More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0501 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1599  DEAD/DEAH box helicase domain protein  78.62 
 
 		 1091 aa  1504    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1443  transcription-repair coupling factor  39.06 
 
 		 1165 aa  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0802912 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.1 
 
 		 1111 aa  1209    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  38 
 
 		 1172 aa  637    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2366  transcription-repair coupling factor  36.83 
 
 		 1175 aa  639    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  37.75 
 
 		 1170 aa  667    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5725  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.4 
 
 		 1072 aa  714    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0894  transcription-repair coupling factor  37.57 
 
 		 1173 aa  650    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180496  normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1174 aa  663    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  39.06 
 
 		 1165 aa  647    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3540  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.08 
 
 		 1059 aa  753    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1298  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.01 
 
 		 1111 aa  1208    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.219097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  38.6 
 
 		 1177 aa  644    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1500  transcription-repair coupling factor  39.21 
 
 		 1163 aa  646    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0625318 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 		 1171 aa  652    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  38.33 
 
 		 1172 aa  645    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  38.68 
 
 		 1172 aa  653    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  38.68 
 
 		 1173 aa  643    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  37.69 
 
 		 1149 aa  660    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  37.89 
 
 		 1167 aa  645    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  38.95 
 
 		 1171 aa  649    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1561  transcription repair coupling factor  40.72 
 
 		 1160 aa  665    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.224407  normal  0.305942 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4388  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.76 
 
 		 1109 aa  1186    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.20511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0501  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 1098 aa  2078    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159333 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1291  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.48 
 
 		 1085 aa  1223    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2619  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1155 aa  649    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205951  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  37.84 
 
 		 1122 aa  635  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0544  transcription-repair coupling factor  37.67 
 
 		 1132 aa  634  1e-180  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1754  transcription-repair coupling factor  41.03 
 
 		 1144 aa  634  1e-180  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.430393  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  38.33 
 
 		 1172 aa  633  1e-180  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1082  putative transcription repair coupling factor  41.4 
 
 		 1159 aa  632  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4676  transcription-repair coupling factor  38.54 
 
 		 1200 aa  629  1e-179  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4532  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 		 1196 aa  630  1e-179  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.850755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  35.05 
 
 		 1163 aa  630  1e-179  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0109  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1156 aa  631  1e-179  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.174112 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  39.44 
 
 		 1154 aa  630  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4163  transcription-repair coupling factor  38.77 
 
 		 1196 aa  629  1e-178  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  38.45 
 
 		 1171 aa  629  1e-178  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  39.13 
 
 		 1203 aa  628  1e-178  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  37.84 
 
 		 1153 aa  626  1e-178  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1518  transcription-repair coupling factor  37.97 
 
 		 1195 aa  626  1e-178  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  37.4 
 
 		 1168 aa  623  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1647  transcription-repair coupling factor  39.39 
 
 		 1198 aa  624  1e-177  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0790633 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1914  transcription-repair coupling factor  37.32 
 
 		 1166 aa  620  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.621253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1399  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1171 aa  618  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.779162  normal  0.977146 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7185  transcription-repair coupling factor  38.33 
 
 		 1190 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202363  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2211  transcription-repair coupling factor  39.39 
 
 		 1176 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  38.18 
 
 		 1164 aa  598  1e-169  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  38.61 
 
 		 1194 aa  594  1e-168  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0765  transcription-repair coupling factor  28.83 
 
 		 1128 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.267338  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  32.54 
 
 		 1170 aa  564  1.0000000000000001e-159  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  33.21 
 
 		 1157 aa  563  1.0000000000000001e-159  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0250  transcription-repair coupling factor  29 
 
 		 1134 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  36.27 
 
 		 1157 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  33.3 
 
 		 1157 aa  565  1.0000000000000001e-159  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  36.19 
 
 		 1157 aa  562  1e-158  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  33.52 
 
 		 1169 aa  548  1e-154  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1978  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1159 aa  546  1e-154  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  34.66 
 
 		 1158 aa  545  1e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  34.63 
 
 		 1134 aa  545  1e-153  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  34.7 
 
 		 1159 aa  546  1e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  35.02 
 
 		 1103 aa  544  1e-153  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2220  transcription-repair coupling factor  35.36 
 
 		 1157 aa  540  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  33.98 
 
 		 1137 aa  539  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  32.67 
 
 		 1159 aa  538  1e-151  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1154 aa  539  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  33.45 
 
 		 1177 aa  538  1e-151  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0369  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1149 aa  535  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0539  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1116 aa  534  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0291296  hitchhiker  0.00000000346725 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1665  transcription-repair coupling factor  35.01 
 
 		 1149 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.808978 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  35.21 
 
 		 1148 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  35.4 
 
 		 1157 aa  531  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  34.93 
 
 		 1148 aa  528  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  34.78 
 
 		 1146 aa  529  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  33.61 
 
 		 1158 aa  526  1e-148  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  35.03 
 
 		 1156 aa  527  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14570  transcription-repair coupling factor  36.3 
 
 		 1149 aa  528  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  33.93 
 
 		 1165 aa  525  1e-147  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  31.9 
 
 		 1153 aa  525  1e-147  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  31.81 
 
 		 1153 aa  525  1e-147  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  34.18 
 
 		 1149 aa  524  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1730  transcription-repair coupling factor  44.48 
 
 		 1167 aa  526  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0919435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  34.79 
 
 		 1173 aa  525  1e-147  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  34.51 
 
 		 1150 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  31.33 
 
 		 1155 aa  519  1.0000000000000001e-145  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  34.42 
 
 		 1150 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  35.09 
 
 		 1156 aa  519  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  34.19 
 
 		 1183 aa  518  1.0000000000000001e-145  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  34.81 
 
 		 1156 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  34.81 
 
 		 1156 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1874  transcription-repair coupling factor  35.14 
 
 		 1160 aa  516  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.157118  normal  0.0187303 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2148  transcription-repair coupling factor  35.01 
 
 		 1149 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0740298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3594  transcription-repair coupling factor  35.01 
 
 		 1149 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.184937 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1859  transcription-repair coupling factor  35.04 
 
 		 1156 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0201793  hitchhiker  0.000194707 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  35.87 
 
 		 1217 aa  514  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  34.84 
 
 		 1160 aa  516  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0912  transcription-repair coupling factor  32.08 
 
 		 1181 aa  513  1e-144  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1968  transcription-repair coupling factor  34.85 
 
 		 1156 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.095546 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  34.35 
 
 		 1164 aa  513  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1689  transcription-repair coupling factor  34.92 
 
 		 1141 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281852 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>