More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2947 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2947  response regulator receiver protein  100 
 
 
123 aa  243  6.999999999999999e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.386371  normal  0.0170157 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.24 
 
 
660 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3969  response regulator  35.9 
 
 
120 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.11 
 
 
691 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2989  response regulator receiver protein  36.28 
 
 
120 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 
1165 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4603  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.88 
 
 
783 aa  71.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.81 
 
 
743 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 
721 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
957 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  40.5 
 
 
812 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
1067 aa  66.2  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45 
 
 
655 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2172  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 
658 aa  66.2  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  37.04 
 
 
695 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.11 
 
 
830 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  38.1 
 
 
646 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
858 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  37.07 
 
 
416 aa  65.5  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
999 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5603  hypothetical protein  30.91 
 
 
756 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.5 
 
 
702 aa  64.7  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0764  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.43 
 
 
568 aa  64.3  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
1089 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.19 
 
 
1164 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  40.19 
 
 
1164 aa  64.3  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  36.11 
 
 
695 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4235  sensor histidine kinase  35 
 
 
754 aa  64.3  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507157  normal  0.848747 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  34.82 
 
 
847 aa  63.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5650  response regulator receiver protein  35.25 
 
 
128 aa  64.3  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.343299  normal  0.64647 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.8 
 
 
661 aa  63.9  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
1095 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
701 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.18 
 
 
927 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0541  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
575 aa  63.5  0.0000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4331  response regulator receiver protein  35.71 
 
 
134 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.095217 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2716  response regulator  34.82 
 
 
125 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.59583  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  36.19 
 
 
646 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.61 
 
 
699 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.74 
 
 
673 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
695 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4234  sensor histidine kinase  36.21 
 
 
761 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2204  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 
588 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0313534  normal  0.331001 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4539  response regulator receiver protein  36.45 
 
 
120 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.866024  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 
1086 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 
1092 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
492 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4170  response regulator receiver  36.45 
 
 
120 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
889 aa  62.8  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 
977 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 
1050 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.24 
 
 
662 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
916 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  33.93 
 
 
537 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  31.93 
 
 
1086 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2109  sensor histidine kinase/response regulator  41.3 
 
 
767 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00292967  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1496  sensor histidine kinase/response regulator  41.3 
 
 
725 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000109142  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
573 aa  62  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 
809 aa  62  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  33.93 
 
 
692 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0247  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  37.72 
 
 
485 aa  61.6  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.898521  normal  0.0558214 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.96 
 
 
795 aa  62  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.477207 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2403  sensor histidine kinase/response regulator  41.3 
 
 
760 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00669702  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 
905 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1137  sensor histidine kinase/response regulator  41.3 
 
 
760 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022686  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1417  sensor histidine kinase/response regulator  41.3 
 
 
767 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000575152  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3282  sensor histidine kinase/response regulator  41.3 
 
 
760 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0788114  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3169  sensor histidine kinase/response regulator  41.3 
 
 
760 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2650  response regulator receiver domain-containing protein  33.04 
 
 
125 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.14 
 
 
1381 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6214  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 
772 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.459564 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1627  response regulator receiver protein  28.32 
 
 
119 aa  61.2  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2251  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.64 
 
 
721 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0770498  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3167  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.05 
 
 
758 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000450225  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2449  response regulator receiver  33.93 
 
 
142 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000856797 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0497  response regulator receiver domain-containing protein  41.46 
 
 
125 aa  60.8  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0614776  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3366  histidine kinase  34.45 
 
 
580 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  35.71 
 
 
701 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
686 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  34.17 
 
 
892 aa  61.2  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0036  histidine kinase  35.29 
 
 
556 aa  60.8  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.526737  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.18 
 
 
789 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.18 
 
 
789 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 
651 aa  60.8  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3375  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.86 
 
 
714 aa  60.5  0.000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5110  histidine kinase  39.13 
 
 
558 aa  60.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.967716  normal  0.0814675 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1929  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 
853 aa  60.5  0.000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 
508 aa  60.5  0.000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.29 
 
 
589 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5394  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  39.13 
 
 
558 aa  59.7  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0211479 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4889  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 
720 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 
812 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3591  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 
650 aa  59.7  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  39.45 
 
 
858 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  31.48 
 
 
1092 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.35 
 
 
1013 aa  58.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4268  histidine kinase  37.27 
 
 
575 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.396925 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5991  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 
642 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0319  histidine kinase  35.83 
 
 
707 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.48 
 
 
1103 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>