More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3969 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3969  response regulator  100 
 
 		 120 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2989  response regulator receiver protein  61.54 
 
 		 120 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1228  response regulator receiver domain-containing protein  43.36 
 
 		 124 aa  97.4  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000969205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4041  response regulator receiver domain-containing protein  41.96 
 
 		 124 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0979956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1668  response regulator receiver protein  41.59 
 
 		 131 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3796  response regulator receiver  40.52 
 
 		 124 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.787937 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0775  response regulator receiver protein  35.04 
 
 		 132 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0313977 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0864  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 129 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00632773 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0851  response regulator receiver  34.19 
 
 		 132 aa  89  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234035 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2931  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 122 aa  89  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0810  response regulator receiver protein  34.19 
 
 		 132 aa  89  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.316292 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2670  response regulator receiver protein  35.4 
 
 		 122 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5396  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 132 aa  84.7  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.476573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0850  response regulator receiver protein  41.58 
 
 		 131 aa  83.2  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.886181 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3474  response regulator receiver protein  40.35 
 
 		 128 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3150  response regulator receiver  40.35 
 
 		 128 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1195  Two component sensor kinase/response regulator hybrid protein  37.07 
 
 		 130 aa  81.6  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0691  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 128 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.852187  normal  0.378672 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1895  response regulator receiver  35.96 
 
 		 126 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4665  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 127 aa  80.5  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3346  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 128 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3963  response regulator receiver protein  33.61 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.150847 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3607  response regulator receiver protein  36.11 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.621989  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3741  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 127 aa  78.6  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4398  response regulator receiver protein  40.2 
 
 		 127 aa  77.4  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.481257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4814  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24379  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0328  response regulator receiver  35.4 
 
 		 147 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0634669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2196  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 		 705 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.908394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4214  response regulator receiver protein  35.24 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1475  response regulator receiver protein  34.86 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.292646  normal  0.101486 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2945  response regulator receiver domain-containing protein  38.38 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.161273  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0095  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 123 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.898425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5228  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 135 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0214459  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.35 
 
 		 806 aa  75.5  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2947  response regulator receiver protein  35.9 
 
 		 123 aa  74.7  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.386371  normal  0.0170157 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4537  response regulator receiver protein  42.16 
 
 		 125 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4740  response regulator receiver protein  32.17 
 
 		 126 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0516  response regulator receiver protein  34.86 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9028  two component sensor kinase/response regulator hybrid  35 
 
 		 123 aa  74.3  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0771  response regulator receiver protein  36.28 
 
 		 130 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0497  response regulator receiver domain-containing protein  36.28 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0614776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4811  response regulator receiver protein  40 
 
 		 140 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4296  response regulator receiver  33.91 
 
 		 115 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2510  response regulator receiver  34.82 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.294916 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3269  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 		 704 aa  72.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6418  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 126 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 		 822 aa  71.6  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2110  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 125 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7425  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  38.24 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0404716 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.28 
 
 		 660 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2650  response regulator receiver domain-containing protein  34.48 
 
 		 125 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2449  response regulator receiver  33.62 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000856797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2634  response regulator receiver protein  36.61 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  normal  0.0480327 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2716  response regulator  33.62 
 
 		 125 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.59583  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3363  response regulator receiver  32.46 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  33.62 
 
 		 676 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 		 707 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 589 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 		 943 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3375  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.64 
 
 		 714 aa  70.1  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4539  response regulator receiver protein  33.04 
 
 		 120 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4170  response regulator receiver  33.04 
 
 		 120 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1028  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 		 870 aa  68.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.636365 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5929  response regulator receiver protein  36.04 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 589 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2146  response regulator receiver protein  35.34 
 
 		 125 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41399  hitchhiker  0.000968824 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6442  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.8 
 
 		 688 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.381857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  33.62 
 
 		 949 aa  68.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3167  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 		 758 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000450225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 		 949 aa  68.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3757  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 125 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2006  response regulator receiver protein  34.48 
 
 		 125 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.267349 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 		 821 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 734 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5650  response regulator receiver protein  37.37 
 
 		 128 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343299  normal  0.64647 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 		 661 aa  67.8  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 		 695 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  31.93 
 
 		 829 aa  67.8  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 		 632 aa  67.8  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  30 
 
 		 673 aa  67.4  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 1067 aa  67.4  0.00000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5790  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0889979  normal  0.112489 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 772 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  32.77 
 
 		 733 aa  67.4  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5110  histidine kinase  36.21 
 
 		 558 aa  67  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.967716  normal  0.0814675 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  31.4 
 
 		 558 aa  67  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2507  response regulator receiver protein  35.59 
 
 		 121 aa  67  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  32.2 
 
 		 529 aa  67  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 795 aa  67  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 642 aa  66.2  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.09 
 
 		 1013 aa  66.6  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 		 689 aa  66.6  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  31.03 
 
 		 676 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5512  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.22 
 
 		 746 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0294754  normal  0.0542916 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 732 aa  66.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2378  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 		 551 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.81922 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3551  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0862504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2732  response regulator receiver protein  40 
 
 		 151 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4561  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 446 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 762 aa  66.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>