More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2989 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2989  response regulator receiver protein  100 
 
 		 120 aa  242  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3969  response regulator  61.54 
 
 		 120 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1228  response regulator receiver domain-containing protein  39.47 
 
 		 124 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000969205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4041  response regulator receiver domain-containing protein  40.35 
 
 		 124 aa  90.9  6e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0979956  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2931  response regulator receiver protein  39.47 
 
 		 122 aa  87.8  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3796  response regulator receiver  39.47 
 
 		 124 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.787937 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5396  response regulator receiver protein  41.53 
 
 		 132 aa  85.5  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.476573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2670  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 122 aa  85.1  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4740  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 126 aa  84.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4398  response regulator receiver protein  43.43 
 
 		 127 aa  84  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.481257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0850  response regulator receiver protein  43.43 
 
 		 131 aa  82.8  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.886181 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3150  response regulator receiver  38.46 
 
 		 128 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3474  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 128 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3346  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 128 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1668  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1195  Two component sensor kinase/response regulator hybrid protein  38.89 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0771  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4811  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 140 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1990  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.02 
 
 		 695 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1672  PAS sensor protein  38.02 
 
 		 695 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.487392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2945  response regulator receiver domain-containing protein  37.37 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.161273  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1475  response regulator receiver protein  36.04 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.292646  normal  0.101486 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2947  response regulator receiver protein  36.28 
 
 		 123 aa  74.3  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.386371  normal  0.0170157 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  34.45 
 
 		 558 aa  74.3  0.0000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0691  response regulator receiver protein  38 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.852187  normal  0.378672 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0864  response regulator receiver protein  32.38 
 
 		 129 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00632773 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0095  response regulator receiver protein  36.63 
 
 		 123 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.898425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9028  two component sensor kinase/response regulator hybrid  34 
 
 		 123 aa  73.6  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0516  response regulator receiver protein  36.19 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2510  response regulator receiver  33.91 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.294916 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  37.07 
 
 		 556 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4214  response regulator receiver protein  37.14 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.213428 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4665  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 127 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0810  response regulator receiver protein  31.43 
 
 		 132 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.316292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0851  response regulator receiver  31.43 
 
 		 132 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234035 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3741  response regulator receiver protein  35.35 
 
 		 127 aa  72  0.000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1895  response regulator receiver  33.33 
 
 		 126 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  36.59 
 
 		 695 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6442  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.55 
 
 		 688 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.381857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2634  response regulator receiver protein  39 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.873964  normal  0.0480327 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 		 508 aa  71.2  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0775  response regulator receiver protein  31.43 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0313977 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0328  response regulator receiver  35 
 
 		 147 aa  70.5  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0634669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 		 830 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  33.9 
 
 		 676 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  33.9 
 
 		 676 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6937  response regulator receiver protein  34.29 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0671376  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 708 aa  69.7  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3607  response regulator receiver protein  34.29 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.621989  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.93 
 
 		 822 aa  68.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6418  response regulator receiver protein  33.02 
 
 		 126 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5645  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 182 aa  69.3  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.633042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4814  response regulator receiver protein  32.48 
 
 		 127 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24379  normal  0.163877 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 		 736 aa  68.6  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3963  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.150847 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3039  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 		 1067 aa  68.2  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.635771  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0497  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 125 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0614776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 916 aa  68.2  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4779  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.05 
 
 		 494 aa  68.6  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  35.54 
 
 		 695 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7425  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  36 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0404716 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  31.36 
 
 		 692 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1627  response regulator receiver protein  33.9 
 
 		 119 aa  67.8  0.00000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 		 688 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 		 688 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 1089 aa  67  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2750  response regulator receiver protein  35.25 
 
 		 120 aa  67  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000684047  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5228  response regulator receiver protein  36.28 
 
 		 135 aa  67  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0214459  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4537  response regulator receiver protein  37.37 
 
 		 125 aa  67  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 		 688 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 		 943 aa  66.2  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2320  response regulator receiver protein  30.43 
 
 		 127 aa  66.6  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.632565 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 		 492 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.51 
 
 		 573 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4284  response regulator receiver protein  34.45 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.48 
 
 		 821 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4296  response regulator receiver  30.7 
 
 		 115 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1263  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 197 aa  65.9  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 462 aa  65.9  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.433874  hitchhiker  0.000626634 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 1095 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  29.66 
 
 		 537 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  34.17 
 
 		 733 aa  65.9  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 977 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 		 734 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0043  response regulator  33.61 
 
 		 120 aa  65.5  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.868286  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1050 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 		 1381 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 		 689 aa  65.1  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  33.33 
 
 		 847 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.05 
 
 		 1022 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0040  response regulator  33.61 
 
 		 120 aa  65.5  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3551  response regulator receiver protein  32.76 
 
 		 143 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0862504  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3429  histidine kinase  30.83 
 
 		 538 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0246  nitrogen metabolism transcriptional regulator, NtrC, Fis family  33.33 
 
 		 469 aa  64.3  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.487777  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 		 1165 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 		 589 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3529  response regulator receiver domain-containing protein  32.08 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.421617 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5790  response regulator receiver protein  31 
 
 		 122 aa  63.9  0.0000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0889979  normal  0.112489 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 642 aa  63.9  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3363  response regulator receiver  31.43 
 
 		 126 aa  63.5  0.0000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>