More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3540 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0109  transcription-repair coupling factor  40.39 
 
 		 1156 aa  670    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.174112 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1443  transcription-repair coupling factor  38.9 
 
 		 1165 aa  649    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0802912 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1460  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.48 
 
 		 1111 aa  706    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0501  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.12 
 
 		 1098 aa  722    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159333 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  39.22 
 
 		 1165 aa  654    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4388  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.9 
 
 		 1109 aa  735    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.20511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1599  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.77 
 
 		 1091 aa  746    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  41.46 
 
 		 1177 aa  681    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5725  DEAD/DEAH box helicase domain protein  42.94 
 
 		 1072 aa  668    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1291  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.42 
 
 		 1085 aa  716    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 		 1149 aa  655    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0894  transcription-repair coupling factor  37.73 
 
 		 1173 aa  636    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.180496  normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2619  transcription-repair coupling factor  38.59 
 
 		 1155 aa  654    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1500  transcription-repair coupling factor  38.38 
 
 		 1163 aa  640    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0625318 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  39.76 
 
 		 1172 aa  658    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1298  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.39 
 
 		 1111 aa  706    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.219097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3540  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 1059 aa  2036    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3640  transcription-repair coupling factor  37.67 
 
 		 1170 aa  645    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1561  transcription repair coupling factor  38.18 
 
 		 1160 aa  632  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.224407  normal  0.305942 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  38.14 
 
 		 1173 aa  630  1e-179  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3081  transcription-repair coupling factor  37.69 
 
 		 1171 aa  630  1e-179  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.195799  normal  0.080304 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1399  transcription-repair coupling factor  37.45 
 
 		 1171 aa  628  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.779162  normal  0.977146 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1122 aa  628  1e-178  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2366  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1175 aa  625  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4157  transcription repair coupling factor  38.21 
 
 		 1171 aa  626  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  38.96 
 
 		 1154 aa  629  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  37.97 
 
 		 1172 aa  624  1e-177  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  37.97 
 
 		 1174 aa  625  1e-177  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0544  transcription-repair coupling factor  37.84 
 
 		 1132 aa  624  1e-177  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  37.79 
 
 		 1172 aa  625  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  37.94 
 
 		 1171 aa  622  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4262  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1168 aa  619  1e-176  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.336252  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  37.39 
 
 		 1172 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1754  transcription-repair coupling factor  40.9 
 
 		 1144 aa  617  1e-175  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.430393  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1518  transcription-repair coupling factor  39.02 
 
 		 1195 aa  618  1e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7185  transcription-repair coupling factor  39.16 
 
 		 1190 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.202363  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1167 aa  613  9.999999999999999e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6308  transcription-repair coupling factor  38.79 
 
 		 1203 aa  612  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0152711 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1914  transcription-repair coupling factor  37.55 
 
 		 1166 aa  612  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.621253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1164 aa  612  1e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1730  transcription-repair coupling factor  36.91 
 
 		 1167 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0919435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2211  transcription-repair coupling factor  38.6 
 
 		 1176 aa  605  1.0000000000000001e-171  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  33.77 
 
 		 1163 aa  605  1.0000000000000001e-171  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1647  transcription-repair coupling factor  38.6 
 
 		 1198 aa  598  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0790633 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4163  transcription-repair coupling factor  38.53 
 
 		 1196 aa  596  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4676  transcription-repair coupling factor  38.38 
 
 		 1200 aa  598  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4532  transcription-repair coupling factor  38.69 
 
 		 1196 aa  598  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.850755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  37.9 
 
 		 1194 aa  599  1e-169  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2504  transcription-repair coupling factor  37.44 
 
 		 1167 aa  594  1e-168  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0917157  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  37.16 
 
 		 1164 aa  592  1e-168  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2578  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1165 aa  593  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  36.9 
 
 		 1161 aa  589  1e-167  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  36.34 
 
 		 1164 aa  582  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  36.43 
 
 		 1175 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 		 1174 aa  575  1.0000000000000001e-162  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  36.27 
 
 		 1134 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2006  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1155 aa  572  1.0000000000000001e-162  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000316908 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  35.39 
 
 		 1201 aa  569  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1160 aa  570  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  35.71 
 
 		 1155 aa  571  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  36.03 
 
 		 1163 aa  569  1e-161  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1859  transcription-repair coupling factor  36.98 
 
 		 1156 aa  571  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0201793  hitchhiker  0.000194707 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1904  transcription-repair coupling factor  36.66 
 
 		 1143 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.288854 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  37.23 
 
 		 1185 aa  569  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  36.39 
 
 		 1157 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  35 
 
 		 1151 aa  565  1.0000000000000001e-159  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1327  transcription-repair coupling factor  36.76 
 
 		 1156 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.241535  hitchhiker  0.000253034 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1874  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1160 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.157118  normal  0.0187303 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1156 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  36.93 
 
 		 1184 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1968  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1156 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.095546 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1156 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1575  transcription-repair coupling factor  36.66 
 
 		 1143 aa  565  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.221185  normal  0.0233451 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  36.61 
 
 		 1156 aa  562  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1156 aa  559  1e-158  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  37.48 
 
 		 1217 aa  560  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  35.7 
 
 		 1150 aa  561  1e-158  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0997  transcription-repair coupling factor  36.88 
 
 		 1164 aa  561  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  35.92 
 
 		 1148 aa  561  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  35.39 
 
 		 1173 aa  557  1e-157  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003994  transcription-repair coupling factor  35.1 
 
 		 1153 aa  556  1e-157  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2157  transcription-repair coupling factor  36.1 
 
 		 1148 aa  558  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  46.03 
 
 		 1153 aa  556  1e-157  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  35.45 
 
 		 1165 aa  556  1e-157  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14570  transcription-repair coupling factor  36.01 
 
 		 1149 aa  557  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1260  transcription-repair coupling factor  37.14 
 
 		 1189 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.148669  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  37.14 
 
 		 1157 aa  555  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1189 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01528  transcription-repair coupling factor  34.91 
 
 		 1153 aa  553  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  37.05 
 
 		 1189 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  35.42 
 
 		 1183 aa  555  1e-156  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  37.14 
 
 		 1157 aa  555  1e-156  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  37.14 
 
 		 1189 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  35.19 
 
 		 1157 aa  551  1e-155  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0369  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 		 1149 aa  550  1e-155  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  36.44 
 
 		 1146 aa  551  1e-155  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  32.65 
 
 		 1160 aa  550  1e-155  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1665  transcription-repair coupling factor  34.97 
 
 		 1149 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.808978 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  34.62 
 
 		 1198 aa  551  1e-155  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 		 1189 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>