More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3269 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  79.34 
 
 
707 aa  1140    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3269  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
704 aa  1417    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3208  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  69.91 
 
 
702 aa  957    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2196  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  88.16 
 
 
705 aa  1246    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.908394  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0232  sensor histidine kinase  46.35 
 
 
716 aa  596  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786809  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.37 
 
 
712 aa  546  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0349  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  45.08 
 
 
722 aa  548  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.081308  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  37.12 
 
 
743 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3167  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.04 
 
 
758 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000450225  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0006  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.47 
 
 
759 aa  365  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0137592  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4959  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.05 
 
 
746 aa  362  1e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00168647  normal  0.0243136 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5512  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.05 
 
 
746 aa  362  1e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0294754  normal  0.0542916 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7023  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.99 
 
 
763 aa  362  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180026  hitchhiker  0.00000131204 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1496  sensor histidine kinase/response regulator  34.13 
 
 
725 aa  360  6e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000109142  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2109  sensor histidine kinase/response regulator  34.13 
 
 
767 aa  359  8e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00292967  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1417  sensor histidine kinase/response regulator  34.13 
 
 
767 aa  359  8e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000575152  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3169  sensor histidine kinase/response regulator  34.13 
 
 
760 aa  359  9e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1137  sensor histidine kinase/response regulator  34.13 
 
 
760 aa  359  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022686  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2403  sensor histidine kinase/response regulator  34.13 
 
 
760 aa  359  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00669702  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3282  sensor histidine kinase/response regulator  34.13 
 
 
760 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0788114  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4144  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.45 
 
 
760 aa  353  5.9999999999999994e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.02765  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2366  sensor histidine kinase/response regulator  33.52 
 
 
768 aa  353  7e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00256663  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4548  histidine kinase  33.38 
 
 
749 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000713404  normal  0.70634 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0010  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 
764 aa  352  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00266104  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5171  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 
749 aa  351  3e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00341574  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5688  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 
749 aa  351  3e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00115642  decreased coverage  0.000406473 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  33.99 
 
 
701 aa  348  3e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.85 
 
 
701 aa  342  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1330  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.56 
 
 
717 aa  325  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00298171 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5284  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.3 
 
 
717 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6741  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 
728 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2399  histidine kinase  42.13 
 
 
564 aa  290  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.96 
 
 
585 aa  288  4e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179057  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5223  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.57 
 
 
722 aa  287  5.999999999999999e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.09 
 
 
942 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4107  PAS sensor protein  42.78 
 
 
587 aa  282  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0206968  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4475  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.78 
 
 
587 aa  282  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.92 
 
 
508 aa  276  7e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.8 
 
 
1224 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.23 
 
 
1011 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3622  PAS sensor protein  42.78 
 
 
684 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2043  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.87 
 
 
691 aa  274  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10086  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.62 
 
 
754 aa  273  6e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.23 
 
 
1426 aa  273  7e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.89 
 
 
684 aa  273  7e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.78 
 
 
946 aa  273  8.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5233  histidine kinase  42.25 
 
 
638 aa  270  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.9 
 
 
702 aa  270  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
821 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.71 
 
 
662 aa  268  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.58 
 
 
946 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.73 
 
 
943 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.19 
 
 
826 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.97 
 
 
1014 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.24 
 
 
1076 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.71 
 
 
721 aa  267  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0115994  normal  0.0775846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.85 
 
 
1415 aa  267  5e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.79 
 
 
1059 aa  266  7e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2970  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
584 aa  266  7e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653031  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3343  histidine kinase  40.14 
 
 
632 aa  266  8e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.73 
 
 
1057 aa  266  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.6 
 
 
837 aa  266  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
899 aa  266  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  40.45 
 
 
1427 aa  265  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.25 
 
 
888 aa  265  2e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.48 
 
 
812 aa  265  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.31 
 
 
944 aa  265  3e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.41 
 
 
822 aa  264  4e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.15 
 
 
732 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  38.44 
 
 
676 aa  263  8.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0097  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.43 
 
 
720 aa  263  1e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  40.1 
 
 
796 aa  262  2e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  41.82 
 
 
1299 aa  262  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0855  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.6 
 
 
776 aa  262  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.05 
 
 
795 aa  262  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.12 
 
 
727 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.24 
 
 
814 aa  261  4e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.13 
 
 
742 aa  261  4e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.02 
 
 
783 aa  261  4e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  42.02 
 
 
783 aa  261  4e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.48 
 
 
689 aa  260  5.0000000000000005e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.4 
 
 
703 aa  260  7e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4788  histidine kinase  40.79 
 
 
685 aa  259  8e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  37.17 
 
 
676 aa  259  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.5 
 
 
966 aa  259  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.93 
 
 
630 aa  259  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.75 
 
 
727 aa  259  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5422  histidine kinase  37.44 
 
 
685 aa  258  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0504919 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
809 aa  258  3e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0508  histidine kinase  41.62 
 
 
632 aa  258  3e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  38.27 
 
 
558 aa  258  4e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.32 
 
 
660 aa  257  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.49 
 
 
785 aa  257  6e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0364  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.82 
 
 
1013 aa  256  8e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.77 
 
 
708 aa  256  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  41.01 
 
 
793 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.53 
 
 
827 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.69 
 
 
762 aa  256  1.0000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.69 
 
 
732 aa  254  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.48 
 
 
1651 aa  254  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>