		 1342 aa  55.5  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 		 858 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0855  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.58 
 
 		 776 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  29.27 
 
 		 556 aa  55.1  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 		 782 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0290  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.17 
 
 		 758 aa  55.1  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.312795 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  31.09 
 
 		 558 aa  54.3  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2444  response regulator receiver  29.91 
 
 		 123 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.986911  decreased coverage  0.00021442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2610  histidine kinase  35 
 
 		 552 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>